products/patches/openturns-1.19.0001.patch

   1 diff -Naur openturns-1.19_ref/openturns-1.19/CMakeLists.txt openturns-1.19_new/openturns-1.19/CMakeLists.txt
   2 --- openturns-1.19_ref/openturns-1.19/CMakeLists.txt    2022-09-19 20:42:54.651892829 +0200
   3 +++ openturns-1.19_new/openturns-1.19/CMakeLists.txt    2022-09-19 20:50:32.780078679 +0200
   4 @@ -140,6 +140,10 @@
   5
   6  set (CMAKE_CXX_STANDARD 11)
   7
   8 +SET(LAPACK_ROOT_DIR $ENV{LAPACK_ROOT_DIR})
   9 +IF(LAPACK_ROOT_DIR)
  10 +  LIST(APPEND CMAKE_PREFIX_PATH "${LAPACK_ROOT_DIR}")
  11 +ENDIF(LAPACK_ROOT_DIR)
  12  if (NOT DEFINED LAPACK_LIBRARIES)
  13    find_package (LAPACK REQUIRED)
  14    if (LAPACK_FOUND)
  15 @@ -148,6 +152,10 @@
  16  endif ()
  17  list (APPEND OPENTURNS_PRIVATE_LIBRARIES ${LAPACK_LIBRARIES})
  18
  19 +IF (DEFINED CBLAS_LIBRARIES)
  20 +  MESSAGE(STATUS "CBLAS_LIBRARIES is defined... adding to the list of libraries ${CBLAS_LIBRARIES}")
  21 +  LIST (APPEND OPENTURNS_PRIVATE_LIBRARIES ${CBLAS_LIBRARIES})
  22 +ENDIF()
  23  if (USE_SPECTRA)
  24    find_package (Spectra 1.0 CONFIG)
  25  endif ()
  26 @@ -192,7 +200,11 @@
  27  endif ()
  28
  29  if (USE_TBB)
  30 -  find_package (TBB CONFIG)
  31 +  SET(TBB_ROOT_DIR $ENV{TBB_ROOT_DIR})
  32 +  if(TBB_ROOT_DIR)
  33 +    LIST(APPEND CMAKE_PREFIX_PATH "${TBB_ROOT_DIR}")
  34 +  endif(TBB_ROOT_DIR)
  35 +  find_package (TBB CONFIG)
  36    if (TBB_FOUND)
  37      message (STATUS "Found TBB: ${TBB_DIR} (found version ${TBB_VERSION})")
  38      set (TBB_LIBRARIES TBB::tbb)
  39 @@ -243,6 +255,10 @@
  40  endif ()
  41
  42  if (USE_LIBXML2)
  43 +  SET(LIBXML2_ROOT_DIR $ENV{LIBXLM2_ROOT_DIR})
  44 +  if(LIBXML2_ROOT_DIR)
  45 +    LIST(APPEND CMAKE_PREFIX_PATH "${LIBXML2_ROOT_DIR}")
  46 +  endif(LIBXML2_ROOT_DIR)
  47    find_package (LibXml2)
  48  endif ()
  49  if (LIBXML2_FOUND)
  50 @@ -252,7 +268,19 @@
  51    list (APPEND OPENTURNS_PRIVATE_LIBRARIES ${LIBXML2_LIBRARIES})
  52  endif ()
  53
  54 +SET(MPI_ROOT_DIR $ENV{MPI_ROOT_DIR} CACHE PATH "Path to the MPI.")
  55 +IF(MPI_ROOT_DIR)
  56 + LIST(APPEND CMAKE_PREFIX_PATH "${MPI_ROOT_DIR}")
  57 + find_package(MPI)
  58 + list (APPEND OPENTURNS_PRIVATE_INCLUDE_DIRS ${MPI_INCLUDE_DIRS})
  59 + list (APPEND OPENTURNS_PRIVATE_LIBRARIES ${MPI_LIBRARIES})
  60 +ENDIF(MPI_ROOT_DIR)
  61 +
  62  if (USE_HDF5)
  63 +  SET(HDF5_ROOT_DIR $ENV{HDF5_ROOT_DIR} CACHE PATH "Path to the HDF5.")
