CMakeLists.txt

   1 cmake_minimum_required (VERSION 3.1)
   2 set(CMAKE_CXX_STANDARD 11)
   3 set(CMAKE_CXX_STANDARD_REQUIRED ON)
   4
   5 # Project name
   6 project (SOLVERLAB C CXX)
   7 set (SOLVERLAB_VERSION_MAJOR 9)
   8 set (SOLVERLAB_VERSION_MINOR 7)
   9 set (SOLVERLAB_VERSION_SUBMINOR alpha)
  10
  11 option (SOLVERLAB_WITH_DOCUMENTATION "Generate SOLVERLAB documentation" ON)
  12 option (SOLVERLAB_WITH_PYTHON        "Compile Python interface of SOLVERLAB" ON)
  13 option (SOLVERLAB_WITH_GUI           "Compile a Graphic user Interface for SOLVERLAB" OFF)
  14 option (SOLVERLAB_WITH_PACKAGE       "Generate RPM, Debian and tarball packages" OFF)
  15 option (SOLVERLAB_WITH_COREFLOWS     "Generate COREFLOWS module" ON)
  16 option (SOLVERLAB_WITH_TESTS         "Generate SOLVERLAB example tests" ON)
  17
  18 #Path to installed libraries
  19 set (PETSC_DIR            OFF CACHE STRING "PETSc library path" )
  20 set (SLEPC_DIR            OFF CACHE STRING "SLEPc library path" )
  21 set (HDF5_ROOT            OFF CACHE STRING "HDF5 library path" )#For the compilation of MED with a specific version of HDF5
  22 set (MEDFILE_ROOT_DIR     OFF CACHE STRING "MED library path" )
  23 set (MEDCOUPLING_ROOT_DIR OFF CACHE STRING "MEDCoupling library path" )
  24 set (PYTHON_ROOT_DIR      OFF CACHE STRING "Python library path" )
  25 set (PARAVIEW_ROOT_DIR    OFF CACHE STRING "PARAVIEW library path" )
  26
  27 #url of tarball librairies
  28 set (DOWNLOAD_PETSC         http://ftp.mcs.anl.gov/pub/petsc/release-snapshots/petsc-lite-3.14.2.tar.gz
  29      CACHE STRING           "PETSc tarball path/url" )
  30 set (DOWNLOAD_SLEPC         https://slepc.upv.es/download/distrib/slepc-3.14.1.tar.gz
  31      CACHE STRING           "SLEPC tarball path/url" )
  32 set (DOWNLOAD_F2CBLASLAPACK https://www.mcs.anl.gov/petsc/mirror/externalpackages/f2cblaslapack-3.4.2.q4.tar.gz
  33      CACHE STRING           "F2CBLASLAPACK tarball path/url" )
  34 set (DOWNLOAD_HDF5          https://support.hdfgroup.org/ftp/HDF5/releases/hdf5-1.10/hdf5-1.10.3/src/hdf5-1.10.3.tar.gz
  35      CACHE STRING           "HDF5 tarball path/url" )
  36 set (DOWNLOAD_MED           http://files.salome-platform.org/Salome/other/med-4.1.0.tar.gz
  37      CACHE STRING           "MED tarball path/url")
  38 set (DOWNLOAD_MEDCOUPLING   http://files.salome-platform.org/Salome/other/medCoupling-9.6.0.tar.gz
  39      CACHE STRING           "MEDCoupling tarball path/url" )
  40 set (DOWNLOAD_OPENMPI       https://download.open-mpi.org/release/open-mpi/v3.1/openmpi-3.1.6.tar.gz
  41      CACHE STRING           "OPENMPI tarball path/url" )
  42 set (DOWNLOAD_HYPRE         https://github.com/hypre-space/hypre/archive/v2.20.0.zip
  43      CACHE STRING           "HYPRE tarball path/url" )
  44
  45 set (CMAKE_BUILD_TYPE Release CACHE STRING "Installation mode")
  46
  47 include(ExternalProject)#For PETSc, MED and MEDCoupling
  48
  49 list (APPEND CMAKE_MODULE_PATH "${SOLVERLAB_SOURCE_DIR}/cmake_files")
  50
  51 if( DEFINED ENV{MPI_HOME} OR DEFINED MPI_HOME )
  52   set(SOLVERLAB_WITH_MPI ON)
  53   find_package(MPI)
  54   if(   ${MPI_LIBRARY} STREQUAL "MPI_LIBRARY-NOTFOUND")
  55     set ( MPI_LIBRARY ${MPI_HOME}/lib/libmpi.so )
  56   endif(${MPI_LIBRARY} STREQUAL "MPI_LIBRARY-NOTFOUND")
  57   message ( STATUS "MPI executable is ${MPIEXEC}" )
  58 else( DEFINED ENV{MPI_HOME} OR DEFINED MPI_HOME )
