Documentation minor correction

[modules/adao.git] / doc / fr / advanced.rst

..
   Copyright (C) 2008-2016 EDF R&D

   This file is part of SALOME ADAO module.

   This library is free software; you can redistribute it and/or
   modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
   License as published by the Free Software Foundation; either
   version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.

   This library is distributed in the hope that it will be useful,
   but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
   MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
   Lesser General Public License for more details.

   You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
   License along with this library; if not, write to the Free Software
   Foundation, Inc., 59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA  02111-1307 USA

   See http://www.salome-platform.org/ or email : webmaster.salome@opencascade.com

   Author: Jean-Philippe Argaud, jean-philippe.argaud@edf.fr, EDF R&D

.. _section_advanced:

================================================================================
**[DocU]** Usages avancés du module ADAO
================================================================================

Cette section présente des méthodes avancées d'usage du module ADAO, comment
obtenir plus d'information lors d'un calcul, ou comment l'utiliser sans
l'interface graphique (GUI). Cela nécessite de savoir comment trouver les
fichiers ou les commandes incluses dans l'installation complète de SALOME. Tous
les noms à remplacer par l'utilisateur sont indiqués par la syntaxe ``<...>``.

Convertir et exécuter un fichier de commandes ADAO (JDC) par l'intermédiaire d'un script Shell
----------------------------------------------------------------------------------------------

Il est possible de convertir et exécuter une fichier de commandes ADAO (JDC, ou
paire de fichiers ".comm/.py", qui se trouvent dans le répertoire ``<Répertoire
du fichier JDC ADAO>``) automatiquement en utilisant un script de commandes
Shell "type" contenant toutes les étapes requises. Si la commande principale de
lancement de SALOME, nommée ``salome``, n'est pas couramment accessible dans un
terminal courant, l'utilisateur doit savoir où se trouvent les principaux
fichiers de lancement de SALOME, et en particulier ce fichier ``salome``. Le
répertoire dans lequel ce fichier réside est symboliquement nommé ``<Répertoire
principal d'installation de SALOME>`` et doit être remplacé par le bon dans le
modèle "type" de fichier Shell.

Lorsqu'un fichier de commande ADAO est construit par l'interface d'édition
graphique d'ADAO et est enregistré, s'il est nommé par exemple
"EtudeAdao1.comm", alors un fichier compagnon nommé "EtudeAdao1.py" est
automatiquement créé dans la même répertoire. Il est nommé ``<Fichier Python
ADAO>`` dans le modèle "type", et il est converti vers YACS comme un ``<Schéma
xml YACS ADAO>`` sous la forme d'un fichier en ".xml" nommé "EtudeAdao1.xml".
Ensuite, ce dernier peut être exécuté en mode console en utilisant l'ordre
standard du mode console de YACS (voir la documentation YACS pour de plus amples
informations).

Dans tous les exemples de fichiers de commandes Shell de lancement, on choisit
de démarrer et arrêter le serveur d'application SALOME dans le même script. Ce
n'est pas indispensable, mais c'est utile pour éviter des sessions SALOME en
attente.

L'exemple le plus simple consiste uniquement à lancer l'exécution d'un schéma
YACS donné, qui a préalablement été généré par l'utilisateur en interface
graphique. Dans ce cas, en ayant pris soin de remplacer les textes contenus
entre les symboles ``<...>``, il suffit d'enregistrer le script de commandes
Shell suivant::

    #!/bin/bash
    USERDIR="<Répertoire du fichier JDC ADAO>"
    SALOMEDIR="<Répertoire principal d'installation de SALOME>"
    $SALOMEDIR/salome start -k -t
    $SALOMEDIR/salome shell -- "driver $USERDIR/<Schéma xml YACS ADAO>"
    $SALOMEDIR/salome shell killSalome.py

Il faut ensuite le rendre exécutable pour l'exécuter.

