products/patches/openturns-1.19.0002.patch

   1 diff -Naur openturns-1.19_ref/openturns-1.19/CMakeLists.txt openturns-1.19_new/openturns-1.19/CMakeLists.txt
   2 --- openturns-1.19_ref/openturns-1.19/CMakeLists.txt    2022-09-19 09:58:15.000000000 +0200
   3 +++ openturns-1.19_dev/openturns-1.19/CMakeLists.txt    2022-10-04 15:08:38.545535375 +0200
   4 @@ -140,6 +140,10 @@
   5
   6  set (CMAKE_CXX_STANDARD 11)
   7
   8 +SET(LAPACK_ROOT_DIR $ENV{LAPACK_ROOT_DIR})
   9 +IF(LAPACK_ROOT_DIR)
  10 +  LIST(APPEND CMAKE_PREFIX_PATH "${LAPACK_ROOT_DIR}")
  11 +ENDIF(LAPACK_ROOT_DIR)
  12  if (NOT DEFINED LAPACK_LIBRARIES)
  13    find_package (LAPACK REQUIRED)
  14    if (LAPACK_FOUND)
  15 @@ -148,6 +152,10 @@
  16  endif ()
  17  list (APPEND OPENTURNS_PRIVATE_LIBRARIES ${LAPACK_LIBRARIES})
  18
  19 +IF (DEFINED CBLAS_LIBRARIES)
  20 +  MESSAGE(STATUS "CBLAS_LIBRARIES is defined... adding to the list of libraries ${CBLAS_LIBRARIES}")
  21 +  LIST (APPEND OPENTURNS_PRIVATE_LIBRARIES ${CBLAS_LIBRARIES})
  22 +ENDIF()
  23  if (USE_SPECTRA)
  24    find_package (Spectra 1.0 CONFIG)
  25  endif ()
  26 @@ -192,10 +200,14 @@
  27  endif ()
  28
  29  if (USE_TBB)
  30 +  SET(TBB_ROOT_DIR $ENV{TBB_ROOT_DIR})
  31 +  if(TBB_ROOT_DIR)
  32 +    LIST(APPEND CMAKE_PREFIX_PATH "${TBB_ROOT_DIR}")
  33 +  endif(TBB_ROOT_DIR)
  34    find_package (TBB CONFIG)
  35    if (TBB_FOUND)
  36      message (STATUS "Found TBB: ${TBB_DIR} (found version ${TBB_VERSION})")
  37 -    set (TBB_LIBRARIES TBB::tbb)
  38 +    set (TBB_LIBRARIES tbb)
  39    else ()
  40      # fallback to our macro
  41      find_package (TBB)
  42 @@ -243,6 +255,10 @@
  43  endif ()
  44
  45  if (USE_LIBXML2)
  46 +  SET(LIBXML2_ROOT_DIR $ENV{LIBXLM2_ROOT_DIR})
  47 +  if(LIBXML2_ROOT_DIR)
  48 +    LIST(APPEND CMAKE_PREFIX_PATH "${LIBXML2_ROOT_DIR}")
  49 +  endif(LIBXML2_ROOT_DIR)
  50    find_package (LibXml2)
  51  endif ()
  52  if (LIBXML2_FOUND)
  53 @@ -252,7 +268,19 @@
  54    list (APPEND OPENTURNS_PRIVATE_LIBRARIES ${LIBXML2_LIBRARIES})
  55  endif ()
  56
  57 +SET(MPI_ROOT_DIR $ENV{MPI_ROOT_DIR} CACHE PATH "Path to the MPI.")
  58 +IF(MPI_ROOT_DIR)
  59 + LIST(APPEND CMAKE_PREFIX_PATH "${MPI_ROOT_DIR}")
  60 + find_package(MPI)
  61 + list (APPEND OPENTURNS_PRIVATE_INCLUDE_DIRS ${MPI_INCLUDE_DIRS})
  62 + list (APPEND OPENTURNS_PRIVATE_LIBRARIES ${MPI_LIBRARIES})
  63 +ENDIF(MPI_ROOT_DIR)
  64 +
  65  if (USE_HDF5)
  66 +  SET(HDF5_ROOT_DIR $ENV{HDF5_ROOT_DIR} CACHE PATH "Path to the HDF5.")