  59   set(SOLVERLAB_WITH_MPI OFF)
  60 endif( DEFINED ENV{MPI_HOME} OR DEFINED MPI_HOME )
  61
  62 ######################################################
  63 # Detection or compilation of PETSc+SLEPc+HDF5       #
  64 ######################################################
  65   if ( DEFINED ENV{PETSC_DIR} OR PETSC_DIR)
  66     if   (NOT PETSC_DIR)
  67       set(PETSC_DIR $ENV{PETSC_DIR})
  68       message ( STATUS "Checking variable PETSC_DIR : " $ENV{PETSC_DIR} )
  69     else (NOT PETSC_DIR)
  70       message ( STATUS "Checking variable PETSC_DIR : " ${PETSC_DIR} )
  71     endif(NOT PETSC_DIR)
  72
  73     find_package (PETSc 3.4 REQUIRED)
  74     petsc_get_version ()
  75
  76     message ( STATUS "PETSc found. Version is ${PETSC_VERSION_MAJOR}.${PETSC_VERSION_MINOR}.${PETSC_VERSION_SUBMINOR}" )
  77     message ( STATUS "PETSc compiler is ${PETSC_COMPILER}" )
  78     message ( STATUS "PETSc executable is ${PETSC_MPIEXEC}")
  79
  80     set(PETSC_INSTALL ${PETSC_DIR})
  81
  82     #Define and search slepc variables
  83     if   ( NOT SLEPC_DIR )
  84       if   ( DEFINED ENV{SLEPC_DIR} )
  85         set(SLEPC_DIR $ENV{SLEPC_DIR})
  86       else ( DEFINED ENV{SLEPC_DIR} )
  87         set(SLEPC_DIR ${PETSC_DIR}/${PETSC_ARCH})
  88       endif( DEFINED ENV{SLEPC_DIR} )
  89     endif( NOT SLEPC_DIR)
  90
  91     message ( STATUS "Checking variable SLEPC_DIR" )
  92     if ( IS_DIRECTORY ${SLEPC_DIR}/include AND EXISTS ${SLEPC_DIR}/lib/libslepc.so)
  93       set(SLEPC_INCLUDES  ${SLEPC_DIR}/include)
  94       set(SLEPC_LIBRARIES ${SLEPC_DIR}/lib/libslepc.so)
  95       message( STATUS "SLEPc found at ${SLEPC_DIR}" )
  96     else()
  97       message( FATAL_ERROR "SLEPc not found at ${SLEPC_DIR}" )
  98     endif()
  99
 100     #define hdf5 variables
 101     if   ( NOT HDF5_ROOT )#hdf5 is not defined in cmake arguments
 102       if  ( DEFINED ENV{HDF5_ROOT} )#hdf5 is defined in the environment
 103         set(HDF5_ROOT $ENV{HDF5_ROOT})
 104       else( DEFINED ENV{HDF5_ROOT} )#hdf5 is not defined in the environment
 105         #HDF5 to be found in petsc external packages
 106         set(HDF5_ROOT ${PETSC_DIR}/${PETSC_ARCH})# define hint for hdf5/med installation in petsc external packages
 107       endif( DEFINED ENV{HDF5_ROOT} )
 108     endif( NOT HDF5_ROOT )
 109
 110     find_package(HDF5 COMPONENTS CXX HL)
 111     if ( NOT HDF5_FOUND)
 112       set(HDF5_LIBRARY_DIR  ${HDF5_ROOT}/lib)
 113       set(HDF5_INCLUDE_DIRS ${HDF5_ROOT}/include)
 114     endif( NOT HDF5_FOUND)
 115
 116   else ( DEFINED ENV{PETSC_DIR} OR PETSC_DIR )
 117     message ( STATUS "PETSC_DIR not set, searching PETSc and SLEPc in the system" )
 118
 119     if ( IS_DIRECTORY "/usr/include/petsc/" AND EXISTS "/usr/lib64/libpetsc.so" )  #Case fedora/redhat system install
 120       message ( STATUS "PETSC includes found in /usr/include/petsc/" )
 121       message ( STATUS "PETSC library  found in /usr/lib64" )
 122       set(PETSC_DIR /usr/)
 123       set(PETSC_INCLUDES  /usr/include/petsc /usr/include/petsc/petsc/mpiuni)
 124       set(PETSC_LIBRARIES /usr/lib64/libpetsc.so)
 125
 126       set(PETSC_VERSION "3.8") #3.8 for fedora 26 , 3.9 for fedora 29 , 3.10 for fedora 30, , 3.12 for fedora 32
 127
 128       set(CPACK_RPM_PACKAGE_REQUIRES   "${CPACK_RPM_PACKAGE_REQUIRES}, petsc-devel (>= 3.4)") # This is not fully working yet.