  64 +  IF(HDF5_ROOT_DIR)
  65 +    LIST(APPEND CMAKE_PREFIX_PATH "${HDF5_ROOT_DIR}")
  66 +  ENDIF(HDF5_ROOT_DIR)
  67    find_package(HDF5 COMPONENTS C CXX)
  68  endif ()
  69  if (HDF5_FOUND)
  70 @@ -273,6 +301,10 @@
  71  endif ()
  72
  73  if (USE_BOOST)
  74 +  SET(BOOST_ROOT_DIR $ENV{BOOST_ROOT_DIR} CACHE PATH "Path to the BOOST.")
  75 +  IF(BOOST_ROOT_DIR)
  76 +    LIST(APPEND CMAKE_PREFIX_PATH "${BOOST_ROOT_DIR}")
  77 +  ENDIF(BOOST_ROOT_DIR)
  78    find_package (Boost 1.46)
  79    if (Boost_FOUND)
  80      if (CMAKE_VERSION VERSION_LESS 3.15)
  81 @@ -308,7 +340,11 @@
  82  endif ()
  83
  84  if (USE_NLOPT)
  85 -  find_package (NLopt CONFIG QUIET)
  86 +  SET(NLOPT_ROOT_DIR $ENV{NLOPT_ROOT_DIR} CACHE PATH "Path to the NLOPT.")
  87 +  IF(NLOPT_ROOT_DIR)
  88 +    LIST(APPEND CMAKE_PREFIX_PATH "${NLOPT_ROOT_DIR}")
  89 +  ENDIF(NLOPT_ROOT_DIR)
  90 +  find_package (NLopt)
  91    if (NLopt_FOUND)
  92      message(STATUS "Found NLopt: ${NLopt_DIR}  (found version \"${NLopt_VERSION}\")")
  93    else ()
  94 @@ -372,22 +408,22 @@
  95  endif ()
  96
  97  if (USE_CMINPACK)
  98 -  find_package (CMinpack CONFIG QUIET)
  99 -  if (CMinpack_FOUND)
 100 -    if (TARGET cminpack::cminpack)
 101 -      message (STATUS "Found CMinpack: ${CMinpack_DIR}")
 102 -      set (CMINPACK_LIBRARIES cminpack::cminpack)
 103 -    endif ()
 104 -  else ()
 105 -    # fallback to our macro if CMinpackConfig is not provided
 106 -    find_package (CMinpack)
 107 -    set (CMinpack_FOUND ${CMINPACK_FOUND})
 108 -  endif ()
 109 -  if (CMinpack_FOUND)
 110 -    set (OPENTURNS_HAVE_CMINPACK TRUE)
 111 -    list (APPEND OPENTURNS_PRIVATE_INCLUDE_DIRS ${CMINPACK_INCLUDE_DIRS})
 112 -    list (APPEND OPENTURNS_PRIVATE_LIBRARIES ${CMINPACK_LIBRARIES})
 113 -  endif ()
 114 +  SET(CMINPACK_ROOT_DIR $ENV{CMINPACK_ROOT_DIR} CACHE PATH "Path to the CMINPACK.")
 115 +  IF(CMINPACK_ROOT_DIR)
 116 +    LIST(APPEND CMAKE_PREFIX_PATH "${CMINPACK_ROOT_DIR}")
 117 +  ENDIF(CMINPACK_ROOT_DIR)
 118 +  find_package (CMinpack)
 119 +  set (CMinpack_FOUND ${CMINPACK_FOUND})
 120 +endif ()
 121 +if (CMinpack_FOUND)
 122 +  MESSAGE(STATUS "Found CMkinpack ...")
 123 +  MESSAGE(STATUS "      CMINPACK_LIBRARIES is set to: ${CMINPACK_LIBRARIES}")
 124 +  set (OPENTURNS_HAVE_CMINPACK TRUE)
 125 +  list (APPEND OPENTURNS_PRIVATE_INCLUDE_DIRS ${CMINPACK_INCLUDE_DIRS})
 126 +  list (APPEND OPENTURNS_PRIVATE_LIBRARIES ${CMINPACK_LIBRARIES})
 127 +else()
 128 +  MESSAGE(STATUS "Could not find MinPack dependency")
 129 +  set (OPENTURNS_HAVE_CMINPACK FALSE)
 130  endif ()
 131
 132  if (USE_BONMIN)
 133 diff -Naur openturns-1.19_ref/openturns-1.19/cmake/FindCMinpack.cmake openturns-1.19_new/openturns-1.19/cmake/FindCMinpack.cmake
 134 --- openturns-1.19_ref/openturns-1.19/cmake/FindCMinpack.cmake  2022-09-19 20:42:54.983898861 +0200
 135 +++ openturns-1.19_new/openturns-1.19/cmake/FindCMinpack.cmake  2022-09-19 20:53:05.646768854 +0200
 136 @@ -22,12 +22,18 @@
 137  # (To distributed this file outside of CMake, substitute the full
 138  #  License text for the above reference.)