Un exemple une peu plus complet consiste à lancer l'exécution d'un schéma YACS
indiqué par l'utilisateur, en ayant préalablement vérifié sa disponibilité. Pour
cela, en remplaçant le texte ``<Répertoire principal d'installation de
SALOME>``, il suffit d'enregistrer le script de commandes Shell suivant::

    #!/bin/bash
    if (test $# != 1)
    then
      echo -e "\nUsage: $0 <Schéma xml YACS ADAO>\n"
      exit
    else
      USERFILE="$1"
    fi
    if (test ! -e $USERFILE)
    then
      echo -e "\nErreur : le fichier XML nommé $USERFILE n'existe pas.\n"
      exit
    else
      SALOMEDIR="<Répertoire principal d'installation de SALOME>"
      $SALOMEDIR/salome start -k -t
      $SALOMEDIR/salome shell -- "driver $USERFILE"
      $SALOMEDIR/salome shell killSalome.py
    fi

Un autre exemple de script consiste à ajouter la conversion du fichier de
commandes ADAO (JDC, ou paire de fichiers ".comm/.py") en un schéma YACS associé
(fichier ".xml"). A la fin du script, on choisit aussi de supprimer le fichier
de ``<Schéma xml YACS ADAO>`` car c'est un fichier généré. Pour cela, en ayant
bien pris soin de remplacer le texte ``<Répertoire principal d'installation de
SALOME>``, il suffit d'enregistrer le script de commandes Shell suivant::

    #!/bin/bash
    if (test $# != 1)
    then
      echo -e "\nUsage: $0 <Cas .comm/.py ADAO>\n"
      exit
    else
      D=`dirname $1`
      F=`basename -s .comm $1`
      F=`basename -s .py $F`
      USERFILE="$D/$F"
    fi
    if (test ! -e $USERFILE.py)
    then
      echo -e "\nErreur : le fichier PY nommé $USERFILE.py n'existe pas.\n"
      exit
    else
      SALOMEDIR="<Répertoire principal d'installation de SALOME>"
      $SALOMEDIR/salome start -k -t
      $SALOMEDIR/salome shell -- "python $SALOMEDIR/bin/salome/AdaoYacsSchemaCreator.py $USERFILE.py $USERFILE.xml"
      $SALOMEDIR/salome shell -- "driver $USERFILE.xml"
      $SALOMEDIR/salome shell killSalome.py
      rm -f $USERFILE.xml
    fi

Dans tous les cas, les sorties standard et d'erreur se font dans le terminal de
lancement.

Exécuter un schéma de calcul ADAO dans YACS en utilisant le mode "texte" (TUI YACS)
-----------------------------------------------------------------------------------

Cette section décrit comment exécuter en mode TUI (Text User Interface) YACS un
schéma de calcul YACS, obtenu dans l'interface graphique par la fonction
"*Exporter vers YACS*" d'ADAO. Cela utilise le mode texte standard de YACS, qui
est rapidement rappelé ici (voir la documentation YACS pour de plus amples
informations) à travers un exemple simple. Comme décrit dans la documentation,
un schéma XML peut être chargé en python. On donne ici une séquence complète de
commandes pour tester la validité du schéma avant de l'exécuter, ajoutant des
lignes supplémentaires initiales pour charger de manière explicite le catalogue
de types pour éviter d'obscures difficultés::

    #-*-coding:iso-8859-1-*-
    import pilot
    import SALOMERuntime
    import loader
    SALOMERuntime.RuntimeSALOME_setRuntime()

    r = pilot.getRuntime()
    xmlLoader = loader.YACSLoader()
    xmlLoader.registerProcCataLoader()
    try:
     catalogAd = r.loadCatalog("proc", "<Schéma xml YACS ADAO>")
    except:
      pass
    r.addCatalog(catalogAd)

    try:
        p = xmlLoader.load("<Schéma xml YACS ADAO>")
    except IOError,ex:
        print "IO exception:",ex

    logger = p.getLogger("parser")
    if not logger.isEmpty():
        print "The imported file has errors :"
        print logger.getStr()

    if not p.isValid():
        print "Le schéma n'est pas valide et ne peut pas être exécuté"
        print p.getErrorReport()

    info=pilot.LinkInfo(pilot.LinkInfo.ALL_DONT_STOP)
    p.checkConsistency(info)
    if info.areWarningsOrErrors():
        print "Le schéma n'est pas cohérent et ne peut pas être exécuté"
        print info.getGlobalRepr()

    e = pilot.ExecutorSwig()
    e.RunW(p)
    if p.getEffectiveState() != pilot.DONE:
        print p.getErrorReport()