 129       set(PETSC_INSTALL ${PETSC_DIR})
 130
 131       #Define and search slepc variables
 132       if   ( IS_DIRECTORY "/usr/include/slepc/" AND EXISTS "/usr/lib64/libslepc.so" )
 133         message( STATUS "SLEPc includes found in /usr/include/slepc/" )
 134         message( STATUS "SLEPc library  found in /usr/lib64/slepc/" )
 135         set(SLEPC_DIR /usr/)
 136         set(SLEPC_INCLUDES  ${SLEPC_DIR}/include)
 137         set(SLEPC_LIBRARIES ${SLEPC_DIR}/lib/libslepc.so)
 138         set (CPACK_RPM_PACKAGE_REQUIRES   "${CPACK_RPM_PACKAGE_REQUIRES}, slepc-devel (>= 3.4)") # This is not fully working yet.
 139       else ( IS_DIRECTORY "/usr/include/slepc/" AND EXISTS "/usr/lib64/libslepc.so" )
 140         message( FATAL_ERROR "SLEPc not found in the system" )
 141       endif( IS_DIRECTORY "/usr/include/slepc/" AND EXISTS "/usr/lib64/libslepc.so" )
 142
 143       #HDF5 to be found in the system
 144       if   ( NOT HDF5_ROOT AND NOT DEFINED ENV{HDF5_ROOT} )#hdf5 is not defined in the environment
 145         find_package(HDF5 REQUIRED)
 146         set(CPACK_DEBIAN_PACKAGE_DEPENDS "libhdf5-dev")
 147         set(CPACK_RPM_PACKAGE_REQUIRES   "hdf5-devel")
 148       endif( NOT HDF5_ROOT AND NOT DEFINED ENV{HDF5_ROOT} )
 149
 150     #elseif ( IS_DIRECTORY "/usr/lib/petsc/include" AND EXISTS "/usr/lib/petsc/lib/libpetsc_real.so" ) #Case ubuntu/debian system install
 151     #  message ( STATUS "PETSc includes found in /usr/lib/petsc/include")
 152     #  message ( STATUS "PETSc library  found in /usr/lib/petsc/lib/libpetsc_real.so")
 153     #  set(PETSC_DIR /usr/lib/petsc/)
 154     #  set(PETSC_INCLUDES  ${PETSC_DIR}/include ${PETSC_DIR}/include/petsc/mpiuni)
 155     #  set(PETSC_LIBRARIES ${PETSC_DIR}/lib/libpetsc_real.so)
 156
 157     #  find_package (PETSc 3.4 REQUIRED)
 158     #  petsc_get_version ()
 159     #  set (CPACK_DEBIAN_PACKAGE_DEPENDS "${CPACK_DEBIAN_PACKAGE_DEPENDS}, petsc-dev   (>= 3.4)") # This is not fully working yet.
 160
 161     #  Define and search slepc variables
 162     #  if   ( IS_DIRECTORY "/usr/lib/slepc/include" AND EXISTS "/usr/lib/slepc/lib/libslepc_real.so" )
 163     #    message( STATUS "SLEPc includes found in /usr/lib/slepc/include" )
 164     #    message( STATUS "SLEPc library  found in /usr/lib/slepc/lib/libslepc_real.so" )
 165     #    set(SLEPC_DIR /usr/lib/slepc/)
 166     #    set(SLEPC_INCLUDES ${SLEPC_DIR}/include)
 167     #    set(SLEPC_LIBRARIES ${SLEPC_DIR}/lib/libslepc_real.so)
 168     #    set (CPACK_DEBIAN_PACKAGE_REQUIRES   "${CPACK_DEBIAN_PACKAGE_REQUIRES}, slepc-devel (>= 3.4)") # This is not fully working yet.
