doc/en/bibliography.rst

   1 ..
   2    Copyright (C) 2008-2023 EDF R&D
   3
   4    This file is part of SALOME ADAO module.
   5
   6    This library is free software; you can redistribute it and/or
   7    modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
   8    License as published by the Free Software Foundation; either
   9    version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  10
  11    This library is distributed in the hope that it will be useful,
  12    but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  13    MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
  14    Lesser General Public License for more details.
  15
  16    You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  17    License along with this library; if not, write to the Free Software
  18    Foundation, Inc., 59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA  02111-1307 USA
  19
  20    See http://www.salome-platform.org/ or email : webmaster.salome@opencascade.com
  21
  22    Author: Jean-Philippe Argaud, jean-philippe.argaud@edf.fr, EDF R&D
  23
  24 .. _section_bibliography:
  25
  26 ================================================================================
  27 Bibliography
  28 ================================================================================
  29
  30 The present bibliography is made of an explicit choice of didactic references,
  31 often introductory but not only, and as far as possible publicly accessible.
  32 These references accompany the learning process as well as the advanced use of
  33 the methods available in the module, without the intention of constituting an
  34 exhaustive bibliography.
  35
  36 .. [Argaud09] Argaud J.-P., Bouriquet B., Hunt J., *Data Assimilation from Operational and Industrial Applications to Complex Systems*, Mathematics Today, pp.150-152, October 2009
  37
  38 .. [Asch16] Asch M., Bocquet M., Nodet M., *Data Assimilation - Methods, Algorithms and Applications*, SIAM, 2016
  39
  40 .. [Barrault04] Barrault M., Maday Y., Nguyen N. C., Patera A. T., *An 'empirical interpolation' method: application to efficient reduced-basis discretization of partial differential equations*, Comptes Rendus Mathématique, 339(9), pp.667–672, 2004
  41
  42 .. [Bishop01] Bishop C. H., Etherton B. J., Majumdar S. J., *Adaptive sampling with the ensemble transform Kalman filter. Part I: theoretical aspects*, Monthly Weather Review, 129, pp.420–436, 2001
  43
  44 .. [Bocquet04] Bocquet M., *Introduction aux principes et méthodes de l'assimilation de données en géophysique*, Lecture Notes, 2014
  45
  46 .. [Bouttier99] Bouttier B., Courtier P., *Data assimilation concepts and methods*, Meteorological Training Course Lecture Series, ECMWF, 1999
  47
  48 .. [Buchinsky98] Buchinsky M., *Recent Advances in Quantile Regression Models: A Practical Guidline for Empirical Research*, Journal of Human Resources, 33(1), pp.88-126, 1998
  49
  50 .. [Burgers98] Burgers G., Van Leuween P. J., Evensen G., *Analysis scheme in the Ensemble Kalman Filter*, Monthly Weather Review, 126(6), pp.1719–1724, 1998
  51
  52 .. [Byrd95] Byrd R. H., Lu P., Nocedal J., *A Limited Memory Algorithm for Bound Constrained Optimization*, SIAM Journal on Scientific and Statistical Computing, 16(5), pp.1190-1208, 1995
  53
