products/patches/libbatch_slurm_orcus.patch

   1 diff --git a/src/Slurm/BatchManager_Slurm.cxx b/src/Slurm/BatchManager_Slurm.cxx
   2 index 1c7f8d7..a1e28ed 100644
   3 --- a/src/Slurm/BatchManager_Slurm.cxx
   4 +++ b/src/Slurm/BatchManager_Slurm.cxx
   5 @@ -64,7 +64,7 @@ namespace Batch {
   6      string cmdFile = buildCommandFile(job);
   7
   8      // define command to submit batch
   9 -    string subCommand = string("cd ") + workDir + "; sbatch " + cmdFile;
  10 +    string subCommand = string("bash -l -c \\\"cd ") + workDir + "; sbatch " + cmdFile + "\\\"";
  11      string command = _protocol.getExecCommand(subCommand, _hostname, _username);
  12      command += " 2>&1";
  13      LOG(command);
  14 @@ -203,7 +203,7 @@ namespace Batch {
  15    void BatchManager_Slurm::deleteJob(const JobId & jobid)
  16    {
  17      // define command to delete job
  18 -    string subCommand = "scancel " + jobid.getReference();
  19 +    string subCommand = string("bash -l -c \\\"scancel ") + jobid.getReference() + "\\\"";
  20      string command = _protocol.getExecCommand(subCommand, _hostname, _username);
  21      LOG(command);
  22
  23 @@ -217,7 +217,7 @@ namespace Batch {
  24    JobInfo BatchManager_Slurm::queryJob(const JobId & jobid)
  25    {
  26      // First try to query the job with "squeue" command
  27 -    string subCommand = "squeue -h -o %T -j " + jobid.getReference() + " 2>/dev/null";
  28 +    string subCommand = string("bash -l -c \\\"squeue -h -o %T -j ") + jobid.getReference() + " 2>/dev/null" + "\\\"";
  29      string command = _protocol.getExecCommand(subCommand, _hostname, _username);
  30      LOG(command);
  31      string output;
  32 @@ -237,7 +237,7 @@ namespace Batch {
  33      // If "squeue" failed, the job may be finished. In this case, try to query the job with
  34      // "sacct".
  35      if (! found) {
  36 -        string subCommand = "sacct -X -o State%-10 -n -j " + jobid.getReference();
  37 +        string subCommand = string("bash -l -c \\\"sacct -X -o State%-10 -n -j ") + jobid.getReference() + "\\\"";
  38          string command = _protocol.getExecCommand(subCommand, _hostname, _username);
  39          LOG(command);
  40          string output;