2 Lecture, écriture d'un fichier MED grâce à l'API avancée de MEDLoader
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5 L'API avancée de MEDLoader est représentée par les classes ``MEDFile*`` de la bibliothèque MEDLoader.
7 * Au plus haut niveau, pour l'ensemble du fichier: ``MEDFileData``,
8 * Pour l'ensemble des maillages du fichier : ``MEDFileMeshes``,
9 * Pour chacun des maillages : ``MEDFileMeshMultiTS``, ``MEDFileMesh``, ``MEDFileUMesh``, ``MEDFileCMesh``,
10 * Pour l'ensemble des champs du fichier : ``MEDFileFields``, ``MEDFileFieldGlobs``,
11 * Et enfin pour chacun des champs : ``MEDFileField1TS``, ``MEDFileFieldMultiTS``
17 Ecrire un maillage et un champ à partir de rien, les relire et comparer les résultats.
19 Points abordés : en utilisant l'API avancée de MEDLoader,
24 Début d'implémentation
25 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
27 Cet exercice repose comme tous les autres sur le language de script Python. On charge
28 le module Python ``MEDLoader``.
30 Pour information, le module ``MEDCoupling`` complet est inclus dans ``MEDLoader``. Pas besoin de l'importer
31 si ``MEDLoader`` a été chargé. ::
33 import MEDLoader as ml
34 from MEDLoader import MEDLoader
36 Lecture, écriture d'un maillage
37 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
39 Nous créons tout d'abord le même maillage ``targetMesh`` que pour l'API simple. ::
41 targetCoords = [-0.3,-0.3, 0.2,-0.3, 0.7,-0.3, -0.3,0.2, 0.2,0.2, 0.7,0.2, -0.3,0.7, 0.2,0.7, 0.7,0.7 ]
42 targetConn = [0,3,4,1, 1,4,2, 4,5,2, 6,7,4,3, 7,8,5,4]
43 targetMesh = ml.MEDCouplingUMesh("MyMesh",2)
44 targetMesh.allocateCells(5)
45 targetMesh.insertNextCell(ml.NORM_TRI3,3,targetConn[4:7])
46 targetMesh.insertNextCell(ml.NORM_TRI3,3,targetConn[7:10])
47 targetMesh.insertNextCell(ml.NORM_QUAD4,4,targetConn[0:4])
48 targetMesh.insertNextCell(ml.NORM_QUAD4,4,targetConn[10:14])
49 targetMesh.insertNextCell(ml.NORM_QUAD4,4,targetConn[14:18])
50 targetMesh.finishInsertingCells()
51 myCoords = ml.DataArrayDouble(targetCoords,9,2)
52 myCoords.setInfoOnComponents(["X [km]","YY [mm]"])
53 targetMesh.setCoords(myCoords)
55 .. note:: Le maillage ``targetMesh`` est ordonné par type géométrique.
57 Nous construisons ensuite ``targetMesh1`` représentant les sous-constituants (*faces*) du maillage
58 ``targetMesh`` reduits aux cellules [3,4,7,8]. Cela peut par exemple représenter un ensemble d'intérêt pour un calcul : ::
60 targetMeshConsti, _, _, _, _ = targetMesh.buildDescendingConnectivity()
61 targetMesh1 = targetMeshConsti[[3,4,7,8]]
62 targetMesh1.setName(targetMesh.getName())
64 .. note:: En Python, le underscore ``_`` signifie que l'on attend une valeur de retour, mais qu'on n'en aura pas l'usage
65 (on ne la *bind* pas).
66 .. note:: ``targetMesh1`` sera sauvé comme étant une partie du même maillage global dans le fichier MED.
67 Il doit donc avoir le même nom. C'est là qu'on voit qu'un maillage au sens MED fichier peut mélanger les dimensions.
69 On peut alors écrire les deux maillages dans le fichier "TargetMesh2.med". ::
71 meshMEDFile = ml.MEDFileUMesh()
72 meshMEDFile.setMeshAtLevel(0,targetMesh)
73 meshMEDFile.setMeshAtLevel(-1,targetMesh1)
74 meshMEDFile.write("TargetMesh2.med",2) # 2 stands for 'write from scratch'
76 Lecture, écriture de groupes de mailles
77 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
79 Créons deux groupes de cellules sur le maillage 2D, c'est à dire au niveau relatif 0 (ici, le niveau relatif 0 correspond
81 correspond à la 1D, etc ...). Le premier groupe ``grp0_Lev0`` contient les cellules [0,1,3]
82 le second ``grp1_Lev0`` les cellules [1,2,3,4] : ::
84 grp0_0 = ml.DataArrayInt([0,1,3])
85 grp0_0.setName("grp0_Lev0")
86 grp1_0 = ml.DataArrayInt([1,2,3,4])
87 grp1_0.setName("grp1_Lev0")
88 meshMEDFile.setGroupsAtLevel(0, [grp0_0,grp1_0])
90 .. note:: On voit évidemment ici l'importance de nommer les tableaux : c'est le nom qui sera utilisé pour le groupe.
