doc/fr/advanced.rst

   1 ..
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   3
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  19
  20    See http://www.salome-platform.org/ or email : webmaster.salome@opencascade.com
  21
  22    Author: Jean-Philippe Argaud, jean-philippe.argaud@edf.fr, EDF R&D
  23
  24 .. _section_advanced:
  25
  26 ================================================================================
  27 **[DocU]** Usages avancés du module ADAO
  28 ================================================================================
  29
  30 Cette section présente des méthodes avancées d'usage du module ADAO, comment
  31 obtenir plus d'information lors d'un calcul, ou comment l'utiliser sans
  32 l'interface graphique (GUI). Cela nécessite de savoir comment trouver les
  33 fichiers ou les commandes incuses dans l'installation complète de SALOME. Tous
  34 les noms à remplacer par l'utilisateur sont indiqués par la syntaxe ``<...>``.
  35
  36 Convertir et exécuter un fichier de commandes ADAO (JDC) par l'intermédiaire d'un script shell
  37 ----------------------------------------------------------------------------------------------
  38
  39 Il est possible de convertir et exécuter une fichier de commandes ADAO (JDC, ou
  40 paire de fichiers ".comm/.py", qui se trouvent dans le répertoire ``<Répertoire
  41 du fichier JDC ADAO>``) automatiquement en utilisant un script de commandes
  42 shell "type" contenant toutes les étapes requises. L'utilisateur doit savoir où
  43 se trouvent les principaux fichiers de lancement de SALOME, et en particulier le
  44 fichier ``runAppli``. Le répertoire dans lequel ce fichier réside est
  45 symboliquement nommé ``<Répertoire principal d'installation de SALOME>`` et doit
  46 être remplacé par le bon dans le modèle "type" de fichier shell.
  47
  48 Lorsqu'un fichier de commande ADAO est construit par l'interface d'édition
  49 EFICAS d'ADAO et est enregistré, s'il est nommé par exemple "EtudeAdao1.comm",
  50 alors un fichier compagnon nommé "EtudeAdao1.py" est automatiquement créé dans
  51 la même répertoire. Il est nommé ``<Fichier Python ADAO>`` dans le modèle
  52 "type", et il est converti vers YACS comme un ``<Schéma xml YACS ADAO>``.
  53 Ensuite, il peut être exécuté en mode console en utilisant la commande standard
  54 en mode console de YACS (voir la documentation YACS pour de plus amples
  55 informations).
  56
  57 Dans l'exemple, on choisit de démarrer et arrêter le serveur d'application
  58 SALOME dans le même script, ce qui n'est pas nécessaire, mais utile pour éviter
  59 des sessions SALOME en attente. On choisit aussi de supprimer le fichier de
  60 ``<Schéma xml YACS ADAO>`` car c'est un fichier généré. L'utilisateur de ce
  61 script a seulement besoin de remplacer le texte contenu entre les symboles
  62 ``<...>``
  63
  64 Le modèle "type" de ce script de commandes shell est le suivant::
  65
  66     #!/bin/bash
  67     export USERDIR=<Répertoire du fichier JDC ADAO>
  68     export SALOMEDIR=<Répertoire principal d'installation de SALOME>
  69     $SALOMEDIR/runAppli -k -t
  70     $SALOMEDIR/runSession python \
  71         $SALOMEDIR/bin/salome/AdaoYacsSchemaCreator.py \
  72         $USERDIR/<Fichier Python ADAO> $USERDIR/<Schéma xml YACS ADAO>
  73     $SALOMEDIR/runSession driver $USERDIR/<Schéma xml YACS ADAO>
  74     $SALOMEDIR/runSession killSalome.py
  75     rm -f $USERDIR/<Schéma xml YACS ADAO>
  76
  77 Les sorties standard et d'erreur se font à la console.
  78
  79 Exécuter un schéma de calcul ADAO dans YACS en utilisant le mode "texte" (TUI)
  80 ------------------------------------------------------------------------------
  81
  82 Cette section décrit comment exécuter en mode TUI (Text User Interface) un
  83 schéma de calcul YACS, obtenu par la fonction "*Exporter vers YACS*" d'ADAO.