  54 .. [Cade03] Cade B. S., Noon B. R., *A Gentle Introduction to Quantile Regression for Ecologists*, Frontiers in Ecology and the Environment, 1(8), pp.412-420, 2003
  55
  56 .. [Chakraborty08] Chakraborty U.K., *Advances in differential evolution*, Studies in computational intelligence, Vol.143, Springer, 2008
  57
  58 .. [Chaturantabut10] Chaturantabut S., Sorensen D.C., *Nonlinear model reduction via discrete empirical interpolation*, SIMA Journal of Scientific Computing, 32(5), pp.2737-2764, 2010
  59
  60 .. [Cohn98] Cohn S. E., Da Silva A., Guo J., Sienkiewicz M., Lamich D., *Assessing the effects of data selection with the DAO Physical-space Statistical Analysis System*, Monthly Weather Review, 126, pp.2913–2926, 1998
  61
  62 .. [Courtier94] Courtier P., Thépaut J.-N., Hollingsworth A., *A strategy for operational implementation of 4D-Var, using an incremental approach*, Quarterly Journal of the Royal Meteorological Society, 120(519), pp.1367–1387, 1994
  63
  64 .. [Courtier97] Courtier P., *Dual formulation of four-dimensional variational assimilation*, Quarterly Journal of the Royal Meteorological Society, 123(544), pp.2249-2261, 1997
  65
  66 .. [Das11] Das S., Suganthan P. N., *Differential Evolution: A Survey of the State-of-the-art*, IEEE Transactions on Evolutionary Computation, 15(1), pp.4-31, 2011
  67
  68 .. [Das16] Das S., Mullick S. S., Suganthan P. N., *Recent Advances in Differential Evolution - An Updated Survey*, Swarm and Evolutionary Computation, 27, pp.1-30, 2016
  69
  70 .. [Dautray85] Dautray R., Lions J.-L., et al., *Mathematical Analysis and Numerical Methods for Science and Technology*, Tome 1 à 6, Springer, 1988
  71
  72 .. [Evensen94] Evensen G., *Sequential data assimilation with a nonlinear quasi-geostrophic model using Monte Carlo methods to forecast error statistics*, Journal of Geophysical Research, 99(C5), pp.10143–10162, 1994
  73
  74 .. [Evensen03] Evensen G., *The Ensemble Kalman Filter: theoretical formulation and practical implementation*, Seminar on Recent developments in data assimilation for atmosphere and ocean, ECMWF, 8 to 12 September 2003
  75
  76 .. [GilBellosta15] Gil Bellosta C. J., *rPython: Package Allowing R to Call Python*, CRAN, 2015, https://cran.r-project.org/web/packages/rPython/ and http://rpython.r-forge.r-project.org/
  77
  78 .. [Glover89] Glover F., *Tabu Search-Part I*, ORSA Journal on Computing, 1(2), pp.190-206, 1989
  79
  80 .. [Glover90] Glover F., *Tabu Search-Part II*, ORSA Journal on Computing, 2(1), pp.4-32, 1990
  81
  82 .. [Gnuplot] *Gnuplot - Portable command-line driven graphing utility*, http://www.gnuplot.info/
  83
  84 .. [Gnuplot.py] *Gnuplot.py - A pipe-based interface to the gnuplot plotting program*, http://gnuplot-py.sourceforge.net
  85
  86 .. [Gong18] Gong H., *Data assimilation with reduced basis and noisy measurement: Applications to nuclear reactor cores*, PhD Thesis, Sorbonne Université (France), 2018
  87
  88 .. [Hamill00] Hamill T. M., Snyder C., *A Hybrid Ensemble Kalman Filter-3D Variational Analysis Scheme*, Monthly Weather Review, 128(8), pp.2905-2919, 2000
  89
  90 .. [Ide97] Ide K., Courtier P., Ghil M., Lorenc A. C., *Unified notation for data assimilation: operational, sequential and variational*, Journal of the Meteorological Society of Japan, 75(1B), pp.181-189, 1997
  91
  92 .. [Jazwinski70] Jazwinski A. H., *Stochastic Processes and Filtering Theory*,  Academic Press, 1970