  67 +  IF(HDF5_ROOT_DIR)
  68 +    LIST(APPEND CMAKE_PREFIX_PATH "${HDF5_ROOT_DIR}")
  69 +  ENDIF(HDF5_ROOT_DIR)
  70    find_package(HDF5 COMPONENTS C CXX)
  71  endif ()
  72  if (HDF5_FOUND)
  73 @@ -273,6 +301,10 @@
  74  endif ()
  75
  76  if (USE_BOOST)
  77 +  SET(BOOST_ROOT_DIR $ENV{BOOST_ROOT_DIR} CACHE PATH "Path to the BOOST.")
  78 +  IF(BOOST_ROOT_DIR)
  79 +    LIST(APPEND CMAKE_PREFIX_PATH "${BOOST_ROOT_DIR}")
  80 +  ENDIF(BOOST_ROOT_DIR)
  81    find_package (Boost 1.46)
  82    if (Boost_FOUND)
  83      if (CMAKE_VERSION VERSION_LESS 3.15)
  84 @@ -308,7 +340,11 @@
  85  endif ()
  86
  87  if (USE_NLOPT)
  88 -  find_package (NLopt CONFIG QUIET)
  89 +  SET(NLOPT_ROOT_DIR $ENV{NLOPT_ROOT_DIR} CACHE PATH "Path to the NLOPT.")
  90 +  IF(NLOPT_ROOT_DIR)
  91 +    LIST(APPEND CMAKE_PREFIX_PATH "${NLOPT_ROOT_DIR}")
  92 +  ENDIF(NLOPT_ROOT_DIR)
  93 +  find_package (NLopt)
  94    if (NLopt_FOUND)
  95      message(STATUS "Found NLopt: ${NLopt_DIR}  (found version \"${NLopt_VERSION}\")")
  96    else ()
  97 @@ -372,22 +408,22 @@
  98  endif ()
  99
 100  if (USE_CMINPACK)
 101 -  find_package (CMinpack CONFIG QUIET)
 102 -  if (CMinpack_FOUND)
 103 -    if (TARGET cminpack::cminpack)
 104 -      message (STATUS "Found CMinpack: ${CMinpack_DIR}")
 105 -      set (CMINPACK_LIBRARIES cminpack::cminpack)
 106 -    endif ()
 107 -  else ()
 108 -    # fallback to our macro if CMinpackConfig is not provided
 109 -    find_package (CMinpack)
 110 -    set (CMinpack_FOUND ${CMINPACK_FOUND})
 111 -  endif ()
 112 -  if (CMinpack_FOUND)
 113 -    set (OPENTURNS_HAVE_CMINPACK TRUE)
 114 -    list (APPEND OPENTURNS_PRIVATE_INCLUDE_DIRS ${CMINPACK_INCLUDE_DIRS})
 115 -    list (APPEND OPENTURNS_PRIVATE_LIBRARIES ${CMINPACK_LIBRARIES})
 116 -  endif ()
 117 +  SET(CMINPACK_ROOT_DIR $ENV{CMINPACK_ROOT_DIR} CACHE PATH "Path to the CMINPACK.")
 118 +  IF(CMINPACK_ROOT_DIR)
 119 +    LIST(APPEND CMAKE_PREFIX_PATH "${CMINPACK_ROOT_DIR}")
 120 +  ENDIF(CMINPACK_ROOT_DIR)
 121 +  find_package (CMinpack)
 122 +  set (CMinpack_FOUND ${CMINPACK_FOUND})
 123 +endif ()
 124 +if (CMinpack_FOUND)
 125 +  MESSAGE(STATUS "Found CMkinpack ...")
 126 +  MESSAGE(STATUS "      CMINPACK_LIBRARIES is set to: ${CMINPACK_LIBRARIES}")
 127 +  set (OPENTURNS_HAVE_CMINPACK TRUE)
 128 +  list (APPEND OPENTURNS_PRIVATE_INCLUDE_DIRS ${CMINPACK_INCLUDE_DIRS})
 129 +  list (APPEND OPENTURNS_PRIVATE_LIBRARIES ${CMINPACK_LIBRARIES})
 130 +else()
 131 +  MESSAGE(STATUS "Could not find MinPack dependency")
 132 +  set (OPENTURNS_HAVE_CMINPACK FALSE)
 133  endif ()
 134
 135  if (USE_BONMIN)
 136 diff -Naur openturns-1.19_ref/openturns-1.19/cmake/FindCMinpack.cmake openturns-1.19_new/openturns-1.19/cmake/FindCMinpack.cmake
 137 --- openturns-1.19_ref/openturns-1.19/cmake/FindCMinpack.cmake  2022-09-19 20:42:54.983898861 +0200
 138 +++ openturns-1.19_new/openturns-1.19/cmake/FindCMinpack.cmake  2022-09-19 20:53:05.646768854 +0200
 139 @@ -22,12 +22,18 @@
 140  # (To distributed this file outside of CMake, substitute the full
 141  #  License text for the above reference.)