92 Créons trois groupes de niveau -1, c'est à dire des groupes de faces. Le premier appelé
93 ``grp0_LevM1`` aux cellules [0,1], le second appelé ``grp1_LevM1`` aux cellules [0,1,2], et le 3ème ``grp2_LevM1``
94 aux cellules [1,2,3] : ::
96 grp0_M1 = ml.DataArrayInt([0,1])
97 grp0_M1.setName("grp0_LevM1")
98 grp1_M1 = ml.DataArrayInt([0,1,2])
99 grp1_M1.setName("grp1_LevM1")
100 grp2_M1 = ml.DataArrayInt([1,2,3])
101 grp2_M1.setName("grp2_LevM1")
102 meshMEDFile.setGroupsAtLevel(-1,[grp0_M1,grp1_M1,grp2_M1])
104 Ecrivons le tout : ::
106 meshMEDFile.write("TargetMesh2.med",2) # 2 stands for 'write from scratch'
108 Nous pouvons ensuite re-lire le fichier MED : ::
110 meshMEDFileRead = ml.MEDFileMesh.New("TargetMesh2.med") # a new is needed because it returns a MEDFileUMesh (MEDFileMesh is abstract)
111 meshRead0 = meshMEDFileRead.getMeshAtLevel(0)
112 meshRead1 = meshMEDFileRead.getMeshAtLevel(-1)
113 print "Is level 0 in the file equal to 'targetMesh'?", meshRead0.isEqual(targetMesh,1e-12)
114 print "Is level 0 in the file equal to 'targetMesh1'?", meshRead1.isEqual(targetMesh1,1e-12)
116 Affichons les niveaux disponibles pour le groupe ``grp0_Lev0`` : ::
118 print meshMEDFileRead.getGrpNonEmptyLevels("grp0_Lev0")
120 Et récupérons enfin les identifiants de cellules contenus dans le groupe ``grp0_Lev0`` : ::
122 grp0_0_read = meshMEDFileRead.getGroupArr(0,"grp0_Lev0")
123 print "Is group 'grp0_Lev0' equal to what is read in the file?" , grp0_0_read.isEqual(grp0_0)
125 Lire/écrire des champs avec l'API avancée
126 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
128 Créons un champ de vecteurs simple, aux cellules (P0), avec un seul pas de temps, appelé ``f``. ::
130 f = ml.MEDCouplingFieldDouble(ml.ON_CELLS, ml.ONE_TIME)
132 f.setArray(targetMesh.getBarycenterAndOwner())
133 f.setMesh(targetMesh)
134 f.setName("AFieldName")
136 Stocker ``f`` dans un object ``MEDFileField1TS`` (un champ avec un seul pas de temps -- *one time-step, 1TS*)
137 pour préparer l'écriture MED ::
139 fMEDFile = ml.MEDFileField1TS()
140 fMEDFile.setFieldNoProfileSBT(f) # No profile desired on the field, Sort By Type
142 Ajouter le champ au fichier "TargetMesh2.med" ::
144 fMEDFile.write("TargetMesh2.med",0) # 0 is paramount to indicate that we *append* (and no overwrite) to the MED file
146 .. note:: Noter l'utilisation du 0 pour indiquer que nous désirons ajouter au fichier existant.
150 fMEDFileRead = ml.MEDFileField1TS("TargetMesh2.med",f.getName(),7,8)
151 fRead1 = fMEDFileRead.getFieldOnMeshAtLevel(ml.ON_CELLS,0,meshMEDFileRead) # Quickest way, not re-reading mesh in the file.
152 fRead2 = fMEDFileRead.getFieldAtLevel(ml.ON_CELLS,0) # Like above, but this time the mesh is read!
153 print "Does the field remain OK with the quick method?", fRead1.isEqual(f,1e-12,1e-12)
154 print "Does the field remain OK with the slow method?", fRead2.isEqual(f,1e-12,1e-12)
156 Lire/écrire un champ sur un "profil"
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159 Nous allons maintenant voir un concept avancé des fichiers MED, à savoir la possibilité d'écrire un champ sur seulement
160 une *partie* du maillage. La technique habituellement utilisée est plutôt de mettre des valeurs particulières (e.g. +infinity
161 soit 1e+300) sur les zones où le champ n'a pas de sens, permettant ainsi de repérer en plus des bugs éventuels lors du calcul.
163 Le mode de fonctionnement avec les profils reste donc peu courant.
165 Construisons une réduction aux cellules [1,2,3] de ``f`` et appelons la ``fPart`` : ::
167 pfl = ml.DataArrayInt([1,2,3])
168 pfl.setName("My1stPfl")
169 fPart = f.buildSubPart(pfl)
170 fPart.setName("fPart")
172 La stocker dans la structure ``MEDFileField1TS`` et invoquer ``setFieldProfile()``. ::
174 fMEDFile2 = ml.MEDFileField1TS()
175 fMEDFile2.setFieldProfile(fPart,meshMEDFileRead,0,pfl) # 0 is the relative level (here 0 means 2D)
176 fMEDFile2.write("TargetMesh2.med",0) # 0 is paramount to indicate that we *append* (and no overwrite) to the MED file
178 Lire le champ ``fPart`` du fichier "TargetMesh2.med" et les identifiants de cellules correspondant. ::
180 fMEDFileRead2 = ml.MEDFileField1TS("TargetMesh2.med",fPart.getName(),7,8)
181 fPartRead, pflRead = fMEDFileRead2.getFieldWithProfile(ml.ON_CELLS,0,meshMEDFileRead)
182 print "Is the partial field correclty read?", fPartRead.isEqualWithoutConsideringStr(fPart.getArray(),1e-12)
183 print "Is the list of cell identifiers matching?", pflRead.isEqualWithoutConsideringStr(pfl)
188 :ref:`python_testMEDLoaderAdvancedAPI1_solution`