 169     #  else ( IS_DIRECTORY "/usr/lib/slepc/include" AND EXISTS "/usr/lib/slepc/lib/libslepc_real.so" )
 170     #    message( FATAL_ERROR "SLEPc not found in the system" )
 171     #  endif( IS_DIRECTORY "/usr/lib/slepc/include" AND EXISTS "/usr/lib/slepc/lib/libslepc_real.so" )
 172
 173     #elseif ( IS_DIRECTORY "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/petsc") #Case ubuntu/debian system pip install
 174
 175     else ( IS_DIRECTORY "/usr/include/petsc/" AND EXISTS "/usr/lib64/libpetsc.so" )  # No petsc in system, do compile petsc along with slepc as an external package
 176       message (STATUS "PETSC not found in the system")
 177       message (STATUS "PETSC will be downloaded and compiled from ${DOWNLOAD_PETSC}" )
 178       message (STATUS "SLEPC will be downloaded and compiled from ${DOWNLOAD_SLEPC}" )
 179       message (STATUS "HDF5  will be downloaded and compiled from ${DOWNLOAD_HDF5}" )
 180
 181       #extract tarball name
 182       string(LENGTH "${DOWNLOAD_PETSC}" tarball_url_length)#length of the tarball
 183       string(FIND   "${DOWNLOAD_PETSC}" "/" start_tarball_name REVERSE )# last occurence of "/"
 184       MATH(EXPR start_tarball_name  "${start_tarball_name}+1")#start after the occurence of "/"
 185       MATH(EXPR tarball_name_length "${tarball_url_length}-${start_tarball_name}-7")#name ends before .tar.gz that counts for 7 characters
 186       string(SUBSTRING ${DOWNLOAD_PETSC} ${start_tarball_name} ${tarball_name_length} PETSC_TARBALL_NAME)
 187
 188       set(PETSC_DIR ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/pre_requis/${PETSC_TARBALL_NAME}) # Location of the final install
 189       set(PETSC_ARCH arch-linux-c-opt)
 190       set(PETSC_INSTALL ${CMAKE_INSTALL_PREFIX}/lib/petsc)#folder to copy petsc libraries and include files
 191
 192       ExternalProject_Add (PETSc
 193       URL               ${DOWNLOAD_PETSC}
 194       SOURCE_DIR        ${PETSC_DIR}
 195       BUILD_IN_SOURCE   TRUE
 196       CONFIGURE_COMMAND <SOURCE_DIR>/configure --prefix=${PETSC_INSTALL} --with-debugging=0 --download-f2cblaslapack=${DOWNLOAD_F2CBLASLAPACK} --with-fc=0 --download-slepc=${DOWNLOAD_SLEPC} --download-hdf5=${DOWNLOAD_HDF5} --with-mpi=0 # --download-openmpi=${DOWNLOAD_OPENMPI} --download-hypre=${DOWNLOAD_HYPRE}
 197       BUILD_COMMAND     make all
 198       TEST_COMMAND      make check
 199       INSTALL_COMMAND   make install
 200       INSTALL_DIR       ${PETSC_DIR}
 201       STAMP_DIR         ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/pre_requis
 202       LOG_DOWNLOAD      TRUE           # Wrap download in script to log output
 203       LOG_UPDATE        TRUE           # Wrap update in script to log output
 204       LOG_CONFIGURE     TRUE           # Wrap configure in script to log output
 205       LOG_BUILD         TRUE           # Wrap build in script to log output
 206       LOG_TEST          TRUE           # Wrap test in script to log output
 207       LOG_INSTALL       TRUE           # Wrap install in script to log output
 208        )
 209
 210       message( STATUS "PETSc, SLEPc and HDF5 will be installed at ${PETSC_INSTALL}")
 211
 212       string(LENGTH "${PETSC_TARBALL_NAME}" tarball_name_length)#length of the tarball