  84 Cela utilise le mode texte standard de YACS, qui est rapidement rappelé ici
  85 (voir la documentation YACS pour de plus amples informations) à travers un
  86 exemple simple. Comme décrit dans la documentation, un schéma XML peut être
  87 chargé en python. On donne ici une séquence complète de commandes pour tester la
  88 validité du schéma avant de l'exécuter, ajoutant des lignes supplémentaires
  89 initiales pour charger de manière explicite le catalogue de types pour éviter
  90 d'obscures difficultés::
  91
  92     #-*-coding:iso-8859-1-*-
  93     import pilot
  94     import SALOMERuntime
  95     import loader
  96     SALOMERuntime.RuntimeSALOME_setRuntime()
  97
  98     r = pilot.getRuntime()
  99     xmlLoader = loader.YACSLoader()
 100     xmlLoader.registerProcCataLoader()
 101     try:
 102      catalogAd = r.loadCatalog("proc", "<Schéma xml YACS ADAO>")
 103     except:
 104       pass
 105     r.addCatalog(catalogAd)
 106
 107     try:
 108         p = xmlLoader.load("<Schéma xml YACS ADAO>")
 109     except IOError,ex:
 110         print "IO exception:",ex
 111
 112     logger = p.getLogger("parser")
 113     if not logger.isEmpty():
 114         print "The imported file has errors :"
 115         print logger.getStr()
 116
 117     if not p.isValid():
 118         print "Le schéma n'est pas valide et ne peut pas être exécuté"
 119         print p.getErrorReport()
 120
 121     info=pilot.LinkInfo(pilot.LinkInfo.ALL_DONT_STOP)
 122     p.checkConsistency(info)
 123     if info.areWarningsOrErrors():
 124         print "Le schéma n'est pas cohérent et ne peut pas être exécuté"
 125         print info.getGlobalRepr()
 126
 127     e = pilot.ExecutorSwig()
 128     e.RunW(p)
 129     if p.getEffectiveState() != pilot.DONE:
 130         print p.getErrorReport()
 131
 132 Cette démarche permet par exemple d'éditer le schéma YACS XML en mode texte TUI,
 133 ou de rassembler les résultats pour un usage ultérieur.
 134
 135 Obtenir des informations sur des variables spéciales au cours d'un calcul ADAO en YACS
 136 --------------------------------------------------------------------------------------
 137
 138 .. index:: single: Observer
 139 .. index:: single: Observers
 140 .. index:: single: Observer Template
 141
 142 Certaines variables spéciales internes à l'optimisation, utilisées au cours des
 143 calculs, peuvent être surveillées durant un calcul ADAO en YACS. Ces variables
 144 peuvent être affichées, tracées, enregistrées, etc. C'est réalisable en
 145 utilisant des "*observers*", qui sont des scripts, chacun associé à une
 146 variable. Pour pouvoir utiliser cette capacité, l'utilisateur doit construire
 147 des scripts disposant en entrée standard (i.e. disponible dans l'espace de
 148 nommage) des variables ``var`` et ``info``. La variable ``var`` est à utiliser
 149 de la même manière que l'objet final ADD, c'est-à-dire comme un objet de type
 150 liste/tuple.
 151
 152 Des modèles ("templates") sont disponibles lors de l'édition le cas ADAO dans
 153 l'éditeur EFICAS. Ces scripts simples peuvent être adaptés par l'utilisateur,
 154 soit dans l'étape EFICAS, ou dans l'étape d'édition YACS, pour améliorer
 155 l'adaptation du calcul ADAO dans YACS.