Cette démarche permet par exemple d'éditer le schéma YACS XML en mode texte TUI,
ou de rassembler les résultats pour un usage ultérieur.

.. _section_advanced_R:

Exécuter un calcul ADAO en environnement R en utilisant l'interface TUI ADAO
----------------------------------------------------------------------------

.. index:: single: R
.. index:: single: rPython

Pour étendre les possibilités d'analyse et de traitement, il est possible
d'utiliser les calculs ADAO dans l'environnement **R** (voir [R]_ pour plus de
détails). Ce dernier est disponible dans SALOME en lançant l'interpréteur R dans
le shell "``salome shell``". Il faut de plus disposer, en R, du package
"*rPython*", qui peut si nécessaire être installé par l'utilisateur à l'aide de
la commande R suivante::

    #
    # IMPORTANT : à exécuter dans l'interpréteur R
    # --------------------------------------------
    install.packages("rPython")

On se reportera à la documentation [GilBellosta15]_ pour de plus amples
renseignements sur ce package.

Les calculs ADAO définis en interface textuelle (API/TUI, voir la
:ref:`section_tui`) peuvent alors être interprétés depuis l'environnement R, en
utilisant des données et des informations depuis R. La démarche est illustrée
sur :ref:`subsection_tui_example`, proposé dans la description de l'interface
API/TUI. Dans l'interpréteur R, on peut exécuter les commandes suivantes,
directement issues de l'exemple simple::

    #
    # IMPORTANT : à exécuter dans l'interpréteur R
    # --------------------------------------------
    library(rPython)
    python.exec("
        from numpy import array
        import adaoBuilder
        case = adaoBuilder.New()
        case.set( 'AlgorithmParameters', Algorithm='3DVAR' )
        case.set( 'Background',          Vector=[0, 1, 2] )
        case.set( 'BackgroundError',     ScalarSparseMatrix=1.0 )
        case.set( 'Observation',         Vector=array([0.5, 1.5, 2.5]) )
        case.set( 'ObservationError',    DiagonalSparseMatrix='1 1 1' )
        case.set( 'ObservationOperator', Matrix='1 0 0;0 2 0;0 0 3' )
        case.set( 'Observer',            Variable='Analysis', Template='ValuePrinter' )
        case.execute()
    ")

dont le résultat est::

    Analysis [ 0.25000264  0.79999797  0.94999939]

Dans la rédaction des calculs ADAO exécutés depuis R, il convient d'être très
attentif au bon usage des guillemets simples et doubles, qui ne doivent pas
collisionner entre les deux langages.

Les données peuvent venir l'environnement R et doivent être rangées dans des
variables correctement assignées, pour être utilisées ensuite en Python pour
ADAO. On se reportera à la documentation [GilBellosta15]_ pour la mise en
oeuvre. On peut transformer l'exemple ci-dessus pour utiliser des données
provenant de R pour alimenter les trois variables d'ébauche, d'observation et
d'opérateur d'observation. On récupère à la fin l'état optimal dans une variable
R aussi. Les autres lignes sont identiques. L'exemple devient ainsi::