 139
 140 +SET(CMINPACK_ROOT_DIR $ENV{CMINPACK_ROOT_DIR})
 141 +if(CMINPACK_ROOT_DIR)
 142 + LIST(APPEND CMAKE_PREFIX_PATH "${CMINPACK_ROOT_DIR}")
 143 +endif(CMINPACK_ROOT_DIR)
 144  find_path (CMINPACK_INCLUDE_DIR cminpack.h
 145    PATH_SUFFIXES cminpack cminpack-1
 146  )
 147
 148  find_library (CMINPACK_LIBRARY
 149    NAMES cminpack cminpack_s
 150 +  HINTS ${CMINPACK_ROOT_DIR}/include
 151 +  DOC   "CMINPACK include directory"
 152  )
 153
 154  set (CMINPACK_LIBRARIES ${CMINPACK_LIBRARY})
 155 diff -Naur openturns-1.19_ref/openturns-1.19/cmake/FindNLopt.cmake openturns-1.19_new/openturns-1.19/cmake/FindNLopt.cmake
 156 --- openturns-1.19_ref/openturns-1.19/cmake/FindNLopt.cmake     2022-09-19 20:42:54.947898206 +0200
 157 +++ openturns-1.19_new/openturns-1.19/cmake/FindNLopt.cmake     2022-09-19 20:58:34.988527189 +0200
 158 @@ -11,10 +11,20 @@
 159  #  NLOPT_ROOT_DIR - root dir (ex. /usr/local)
 160
 161  # set NLOPT_INCLUDE_DIR
 162 +SET(NLOPT_ROOT_DIR $ENV{NLOPT_ROOT_DIR})
 163 +
 164 +IF(NLOPT_ROOT_DIR)
 165 +  LIST(APPEND CMAKE_PREFIX_PATH "${NLOPT_ROOT_DIR}")
 166 +  LIST(APPEND CMAKE_PREFIX_PATH "${NLOPT_ROOT_DIR}/include")
 167 +  LIST(APPEND CMAKE_PREFIX_PATH "${NLOPT_ROOT_DIR}/lib")
 168 +ELSE(NLOPT_ROOT_DIR)
 169 +  MESSAGE(FATAL_ERROR "PLEASE SET ENVIRONMENT VARIABLE NLOPT_ROOT_DIR")
 170 +ENDIF(NLOPT_ROOT_DIR)
 171  find_path (NLOPT_INCLUDE_DIR
 172    NAMES nlopt.hpp
 173    DOC
 174      "Nlopt include directory"
 175 +  HINTS ${NLOPT_ROOT_DIR}/include
 176  )
 177
 178  # set NLOPT_INCLUDE_DIRS
 179 @@ -22,7 +32,8 @@
 180
 181  # set NLOPT_LIBRARY
 182  find_library (NLOPT_LIBRARY
 183 -  NAMES nlopt_cxx nlopt
 184 +  NAMES nlopt
 185 +  HINTS ${NLOPT_ROOT_DIR}/lib
 186    DOC
 187      "Nlopt library location"
 188  )
 189 diff -Naur openturns-1.19_ref/openturns-1.19/cmake/FindTBB.cmake openturns-1.19_new/openturns-1.19/cmake/FindTBB.cmake
 190 --- openturns-1.19_ref/openturns-1.19/cmake/FindTBB.cmake       2022-09-19 20:42:54.943898134 +0200
 191 +++ openturns-1.19_new/openturns-1.19/cmake/FindTBB.cmake       2022-09-19 20:59:43.185715121 +0200
 192 @@ -27,6 +27,10 @@
 193  # (To distributed this file outside of CMake, substitute the full
 194  #  License text for the above reference.)