  93
  94 .. [Johnson08] Johnson S. G., *The NLopt nonlinear-optimization package*, http://ab-initio.mit.edu/nlopt
  95
  96 .. [Kalnay03] Kalnay E., *Atmospheric Modeling, Data Assimilation and Predictability*, Cambridge University Press, 2003
  97
  98 .. [Koenker00] Koenker R., Hallock K. F., *Quantile Regression: an Introduction*, 2000, http://www.econ.uiuc.edu/~roger/research/intro/intro.html
  99
 100 .. [Koenker01] Koenker R., Hallock K. F., *Quantile Regression*, Journal of Economic Perspectives, 15(4), pp.143-156, 2001
 101
 102 .. [LeDimet86] Le Dimet F.-X., Talagrand 0., *Variational algorithms for analysis and assimilation of meteorological observations*, Tellus, 38A, pp.97-110, 1986
 103
 104 .. [Lions68] Lions J.-L., *Optimal Control of Systems Governed by Partial Differential Equations*, Springer, 1971
 105
 106 .. [Lorenc86] Lorenc A. C., *Analysis methods for numerical weather prediction*, Quarterly Journal of the Royal Meteorological Society, 112(474), pp.1177-1194, 1986
 107
 108 .. [Lorenc88] Lorenc A. C., *Optimal nonlinear objective analysis*, Quarterly Journal of the Royal Meteorological Society, 114(479), pp.205–240, 1988
 109
 110 .. [Morales11] Morales J. L., Nocedal J., *L-BFGS-B: Remark on Algorithm 778: L-BFGS-B, FORTRAN routines for large scale bound constrained optimization*, ACM Transactions on Mathematical Software, 38(1), 2011
 111
 112 .. [Nelder65] Nelder J. A., Mead R., *A simplex method for function minimization*, The Computer Journal, 7, pp.308-313, 1965
 113
 114 .. [NumPy20] Harris C.R. et al., *Array programming with NumPy*, Nature 585, pp.357–362, 2020, https://numpy.org/
 115
 116 .. [Powell64] Powell M. J. D., *An efficient method for finding the minimum of a function of several variables without calculating derivatives*, Computer Journal, 7(2), pp.155-162, 1964
 117
 118 .. [Powell94] Powell M. J. D., *A direct search optimization method that models the objective and constraint functions by linear interpolation*, in Advances in Optimization and Numerical Analysis, eds. S. Gomez and J-P Hennart, Kluwer Academic (Dordrecht), pp. 51-67, 1994
 119
 120 .. [Powell98] Powell M. J. D., *Direct search algorithms for optimization calculations*, Acta Numerica 7, pp.287-336, 1998
 121
 122 .. [Powell04] Powell M. J. D., *The NEWUOA software for unconstrained optimization without derivatives*, Proc. 40th Workshop on Large Scale Nonlinear Optimization, Erice, Italy, 2004
 123
 124 .. [Powell07] Powell M. J. D., *A view of algorithms for optimization without derivatives*, Cambridge University Technical Report DAMTP 2007/NA03, 2007
 125
 126 .. [Powell09] Powell M. J. D., *The BOBYQA algorithm for bound constrained optimization without derivatives*, Cambridge University Technical Report DAMTP NA2009/06, 2009
 127
 128 .. [Price05] Price K.V., Storn R., Lampinen J., *Differential evolution: a practical approach to global optimization*, Springer, 2005
 129
 130 .. [Python] *Python programming language*, http://www.python.org/
 131
 132 .. [Quarteroni16] Quarteroni A., Manzoni A., Negri F., *Reduced Basis Methods for Partial Differential Equations - An introduction*, Springer, 2016
 133
 134 .. [R] *The R Project for Statistical Computing*, http://www.r-project.org/
 135