 156
 157 A titre d'exemple, voici un script trés simple (similaire au modèle
 158 "*ValuePrinter*") utilisable pour afficher la valeur d'une variable surveillée::
 159
 160     print "    --->",info," Value =",var[-1]
 161
 162 Stocké comme un fichier Python, ce script peut être associé à chaque variable
 163 présente dans le mot-clé "*SELECTION*" de la commande "*Observers*":
 164 "*Analysis*", "*CurrentState*", "*CostFunction*"... La valeur courante de la
 165 variable sera affichée à chaque étape de l'algorithme d'optimisation ou
 166 d'assimilation. Les "*observers*" peuvent inclure des capacités d'affichage
 167 graphique, de stockage, d'affichage complexe, de traitement statistique, etc.
 168
 169 Obtenir plus d'information lors du déroulement d'un calcul
 170 ----------------------------------------------------------
 171
 172 Lors du déroulement d'un calcul, des données et messages utiles sont
 173 disponibles. Il y a deux manières d'obtenir ces informations.
 174
 175 La première, et la manière préférentielle, est d'utiliser la variable interne
 176 "*Debug*" disponible dans chaque cas ADAO. Elle est atteignable dans l'interface
 177 graphique d'édition du module. La mettre à "*1*" permet d'envoyer des messages
 178 dans la fenêtre de sortie de l'exécution dans YACS ("*YACS Container Log*").
 179
 180 La seconde consiste à utiliser le module Python natif "*logging*" (voir la
 181 documentation Python http://docs.python.org/library/logging.html pour de plus
 182 amples informations sur ce module). Dans l'ensemble du schéma YACS,
 183 principalement à travers les entrées sous forme de scripts, l'utilisateur peut
 184 fixer le niveau de logging en accord avec les besoins d'informations détaillées.
 185 Les différents niveaux de logging sont : "*DEBUG*", "*INFO*", "*WARNING*",
 186 "*ERROR*", "*CRITICAL*". Toutes les informations associées à un niveau sont
 187 affichées à tous les niveaux au-dessus de celui-ci (inclut). La méthode la plus
 188 facile consiste à changer le niveau de surveillance en utilisant les lignes
 189 Python suivantes::
 190
 191     import logging
 192     logging.getLogger().setLevel(logging.DEBUG)
 193
 194 Le niveau par défaut standard de surveillance par logging est "*WARNING*", le
 195 niveau par défaut dans le module ADAO est "*INFO*".
 196
 197 Il est aussi recommandé d'inclure de la surveillance par logging ou des
 198 mécanismes de débogage dans le code de simulation, et de les utiliser en
 199 conjonction avec les deux méthodes précédentes. Néanmoins, il convient d'être
 200 prudent dans le stockage de "grosses" variables car cela coûte du temps,
 201 quel que soit le niveau de surveillance choisi (c'est-à-dire même si ces
 202 variables ne sont pas affichées).
 203
 204 Accélérer les calculs de dérivées numériques en utilisant un mode parallèle
 205 ---------------------------------------------------------------------------
 206
 207 Lors de la définition d'un opérateur, comme décrit dans la chapitre
 208 :ref:`section_reference`, l'utilisateur peut choisir la forme fonctionnelle
 209 "*ScriptWithOneFunction*". Cette forme conduit explicitement à approximer les
 210 opérateurs tangent et adjoint par un calcul par différences finies. Il requiert
 211 de nombreux appels à l'opérateur direct (fonction définie par l'utilisateur), au
 212 moins autant de fois que la dimension du vecteur d'état. Ce sont ces appels qui
 213 peuvent être potentiellement exécutés en parallèle.
 214
 215 Sous certaines conditions, il est alors possible d'accélérer les calculs de
 216 dérivées numériques en utilisant un mode parallèle pour l'approximation par
 217 différences finies. Lors de la définition d'un cas ADAO, c'est effectué en
 218 ajoutant le mot-clé optionnel "*EnableMultiProcessing*", mis à "1", de la
 219 commande "*SCRIPTWITHONEFUNCTION*" dans la définition de l'opérateur. Le mode
 220 parallèle utilise uniquement des ressources locales (à la fois multi-coeurs ou
 221 multi-processeurs) de l'ordinateur sur lequel SALOME est en train de tourner,
 222 demandant autant de ressources que disponible. Par défaut, ce mode parallèle est
 223 désactivé ("*EnableMultiProcessing=0*").