    #
    # IMPORTANT : à exécuter dans l'interpréteur R
    # --------------------------------------------
    #
    # Variables R
    # -----------
    xb <- 0:2
    yo <- c(0.5, 1.5, 2.5)
    h <- '1 0 0;0 2 0;0 0 3'
    #
    # Code Python
    # -----------
    library(rPython)
    python.assign( "xb",  xb )
    python.assign( "yo",  yo )
    python.assign( "h",  h )
    python.exec("
        from numpy import array
        import adaoBuilder
        case = adaoBuilder.New()
        case.set( 'AlgorithmParameters', Algorithm='3DVAR' )
        case.set( 'Background',          Vector=xb )
        case.set( 'BackgroundError',     ScalarSparseMatrix=1.0 )
        case.set( 'Observation',         Vector=array(yo) )
        case.set( 'ObservationError',    DiagonalSparseMatrix='1 1 1' )
        case.set( 'ObservationOperator', Matrix=str(h) )
        case.set( 'Observer',            Variable='Analysis', Template='ValuePrinter' )
        case.execute()
        xa = list(case.get('Analysis')[-1])
    ")
    #
    # Variables R
    # -----------
    xa <- python.get("xa")

On remarquera les conversions explicite de type ``str`` et ``list`` pour
s'assurer que les données sont bien transmises en type standards connus du
package "*rPython*". De plus, ce sont les données qui peuvent être transférées
entre les deux langages, et pas des fonctions ou méthodes. Il convient donc
d'élaborer en Python de manière générique les fonctions d'exécution requises par
ADAO, et de leur transmettre ensuite de manière correcte les données disponibles
en R.

Les cas plus complets, proposés dans les :ref:`subsection_tui_advanced`, peuvent
être exécutés de la même manière, et ils donnent le même résultat que dans
l'interface API/TUI en Python standard.

.. _section_advanced_observer:

Obtenir des informations sur des variables spéciales au cours d'un calcul ADAO en YACS
--------------------------------------------------------------------------------------

.. index:: single: Observer
.. index:: single: Observer Template

Certaines variables spéciales internes à l'optimisation, utilisées au cours des
calculs, peuvent être surveillées durant un calcul ADAO. Ces variables peuvent
être affichées, tracées, enregistrées, etc. C'est réalisable en utilisant des
"*observer*", qui sont des scripts, chacun associé à une variable.

Des modèles ("templates") sont disponibles lors de l'édition le cas ADAO dans
l'éditeur graphique. Ces scripts simples peuvent être adaptés par l'utilisateur,
soit dans l'étape d'édition intégrée, ou dans l'étape d'édition avant
l'exécution, pour améliorer l'adaptation du calcul ADAO dans le superviseur
d'exécution de SALOME.

Pour mettre en oeuvre ces "*observer*" de manière efficace, on se reportera aux
:ref:`ref_observers_requirements`.

Obtenir plus d'information lors du déroulement d'un calcul
----------------------------------------------------------

.. index:: single: Logging

Lors du déroulement d'un calcul, des données et messages utiles sont
disponibles. Il y a deux manières d'obtenir ces informations.

La première, et la manière préférentielle, est d'utiliser la variable interne
"*Debug*" disponible dans chaque cas ADAO. Elle est atteignable dans l'interface
graphique d'édition du module. La mettre à "*1*" permet d'envoyer des messages
dans la fenêtre de sortie de l'exécution dans YACS ("*YACS Container Log*").

La seconde consiste à utiliser le module Python natif "*logging*" (voir la
documentation Python http://docs.python.org/library/logging.html pour de plus
amples informations sur ce module). Dans l'ensemble du schéma YACS,
principalement à travers les entrées sous forme de scripts, l'utilisateur peut
fixer le niveau de logging en accord avec les besoins d'informations détaillées.
Les différents niveaux de logging sont : "*DEBUG*", "*INFO*", "*WARNING*",
"*ERROR*", "*CRITICAL*". Toutes les informations associées à un niveau sont
affichées à tous les niveaux au-dessus de celui-ci (inclut). La méthode la plus
facile consiste à changer le niveau de surveillance en utilisant les lignes
Python suivantes::

    import logging
    logging.getLogger().setLevel(logging.DEBUG)

Le niveau par défaut standard de surveillance par logging est "*WARNING*", le
niveau par défaut dans le module ADAO est "*INFO*".