 142
 143 +SET(CMINPACK_ROOT_DIR $ENV{CMINPACK_ROOT_DIR})
 144 +if(CMINPACK_ROOT_DIR)
 145 + LIST(APPEND CMAKE_PREFIX_PATH "${CMINPACK_ROOT_DIR}")
 146 +endif(CMINPACK_ROOT_DIR)
 147  find_path (CMINPACK_INCLUDE_DIR cminpack.h
 148    PATH_SUFFIXES cminpack cminpack-1
 149  )
 150
 151  find_library (CMINPACK_LIBRARY
 152    NAMES cminpack cminpack_s
 153 +  HINTS ${CMINPACK_ROOT_DIR}/include
 154 +  DOC   "CMINPACK include directory"
 155  )
 156
 157  set (CMINPACK_LIBRARIES ${CMINPACK_LIBRARY})
 158 diff -Naur openturns-1.19_ref/openturns-1.19/cmake/FindNLopt.cmake openturns-1.19_new/openturns-1.19/cmake/FindNLopt.cmake
 159 --- openturns-1.19_ref/openturns-1.19/cmake/FindNLopt.cmake     2022-09-19 20:42:54.947898206 +0200
 160 +++ openturns-1.19_new/openturns-1.19/cmake/FindNLopt.cmake     2022-09-19 20:58:34.988527189 +0200
 161 @@ -11,10 +11,20 @@
 162  #  NLOPT_ROOT_DIR - root dir (ex. /usr/local)
 163
 164  # set NLOPT_INCLUDE_DIR
 165 +SET(NLOPT_ROOT_DIR $ENV{NLOPT_ROOT_DIR})
 166 +
 167 +IF(NLOPT_ROOT_DIR)
 168 +  LIST(APPEND CMAKE_PREFIX_PATH "${NLOPT_ROOT_DIR}")
 169 +  LIST(APPEND CMAKE_PREFIX_PATH "${NLOPT_ROOT_DIR}/include")
 170 +  LIST(APPEND CMAKE_PREFIX_PATH "${NLOPT_ROOT_DIR}/lib")
 171 +ELSE(NLOPT_ROOT_DIR)
 172 +  MESSAGE(FATAL_ERROR "PLEASE SET ENVIRONMENT VARIABLE NLOPT_ROOT_DIR")
 173 +ENDIF(NLOPT_ROOT_DIR)
 174  find_path (NLOPT_INCLUDE_DIR
 175    NAMES nlopt.hpp
 176    DOC
 177      "Nlopt include directory"
 178 +  HINTS ${NLOPT_ROOT_DIR}/include
 179  )
 180
 181  # set NLOPT_INCLUDE_DIRS
 182 @@ -22,7 +32,8 @@
 183
 184  # set NLOPT_LIBRARY
 185  find_library (NLOPT_LIBRARY
 186 -  NAMES nlopt_cxx nlopt
 187 +  NAMES nlopt
 188 +  HINTS ${NLOPT_ROOT_DIR}/lib
 189    DOC
 190      "Nlopt library location"
 191  )
 192 diff -Naur openturns-1.19_ref/openturns-1.19/cmake/FindTBB.cmake openturns-1.19_new/openturns-1.19/cmake/FindTBB.cmake
 193 --- openturns-1.19_ref/openturns-1.19/cmake/FindTBB.cmake       2022-09-19 20:42:54.943898134 +0200
 194 +++ openturns-1.19_new/openturns-1.19/cmake/FindTBB.cmake       2022-09-19 20:59:43.185715121 +0200
 195 @@ -27,6 +27,10 @@
 196  # (To distributed this file outside of CMake, substitute the full
 197  #  License text for the above reference.)