 213       string(FIND   "${PETSC_TARBALL_NAME}" "-" start_version_name REVERSE )# last occurence of "-"
 214       MATH(EXPR start_version_name  "${start_version_name}+1")#start after the occurence of "/"
 215       string(SUBSTRING ${PETSC_TARBALL_NAME} ${start_version_name} ${tarball_name_length} PETSC_VERSION)
 216       message( STATUS "PETSc version ${PETSC_VERSION}  will be installed" )
 217
 218       set(PETSC_INCLUDES  ${PETSC_DIR}/${PETSC_ARCH}/include ${PETSC_DIR}/include)
 219       set(PETSC_LIBRARIES ${PETSC_DIR}/${PETSC_ARCH}/lib/libpetsc.so)
 220
 221       #define slepc variables
 222       set(SLEPC_DIR ${PETSC_INSTALL})
 223       set(SLEPC_INCLUDES ${SLEPC_DIR}/include  ${PETSC_DIR}/${PETSC_ARCH}/externalpackages/slepc-3.14.1/include )
 224       set(SLEPC_LIBRARIES ${PETSC_DIR}/${PETSC_ARCH}/externalpackages/slepc-3.14.1/installed-arch-linux2-c-opt/lib/libslepc.so)
 225       message( STATUS "SLEPc includes ${SLEPC_INCLUDES}")
 226
 227       #define hdf5 variables
 228       if   ( NOT HDF5_ROOT )#hdf5 is not defined in cmake arguments
 229         if  ( DEFINED ENV{HDF5_ROOT} )#hdf5 is defined in the environment
 230           set(HDF5_ROOT $ENV{HDF5_ROOT})
 231         else( DEFINED ENV{HDF5_ROOT} )#hdf5 is not defined in the environment
 232           set(HDF5_ROOT ${PETSC_INSTALL})#HDF5 to be found in petsc installation
 233         endif( DEFINED ENV{HDF5_ROOT} )
 234       endif( NOT HDF5_ROOT )
 235       set(HDF5_LIBRARY_DIR ${HDF5_ROOT}/lib)
 236       set(HDF5_INCLUDE_DIRS ${HDF5_ROOT}/include)
 237
 238       #define MPI variables
 239       #set(SOLVERLAB_WITH_MPI ON)
 240       #set(MPI_HOME    ${PETSC_INSTALL} )
 241       #set(MPI_LIBRARY ${PETSC_INSTALL}/lib/libmpi.so)
 242       #set(MPIEXEC     ${PETSC_INSTALL}/bin/mpiexec)
 243
 244     endif ( IS_DIRECTORY "/usr/include/petsc/" AND EXISTS "/usr/lib64/libpetsc.so" )
 245   endif ( DEFINED ENV{PETSC_DIR} OR PETSC_DIR )
 246
 247 if   ( ${PETSC_VERSION} VERSION_GREATER 3.5 )
 248   add_definitions(-DPETSC_VERSION_GREATER_3_5)
 249 endif( ${PETSC_VERSION} VERSION_GREATER 3.5 )
 250
 251 string(REPLACE ";" ":"  PETSC_INCLUDES_INSTALL "${PETSC_INCLUDES}")# use colon instead of semicolon in environment file env_SOLVERLAB.sh
 252
 253 add_library(petsc   SHARED IMPORTED)
 254 set_property(TARGET petsc  PROPERTY IMPORTED_LOCATION ${PETSC_LIBRARIES})
 255 add_library(slepc   SHARED IMPORTED)
 256 set_property(TARGET slepc  PROPERTY IMPORTED_LOCATION ${SLEPC_LIBRARIES})
 257
 258 ######################################################
 259 # Detection or compilation of MEDFile                #
 260 ######################################################
 261 if( MEDFILE_ROOT_DIR OR DEFINED ENV{MEDFILE_ROOT_DIR})
 262
 263   if   ( NOT MEDFILE_ROOT_DIR )
 264     set(MEDFILE_ROOT_DIR $ENV{MEDFILE_ROOT_DIR} )
 265   endif( NOT MEDFILE_ROOT_DIR )
 266
 267   find_package (MEDFile REQUIRED)
 268
 269 else( MEDFILE_ROOT_DIR OR DEFINED ENV{MEDFILE_ROOT_DIR})
 270
 271   message(STATUS "MED will be downloaded and installed from ${DOWNLOAD_MED}")
 272   set(MACHINE PCLINUX)
 273   set(MEDFILE_DEFINITIONS "-D${MACHINE} -DMEDFILE_INSTALL_DOC=OFF")#Comment ne pas compiler la doc ?