 195
 196 +SET(TBB_ROOT_DIR $ENV{TBB_ROOT_DIR})
 197 +IF(TBB_ROOT_DIR)
 198 +  LIST(APPEND CMAKE_PREFIX_PATH "${TBB_ROOT_DIR}")
 199 +ENDIF(TBB_ROOT_DIR)
 200  find_path (TBB_INCLUDE_DIR NAMES tbb/tbb.h DOC "TBB include directory")
 201
 202  set (TBB_INCLUDE_DIRS ${TBB_INCLUDE_DIR})
 203 diff -Naur openturns-1.19_ref/openturns-1.19/lib/src/CMakeLists.txt  openturns-1.19_new/openturns-1.19/lib/src/CMakeLists.txt
 204 --- openturns-1.19_ref/openturns-1.19/lib/src/CMakeLists.txt    2022-09-19 20:43:02.736039628 +0200
 205 +++ openturns-1.19_new/openturns-1.19/lib/src/CMakeLists.txt    2022-09-19 21:14:17.908888927 +0200
 206 @@ -127,5 +127,5 @@
 207  if (UNIX AND BUILD_SHARED_LIBS)
 208    set (OT_GDB_PY ${CMAKE_SHARED_LIBRARY_PREFIX}OT${CMAKE_SHARED_LIBRARY_SUFFIX}.${LIB_VERSION}-gdb.py)
 209    execute_process (COMMAND ${CMAKE_COMMAND} -E create_symlink ${CMAKE_CURRENT_SOURCE_DIR}/libOT-gdb.py ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/${OT_GDB_PY})
 210 -  install (FILES libOT-gdb.py DESTINATION ${OPENTURNS_DATA_PATH}/gdb/auto-load/${LIBRARY_PATH} RENAME ${OT_GDB_PY})
 211 +  install (FILES libOT-gdb.py DESTINATION ${OPENTURNS_DATA_PATH}/gdb/auto-load RENAME ${OT_GDB_PY})
 212  endif ()
 213 diff -Naur openturns-1.19_ref/openturns-1.19/lib/src/Base/Common/openturns/TBBImplementation.hxx openturns-1.19_new/openturns-1.19/lib/src/Base/Common/openturns/TBBImplementation.hxx
 214 --- openturns-1.19_ref/openturns-1.19/lib/src/Base/Common/openturns/TBBImplementation.hxx       2022-09-19 20:43:07.228121152 +0200
 215 +++ openturns-1.19_new/openturns-1.19/lib/src/Base/Common/openturns/TBBImplementation.hxx       2022-09-19 21:16:38.747275561 +0200
 216 @@ -35,6 +35,7 @@
 217  #  define __TBBMALLOC_NO_IMPLICIT_LINKAGE 1
 218  # endif
 219  #endif
 220 +#define TBB_PREVIEW_TASK_ARENA 1
 221  #include <tbb/task_arena.h>
 222  #include <tbb/parallel_sort.h>
 223  #include <tbb/parallel_reduce.h>
 224 diff -Naur openturns-1.19_ref/openturns-1.19/lib/src/Base/Algo/openturns/KarhunenLoeveAlgorithmImplementation.hxx openturns-1.19_new/openturns-1.19/lib/src//Base/Algo/openturns/KarhunenLoeveAlgorithmImplementation.hxx
 225 --- openturns-1.19_ref/openturns-1.19/lib/src/Base/Algo/openturns/KarhunenLoeveAlgorithmImplementation.hxx      2022-09-19 20:43:04.604073534 +0200
 226 +++ openturns-1.19_new/openturns-1.19/lib/src//Base/Algo/openturns/KarhunenLoeveAlgorithmImplementation.hxx     2022-09-19 21:22:20.888944236 +0200
 227 @@ -24,6 +24,13 @@
 228  #include "openturns/PersistentObject.hxx"
 229  #include "openturns/CovarianceModel.hxx"
 230  #include "openturns/KarhunenLoeveResult.hxx"
 231 +#ifdef __GNUC__
 232 +#  include <features.h>
 233 +#  if __GNUC_PREREQ(11,0)
 234 +#     include <limits>
 235 +#  endif
 236 +#endif // __GNUC__
 237 +
 238
 239  BEGIN_NAMESPACE_OPENTURNS
 240