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  18    Foundation, Inc., 59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA  02111-1307 USA
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  20    See http://www.salome-platform.org/ or email : webmaster.salome@opencascade.com
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  22    Author: Jean-Philippe Argaud, jean-philippe.argaud@edf.fr, EDF R&D
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  24 .. _section_reference:
  25
  26 ================================================================================
  27 **[DocR]** Reference description of the ADAO commands and keywords
  28 ================================================================================
  29
  30 The following sections present the reference description of the ADAO commands
  31 and keywords available through the GUI or through scripts. A first common
  32 section presents in general the :ref:`section_reference_entry`. After that, one
  33 describes successively the :ref:`section_reference_assimilation` and the
  34 :ref:`section_reference_checking`.
  35
  36 Each command or keyword to be defined through the ADAO GUI has some properties.
  37 The first property is to be *required*, *optional* or only factual, describing a
  38 type of input. The second property is to be an "open" variable with a fixed type
  39 but with any value allowed by the type, or a "restricted" variable, limited to
  40 some specified values. The EFICAS editor GUI having build-in validating
  41 capacities, the properties of the commands or keywords given through this GUI
  42 are automatically correct.
  43
  44 .. _section_reference_entry:
  45
  46 ========================================================================================
  47 **[DocR]** General entries, functions and matrices
  48 ========================================================================================
  49
  50 This section describes in general the different possible entry types, and the
  51 functional or matrix forms that can be used. The mathematical notations used
  52 afterwards are explained in the section :ref:`section_theory`.
  53
  54 .. toctree::
  55    :maxdepth: 1
  56
  57    ref_entry_types
  58    ref_options_AlgorithmParameters
  59    ref_operator_requirements
  60    ref_covariance_requirements
  61
  62 .. _section_reference_assimilation:
  63
  64 ============================================================================================
  65 **[DocR]** Data assimilation or optimization calculation cases
  66 ============================================================================================
  67
  68 This section describes the data assimilation or optimization algorithms
  69 available in ADAO, detailing their usage characteristics and their options.
  70
  71 Some examples on these commands usage are available in the section
  72 :ref:`section_examples` and in the sample files installed with the ADAO module.
  73 The mathematical notations used afterward are explained in the section
  74 :ref:`section_theory`.
  75
  76 .. toctree::
  77    :maxdepth: 1
  78
  79    ref_assimilation_keywords
  80    ref_algorithm_3DVAR
  81    ref_algorithm_LinearLeastSquares
  82    ref_algorithm_NonLinearLeastSquares
  83    ref_algorithm_Blue
  84    ref_algorithm_ExtendedBlue
  85    ref_algorithm_EnsembleBlue
  86    ref_algorithm_KalmanFilter
  87    ref_algorithm_ExtendedKalmanFilter
  88    ref_algorithm_UnscentedKalmanFilter
  89    ref_algorithm_ParticleSwarmOptimization
  90    ref_algorithm_QuantileRegression
  91
  92 .. _section_reference_checking:
  93
  94 ================================================================================
  95 **[DocR]** Checking cases
  96 ================================================================================
  97
  98 This section describes the checking algorithms available in ADAO, detailing
  99 their usage characteristics and their options.
 100
 101 Some examples on these commands usage are available in the section
 102 :ref:`section_examples` and in the sample files installed with the ADAO module.
 103 The mathematical notations used afterward are explained in the section
 104 :ref:`section_theory`.
 105
 106 .. toctree::
 107    :maxdepth: 1
 108
 109    ref_checking_keywords
 110    ref_algorithm_AdjointTest
 111    ref_algorithm_FunctionTest
 112    ref_algorithm_GradientTest
 113    ref_algorithm_LinearityTest
 114    ref_algorithm_ObserverTest
 115    ref_algorithm_TangentTest
 116    ref_algorithm_SamplingTest