 224
 225 Les principales conditions pour réaliser ces calculs parallèles viennent de la
 226 fonction définie par l'utilisateur, qui représente l'opérateur direct. Cette
 227 fonction doit au moins être "thread safe" pour être exécutée dans un
 228 environnement Python parallèle (notions au-delà du cadre de ce paragraphe). Il
 229 n'est pas évident de donner des règles générales, donc il est recommandé, à
 230 l'utilisateur qui active ce parallélisme interne, de vérifier soigneusement sa
 231 fonction et les résultats obtenus.
 232
 233 D'un point de vue utilisateur, certaines conditions, qui doivent être réunies
 234 pour mettre en place des calculs parallèles pour les approximations des
 235 opérateurs tangent et adjoint, sont les suivantes :
 236
 237 #. La dimension du vecteur d'état est supérieure à 2 ou 3.
 238 #. Le calcul unitaire de la fonction utilisateur directe "dure un certain temps", c'est-à-dire plus que quelques minutes.
 239 #. La fonction utilisateur directe n'utilise pas déjà du parallélisme (ou l'exécution parallèle est désactivée dans le calcul de l'utilisateur).
 240 #. La fonction utilisateur directe n'effectue pas d'accès en lecture/écriture à des ressources communes, principalement des données stockées, des fichiers de sortie ou des espaces mémoire.
 241 #. Les observers ajoutés par l'utilisateur n'effectuent pas d'accès en lecture/écriture à des ressources communes, comme des fichiers ou des espaces mémoire.
 242
 243 Si ces conditions sont satisfaites, l'utilisateur peut choisir d'activer le
 244 parallélisme interne pour le calcul des dérivées numériques. Malgré la
 245 simplicité d'activation, obtenue en définissant une variable seulement,
 246 l'utilisateur est fortement invité à vérifier les résultats de ses calculs. Il
 247 faut au moins les effectuer une fois avec le parallélisme activé, et une autre
 248 fois avec le parallélisme désactivé, pour comparer les résultats. Si cette mise
 249 en oeuvre échoue à un moment ou à un autre, il faut savoir que ce schéma de
 250 parallélisme fonctionne pour des codes complexes, comme *Code_Aster* dans
 251 *SalomeMeca* [SalomeMeca]_ par exemple. Donc, si cela ne marche pas dans votre
 252 cas, vérifiez bien votre fonction d'opérateur avant et pendant l'activation du
 253 parallélisme...
 254
 255 **En cas de doute, il est recommandé de NE PAS ACTIVER ce parallélisme.**
 256
 257 Passer d'une version d'ADAO à une nouvelle
 258 ------------------------------------------
 259
 260 Le module ADAO et ses fichiers de cas ".comm" sont identifiés par des versions,
 261 avec des caractéristiques "Major", "Minor" et "Revision". Une version
 262 particulière est numérotée "Major.Minor.Revision", avec un lien fort avec la
 263 numérotation de la plateforme SALOME.
 264
 265 Chaque version "Major.Minor.Revision" du module ADAO peut lire les fichiers de
 266 cas ADAO de la précédente version mineure "Major.Minor-1.*". En général, elle
 267 peut aussi lire les fichiers de cas de toutes les versions mineures "Major.*.*"
 268 d'une branche majeure, mais ce n'est pas obligatoirement vrai pour toutes les
 269 commandes ou tous les mots-clés. En général aussi, un fichier de cas ADAO d'une
 270 version ne peut pas être lu par une précédente version mineure ou majeure du
 271 module ADAO.