Il est aussi recommandé d'inclure de la surveillance par logging ou des
mécanismes de débogage dans le code de simulation, et de les utiliser en
conjonction avec les deux méthodes précédentes. Néanmoins, il convient d'être
prudent dans le stockage de "grosses" variables car cela coûte du temps,
quel que soit le niveau de surveillance choisi (c'est-à-dire même si ces
variables ne sont pas affichées).

.. _subsection_ref_parallel_df:

Accélérer les calculs de dérivées numériques en utilisant un mode parallèle
---------------------------------------------------------------------------

.. index:: single: EnableMultiProcessing
.. index:: single: NumberOfProcesses

Lors de la définition d'un opérateur, comme décrit dans le chapitre des
:ref:`section_ref_operator_requirements`, l'utilisateur peut choisir la forme
fonctionnelle "*ScriptWithOneFunction*". Cette forme conduit explicitement à
approximer les opérateurs tangent et adjoint par un calcul par différences
finies. Il requiert de nombreux appels à l'opérateur direct (fonction définie
par l'utilisateur), au moins autant de fois que la dimension du vecteur d'état.
Ce sont ces appels qui peuvent être potentiellement exécutés en parallèle.

Sous certaines conditions, il est alors possible d'accélérer les calculs de
dérivées numériques en utilisant un mode parallèle pour l'approximation par
différences finies. Lors de la définition d'un cas ADAO, c'est effectué en
ajoutant le mot-clé optionnel "*EnableMultiProcessing*", mis à "1", de la
commande "*SCRIPTWITHONEFUNCTION*" dans la définition de l'opérateur. Le mode
parallèle utilise uniquement des ressources locales (à la fois multi-coeurs ou
multi-processeurs) de l'ordinateur sur lequel SALOME est en train de tourner,
demandant autant de ressources que disponible. Si nécessaire, on peut réduire
les ressources disponibles en limitant le nombre possible de processus
parallèles grâce au mot-clé optionnel "*NumberOfProcesses*", que l'on met au
maximum souhaité (ou à "0" pour le contrôle automatique, qui est la valeur par
défaut). Par défaut, ce mode parallèle est désactivé
("*EnableMultiProcessing=0*").

Les principales conditions pour réaliser ces calculs parallèles viennent de la
fonction définie par l'utilisateur, qui représente l'opérateur direct. Cette
fonction doit au moins être "thread safe" pour être exécutée dans un
environnement Python parallèle (notions au-delà du cadre de ce paragraphe). Il
n'est pas évident de donner des règles générales, donc il est recommandé, à
l'utilisateur qui active ce parallélisme interne, de vérifier soigneusement sa
fonction et les résultats obtenus.

D'un point de vue utilisateur, certaines conditions, qui doivent être réunies
pour mettre en place des calculs parallèles pour les approximations des
opérateurs tangent et adjoint, sont les suivantes :

#. La dimension du vecteur d'état est supérieure à 2 ou 3.
#. Le calcul unitaire de la fonction utilisateur directe "dure un certain temps", c'est-à-dire plus que quelques minutes.
#. La fonction utilisateur directe n'utilise pas déjà du parallélisme (ou l'exécution parallèle est désactivée dans le calcul de l'utilisateur).
#. La fonction utilisateur directe n'effectue pas d'accès en lecture/écriture à des ressources communes, principalement des données stockées, des fichiers de sortie ou des espaces mémoire.
#. Les "*observer*" ajoutés par l'utilisateur n'effectuent pas d'accès en lecture/écriture à des ressources communes, comme des fichiers ou des espaces mémoire.

Si ces conditions sont satisfaites, l'utilisateur peut choisir d'activer le
parallélisme interne pour le calcul des dérivées numériques. Malgré la
simplicité d'activation, obtenue en définissant une variable seulement,
l'utilisateur est fortement invité à vérifier les résultats de ses calculs. Il
faut au moins les effectuer une fois avec le parallélisme activé, et une autre
fois avec le parallélisme désactivé, pour comparer les résultats. Si cette mise
en oeuvre échoue à un moment ou à un autre, il faut savoir que ce schéma de
parallélisme fonctionne pour des codes complexes, comme *Code_Aster* dans
*SalomeMeca* [SalomeMeca]_ par exemple. Donc, si cela ne marche pas dans votre
cas, vérifiez bien votre fonction d'opérateur avant et pendant l'activation du
parallélisme...