 136 .. [Rowan90] Rowan T., *Functional Stability Analysis of Numerical Algorithms*, Ph.D. thesis, Department of Computer Sciences, University of Texas at Austin, 1990
 137
 138 .. [Salome] *SALOME The Open Source Integration Platform for Numerical Simulation*, http://www.salome-platform.org/
 139
 140 .. [SalomeMeca] *Salome_Meca and Code_Aster, Analysis of Structures and Thermomechanics for Studies & Research*, http://www.code-aster.org/
 141
 142 .. [SciPy20] Virtanen P. et al., *SciPy 1.0: Fundamental Algorithms for Scientific Computing in Python*, Nature Methods, 17(3), pp.261-272, 2020, https://scipy.org/
 143
 144 .. [Storn97] Storn R., Price, K., *Differential Evolution – A Simple and Efficient Heuristic for global Optimization over Continuous Spaces*, Journal of Global Optimization, 11(1), pp.341-359, 1997
 145
 146 .. [Tarantola87] Tarantola A., *Inverse Problem: Theory Methods for Data Fitting and Parameter Estimation*, Elsevier, 1987
 147
 148 .. [Talagrand97] Talagrand O., *Assimilation of Observations, an Introduction*, Journal of the Meteorological Society of Japan, 75(1B), pp.191-209, 1997
 149
 150 .. [Tikhonov77] Tikhonov A. N., Arsenin V. Y., *Solution of Ill-posed Problems*, Winston & Sons, 1977
 151
 152 .. [Welch06] Welch G., Bishop G., *An Introduction to the Kalman Filter*, University of North Carolina at Chapel Hill, Department of Computer Science, TR 95-041, 2006, http://www.cs.unc.edu/~welch/media/pdf/kalman_intro.pdf
 153
 154 .. [WikipediaDA] Wikipedia, *Data assimilation*, http://en.wikipedia.org/wiki/Data_assimilation
 155
 156 .. [WikipediaKF] Wikipedia, *Kalman Filter*, https://en.wikipedia.org/wiki/Kalman_filter
 157
 158 .. [WikipediaEKF] Wikipedia, *Extended Kalman Filter*, https://en.wikipedia.org/wiki/Extended_Kalman_filter
 159
 160 .. [WikipediaEnKF] Wikipedia, *Ensemble Kalman Filter*, http://en.wikipedia.org/wiki/Ensemble_Kalman_filter
 161
 162 .. [WikipediaMO] Wikipedia, *Mathematical optimization*, https://en.wikipedia.org/wiki/Mathematical_optimization
 163
 164 .. [WikipediaND] Wikipedia, *Nondimensionalization*, https://en.wikipedia.org/wiki/Nondimensionalization
 165
 166 .. [WikipediaNM] Wikipedia, *Nelder–Mead method*, https://en.wikipedia.org/wiki/Nelder%E2%80%93Mead_method
 167
 168 .. [WikipediaPSO] Wikipedia, *Particle Swarm Optimization*, https://en.wikipedia.org/wiki/Particle_swarm_optimization
 169
 170 .. [WikipediaQR] Wikipedia, *Quantile regression*, https://en.wikipedia.org/wiki/Quantile_regression
 171
 172 .. [WikipediaTI] Wikipedia, *Tikhonov regularization*, https://en.wikipedia.org/wiki/Tikhonov_regularization
 173
 174 .. [WikipediaTS] Wikipedia, *Tabu search*, https://en.wikipedia.org/wiki/Tabu_search
 175
 176 .. [WikipediaUKF] Wikipedia, *Unscented Kalman Filter*, https://en.wikipedia.org/wiki/Unscented_Kalman_filter
 177
 178 .. [ZambranoBigiarini13] Zambrano-Bigiarini M., Clerc M., Rojas R., *Standard Particle Swarm Optimisation 2011 at CEC-2013: A baseline for future PSO improvements*, 2013 IEEE Congress on Evolutionary Computation, pp.2337-2344, 2013
 179
 180 .. [Zhu97] Zhu C., Byrd R. H., Nocedal J., *L-BFGS-B: Algorithm 778: L-BFGS-B, FORTRAN routines for large scale bound constrained optimization*, ACM Transactions on Mathematical Software, 23(4), pp.550-560, 1997
 181
 182 .. [Zupanski05] Zupanski M., *Maximum likelihood ensemble filter: Theoretical aspects*, Monthly Weather Review, 133(6), pp.1710–1726, 2005
 183