 272
 273 Passer de la version 7.4 à la 7.5
 274 +++++++++++++++++++++++++++++++++
 275
 276 Il n'y a pas d'incompatibilité connue pour les fichiers de cas ADAO. La
 277 procédure de montée en version consiste à lire l'ancien fichier de cas ADAO
 278 avec le nouveau module SALOME/ADAO, et à l'enregistrer avec un nouveau nom.
 279
 280 Passer de la version 7.3 à la 7.4
 281 +++++++++++++++++++++++++++++++++
 282
 283 Il n'y a pas d'incompatibilité connue pour les fichiers de cas ADAO. La
 284 procédure de montée en version consiste à lire l'ancien fichier de cas ADAO
 285 avec le nouveau module SALOME/ADAO, et à l'enregistrer avec un nouveau nom.
 286
 287 Passer de la version 7.2 à la 7.3
 288 +++++++++++++++++++++++++++++++++
 289
 290 Il n'y a pas d'incompatibilité connue pour les fichiers de cas ADAO. La
 291 procédure de montée en version consiste à lire l'ancien fichier de cas ADAO
 292 avec le nouveau module SALOME/ADAO, et à l'enregistrer avec un nouveau nom.
 293
 294 Passer de la version 6.6 à la 7.2
 295 +++++++++++++++++++++++++++++++++
 296
 297 Il n'y a pas d'incompatibilité connue pour les fichiers de cas ADAO. La
 298 procédure de montée en version consiste à lire l'ancien fichier de cas ADAO avec
 299 le nouveau module SALOME/ADAO, et à l'enregistrer avec un nouveau nom.
 300
 301 Il y a une incompatibilité introduite dans les fichiers de script de
 302 post-processing ou d'observers. L'ancienne syntaxe pour interroger un objet
 303 résultat, comme celui d'analyse "*Analysis*" (fourni dans un script à travers le
 304 mot-clé "*UserPostAnalysis*"), était par exemple::
 305
 306     Analysis = ADD.get("Analysis").valueserie(-1)
 307     Analysis = ADD.get("Analysis").valueserie()
 308
 309 La nouvelle syntaxe est entièrement compatible avec celle (classique) pour les
 310 objets de type liste ou tuple::
 311
 312     Analysis = ADD.get("Analysis")[-1]
 313     Analysis = ADD.get("Analysis")[:]
 314
 315 Les scripts de post-processing doivent être modifiés.
 316
 317 Passer de la version 6.5 à la 6.6
 318 +++++++++++++++++++++++++++++++++
 319
 320 Il n'y a pas d'incompatibilité connue pour les fichiers de cas ADAO. La
 321 procédure de montée en version consiste à lire l'ancien fichier de cas ADAO avec
 322 le nouveau module SALOME/ADAO, et à l'enregistrer avec un nouveau nom.
 323
 324 Il y a une incompatibilité introduite dans la dénomination des opérateurs
 325 élémentaires utilisés pour l'opérateur d'observation par script. Les nouveaux
 326 noms requis sont "*DirectOperator*", "*TangentOperator*" et "*AdjointOperator*",
 327 comme décrit dans la quatrième partie du chapitre :ref:`section_reference`. Les
 328 scripts d'opérateur doivent être modifiés.
 329
 330 Passer de la version 6.4 à la 6.5
 331 +++++++++++++++++++++++++++++++++
 332
 333 Il n'y a pas d'incompatibilité connue pour les fichiers de cas ADAO. La
 334 procédure de montée en version consiste à lire l'ancien fichier de cas ADAO avec
 335 le nouveau module SALOME/ADAO, et à l'enregistrer avec un nouveau nom.
 336
 337 Passer de la version 6.3 à la 6.4
 338 +++++++++++++++++++++++++++++++++
 339
 340 Il n'y a pas d'incompatibilité connue pour les fichiers de cas ADAO. La
 341 procédure de montée en version consiste à lire l'ancien fichier de cas ADAO avec
 342 le nouveau module SALOME/ADAO, et à l'enregistrer avec un nouveau nom.