 274   set(MEDFILE_ROOT_DIR ${CMAKE_INSTALL_PREFIX}/lib/med) # Location of the final install
 275
 276   #extraction of the tarball archive name
 277   string(LENGTH "${DOWNLOAD_MED}" tarball_url_length)#length of the name of the tarball
 278   string(FIND "${DOWNLOAD_MED}" "/" start_tarball_name REVERSE )# last occurence of "/"
 279   MATH(EXPR start_tarball_name "${start_tarball_name}+1")#start after the occurence of "/"
 280   MATH(EXPR tarball_name_length "${tarball_url_length}-${start_tarball_name}-7")#name ends before .tar.gz that counts for 7 characters
 281   string(SUBSTRING ${DOWNLOAD_MED} ${start_tarball_name} ${tarball_name_length} MED_TARBALL_NAME)
 282
 283   ExternalProject_Add (MED
 284         URL               ${DOWNLOAD_MED}  #location of med tarball
 285         SOURCE_DIR        ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/pre_requis/${MED_TARBALL_NAME}
 286         BUILD_IN_SOURCE   TRUE
 287         CONFIGURE_COMMAND <SOURCE_DIR>/configure --prefix=${MEDFILE_ROOT_DIR}  --with-hdf5=${HDF5_ROOT} --with-hdf5-include=${HDF5_ROOT}/include --with-hdf5-lib=${HDF5_LIBRARY_DIR} --with-hdf5-bin=${HDF5_ROOT}/bin  --with-swig=yes --disable-fortran #CC=${PETSC_INSTALL}/bin/mpicc
 288         BUILD_COMMAND     make
 289         INSTALL_COMMAND   make install
 290         INSTALL_DIR       ${MEDFILE_ROOT_DIR}
 291         STAMP_DIR         ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/pre_requis
 292         LOG_DOWNLOAD      TRUE           # Wrap download in script to log output
 293         LOG_UPDATE        TRUE           # Wrap update in script to log output
 294         LOG_CONFIGURE     TRUE           # Wrap configure in script to log output
 295         LOG_BUILD         TRUE           # Wrap build in script to log output
 296         LOG_TEST          TRUE           # Wrap test in script to log output
 297         LOG_INSTALL       TRUE           # Wrap install in script to log output
 298   )
 299
 300   set(MEDFILE_INCLUDE_DIRS ${MEDFILE_ROOT_DIR}/include)# Nécessaire pour le medloader et les sous-dossiers mesh, et IJKMesh
 301   set(MEDFILE_LIBRARIES    ${MEDFILE_ROOT_DIR}/lib)# Nécessaire pour le env_SOLVERLAB.sh
 302   set(MEDFILE_C_LIBRARIES med medC)# Nécessaire pour le medloader
 303
 304 endif( MEDFILE_ROOT_DIR OR DEFINED ENV{MEDFILE_ROOT_DIR})
 305
 306 add_library(med   SHARED IMPORTED)
 307 set_property(TARGET med  PROPERTY IMPORTED_LOCATION ${MEDFILE_ROOT_DIR}/lib/libmed.so)
 308 add_library(medC   SHARED IMPORTED)
 309 set_property(TARGET medC PROPERTY IMPORTED_LOCATION ${MEDFILE_ROOT_DIR}/lib/libmedC.so)
 310
 311 string(REPLACE ";" ":"  MEDFILE_LIBRARIES_INSTALL "${MEDFILE_LIBRARIES}")# use colon instead of semicolon in environment file env_SOLVERLAB.sh
 312
 313 ######################################################
 314 # Detection or compilation of MEDCoupling            #
 315 ######################################################
 316 if( MEDCOUPLING_ROOT_DIR OR DEFINED ENV{MEDCOUPLING_ROOT_DIR})
 317
 318   if   ( NOT MEDCOUPLING_ROOT_DIR )
 319     set(MEDCOUPLING_ROOT_DIR $ENV{MEDCOUPLING_ROOT_DIR} )
 320   endif( NOT MEDCOUPLING_ROOT_DIR )
 321
 322   message (STATUS "Seeking MEDCoupling library in ${MEDCOUPLING_ROOT_DIR}")
 323
 324   set(MEDCoupling_DIR  ${MEDCOUPLING_ROOT_DIR}/cmake_files)
 325   find_package(MEDCoupling CONFIG REQUIRED)   # CONFIG is important !