.. warning::

  en cas de doute, il est recommandé de NE PAS ACTIVER ce parallélisme.

On rappelle aussi qu'il faut choisir dans YACS un container par défaut de type
"*multi*" pour le lancement du schéma, pour permettre une exécution
véritablement parallèle.

Passer d'une version d'ADAO à une nouvelle
------------------------------------------

.. index:: single: Version

Le module ADAO et ses fichiers de cas ".comm" sont identifiés par des versions,
avec des caractéristiques "Major", "Minor" et "Revision". Une version
particulière est numérotée "Major.Minor.Revision", avec un lien fort avec la
numérotation de la plateforme SALOME.

Chaque version "Major.Minor.Revision" du module ADAO peut lire les fichiers de
cas ADAO de la précédente version mineure "Major.Minor-1.*". En général, elle
peut aussi lire les fichiers de cas de toutes les versions mineures "Major.*.*"
d'une branche majeure, mais ce n'est pas obligatoirement vrai pour toutes les
commandes ou tous les mots-clés. En général aussi, un fichier de cas ADAO d'une
version ne peut pas être lu par une précédente version mineure ou majeure du
module ADAO.

Passer de la version 7.8 à la 8.1
+++++++++++++++++++++++++++++++++

Il n'y a pas d'incompatibilité connue pour les fichiers de cas ADAO. La
procédure de montée en version consiste à lire l'ancien fichier de cas ADAO
avec le nouveau module SALOME/ADAO, et à l'enregistrer avec un nouveau nom.

Passer de la version 7.x à la 7.y avec x < y
++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++

Il n'y a pas d'incompatibilité connue pour les fichiers de cas ADAO. La
procédure de montée en version consiste à lire l'ancien fichier de cas ADAO
avec le nouveau module SALOME/ADAO, et à l'enregistrer avec un nouveau nom.

Passer de la version 6.6 à la 7.2
+++++++++++++++++++++++++++++++++

Il n'y a pas d'incompatibilité connue pour les fichiers de cas ADAO. La
procédure de montée en version consiste à lire l'ancien fichier de cas ADAO avec
le nouveau module SALOME/ADAO, et à l'enregistrer avec un nouveau nom.

Il y a une incompatibilité introduite dans les fichiers de script de
post-processing ou d'observers. L'ancienne syntaxe pour interroger un objet
résultat, comme celui d'analyse "*Analysis*" (fourni dans un script à travers le
mot-clé "*UserPostAnalysis*"), était par exemple::

    Analysis = ADD.get("Analysis").valueserie(-1)
    Analysis = ADD.get("Analysis").valueserie()

La nouvelle syntaxe est entièrement compatible avec celle (classique) pour les
objets de type liste ou tuple::

    Analysis = ADD.get("Analysis")[-1]
    Analysis = ADD.get("Analysis")[:]

Les scripts de post-processing doivent être modifiés.

Passer de la version 6.x à la 6.y avec x < y
++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++

Il n'y a pas d'incompatibilité connue pour les fichiers de cas ADAO. La
procédure de montée en version consiste à lire l'ancien fichier de cas ADAO avec
le nouveau module SALOME/ADAO, et à l'enregistrer avec un nouveau nom.

Il y a une incompatibilité introduite dans les fichiers de script d'opérateur,
lors de la dénomination des opérateurs élémentaires utilisés pour l'opérateur
d'observation par script. Les nouveaux noms requis sont "*DirectOperator*",
"*TangentOperator*" et "*AdjointOperator*", comme décrit dans la quatrième
partie du chapitre :ref:`section_reference`. Les fichiers de script d'opérateur
doivent être modifiés.