 198
 199 +SET(TBB_ROOT_DIR $ENV{TBB_ROOT_DIR})
 200 +IF(TBB_ROOT_DIR)
 201 +  LIST(APPEND CMAKE_PREFIX_PATH "${TBB_ROOT_DIR}")
 202 +ENDIF(TBB_ROOT_DIR)
 203  find_path (TBB_INCLUDE_DIR NAMES tbb/tbb.h DOC "TBB include directory")
 204
 205  set (TBB_INCLUDE_DIRS ${TBB_INCLUDE_DIR})
 206 diff -Naur openturns-1.19_ref/openturns-1.19/lib/src/CMakeLists.txt  openturns-1.19_new/openturns-1.19/lib/src/CMakeLists.txt
 207 --- openturns-1.19_ref/openturns-1.19/lib/src/CMakeLists.txt    2022-09-19 20:43:02.736039628 +0200
 208 +++ openturns-1.19_new/openturns-1.19/lib/src/CMakeLists.txt    2022-09-19 21:14:17.908888927 +0200
 209 @@ -127,5 +127,5 @@
 210  if (UNIX AND BUILD_SHARED_LIBS)
 211    set (OT_GDB_PY ${CMAKE_SHARED_LIBRARY_PREFIX}OT${CMAKE_SHARED_LIBRARY_SUFFIX}.${LIB_VERSION}-gdb.py)
 212    execute_process (COMMAND ${CMAKE_COMMAND} -E create_symlink ${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/libOT-gdb.py ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/${OT_GDB_PY})
 213 -  install (FILES libOT-gdb.py DESTINATION ${OPENTURNS_DATA_PATH}/gdb/auto-load/${LIBRARY_PATH} RENAME ${OT_GDB_PY})
 214 +  install (FILES libOT-gdb.py DESTINATION ${OPENTURNS_DATA_PATH}/gdb/auto-load RENAME ${OT_GDB_PY})
 215  endif ()
 216 diff -Naur openturns-1.19_ref/openturns-1.19/lib/src/Base/Common/openturns/TBBImplementation.hxx openturns-1.19_new/openturns-1.19/lib/src/Base/Common/openturns/TBBImplementation.hxx
 217 --- openturns-1.19_ref/openturns-1.19/lib/src/Base/Common/openturns/TBBImplementation.hxx       2022-09-19 20:43:07.228121152 +0200
 218 +++ openturns-1.19_new/openturns-1.19/lib/src/Base/Common/openturns/TBBImplementation.hxx       2022-09-19 21:16:38.747275561 +0200
 219 @@ -35,6 +35,7 @@
 220  #  define __TBBMALLOC_NO_IMPLICIT_LINKAGE 1
 221  # endif
 222  #endif
 223 +#define TBB_PREVIEW_TASK_ARENA 1
 224  #include <tbb/task_arena.h>
 225  #include <tbb/parallel_sort.h>
 226  #include <tbb/parallel_reduce.h>
 227 diff -Naur openturns-1.19_ref/openturns-1.19/lib/src/Base/Algo/openturns/KarhunenLoeveAlgorithmImplementation.hxx openturns-1.19_new/openturns-1.19/lib/src//Base/Algo/openturns/KarhunenLoeveAlgorithmImplementation.hxx
 228 --- openturns-1.19_ref/openturns-1.19/lib/src/Base/Algo/openturns/KarhunenLoeveAlgorithmImplementation.hxx      2022-09-19 20:43:04.604073534 +0200
 229 +++ openturns-1.19_new/openturns-1.19/lib/src//Base/Algo/openturns/KarhunenLoeveAlgorithmImplementation.hxx     2022-09-19 21:22:20.888944236 +0200
 230 @@ -24,6 +24,13 @@
 231  #include "openturns/PersistentObject.hxx"
 232  #include "openturns/CovarianceModel.hxx"
 233  #include "openturns/KarhunenLoeveResult.hxx"
 234 +#ifdef __GNUC__
 235 +#  include <features.h>
 236 +#  if __GNUC_PREREQ(11,0)
 237 +#     include <limits>
 238 +#  endif
 239 +#endif // __GNUC__
 240 +
 241
 242  BEGIN_NAMESPACE_OPENTURNS
 243