 326   message( STATUS "MEDCoupling found. Version is ${MEDCoupling_VERSION}")
 327
 328 else( DEFINED MEDCOUPLING_ROOT_DIR OR DEFINED ENV{MEDCOUPLING_ROOT_DIR})
 329   message(STATUS "MEDCoupling will be downloaded and installed from ${DOWNLOAD_MEDCOUPLING}")
 330   set(MEDCOUPLING_ROOT_DIR ${CMAKE_INSTALL_PREFIX}/lib/medcoupling) # Location of the final install
 331   SET(ENV{HDF5_ROOT} ${HDF5_ROOT})#MEDCoupling install process seems to require an environment variable
 332
 333   #extraction of the tarball archive name
 334   string(LENGTH "${DOWNLOAD_MEDCOUPLING}" tarball_url_length)#length of the tarball
 335   string(FIND   "${DOWNLOAD_MEDCOUPLING}" "/" start_tarball_name REVERSE )# last occurence of "/"
 336   MATH(EXPR start_tarball_name "${start_tarball_name}+1")#start after the occurence of "/"
 337   MATH(EXPR tarball_name_length "${tarball_url_length}-${start_tarball_name}-7")#name ends before .tar.gz that counts for 7 characters
 338   string(SUBSTRING ${DOWNLOAD_MEDCOUPLING} ${start_tarball_name} ${tarball_name_length} MEDCOUPLING_TARBALL_NAME)
 339   string(SUBSTRING ${MEDCOUPLING_TARBALL_NAME} 12 ${tarball_name_length} MEDCoupling_VERSION)
 340
 341   message(STATUS "MEDCoupling will be installed at ${MEDCOUPLING_ROOT_DIR}")
 342
 343   ExternalProject_Add (MEDCoupling
 344         URL               ${DOWNLOAD_MEDCOUPLING}  #location of medcoupling tarball
 345         SOURCE_DIR        ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/pre_requis/${MEDCOUPLING_TARBALL_NAME}
 346         BUILD_IN_SOURCE   TRUE
 347         CONFIGURE_COMMAND cmake <SOURCE_DIR>/${MEDCOUPLING_TARBALL_NAME} -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=${MEDCOUPLING_ROOT_DIR} -DCONFIGURATION_ROOT_DIR=<SOURCE_DIR>/configuration-${MEDCoupling_VERSION} -DMEDFILE_ROOT_DIR=${MEDFILE_ROOT_DIR} -DMEDCOUPLING_ENABLE_PARTITIONER=OFF -DMEDCOUPLING_PARTITIONER_METIS=OFF -DMEDCOUPLING_PARTITIONER_SCOTCH=OFF -DMEDCOUPLING_ENABLE_RENUMBER=OFF -DMEDCOUPLING_BUILD_DOC=OFF -DHDF5_ROOT_DIR=${HDF5_ROOT} -DMEDCOUPLING_USE_64BIT_IDS=ON #-DSALOME_USE_MPI=ON
 348         BUILD_COMMAND     make
 349         INSTALL_COMMAND   make install
 350         INSTALL_DIR       ${MEDCOUPLING_ROOT_DIR}
 351         STAMP_DIR         ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/pre_requis
 352         LOG_DOWNLOAD      TRUE           # Wrap download in script to log output
 353         LOG_UPDATE        TRUE           # Wrap update in script to log output
 354         LOG_CONFIGURE     TRUE           # Wrap configure in script to log output
 355         LOG_BUILD         TRUE           # Wrap build in script to log output
 356         LOG_TEST          TRUE           # Wrap test in script to log output
 357         LOG_INSTALL       TRUE           # Wrap install in script to log output
 358   )
 359
 360   add_library(medloader   SHARED IMPORTED )
 361   set_property(TARGET medloader   PROPERTY IMPORTED_LOCATION ${MEDCOUPLING_ROOT_DIR}/lib/libmedloader.so)
 362
 363   SET(MEDCOUPLING_USE_64BIT_IDS  ON)
 364
 365 endif( MEDCOUPLING_ROOT_DIR OR DEFINED ENV{MEDCOUPLING_ROOT_DIR} )
 366
 367 set(MEDCOUPLING_INCLUDE_DIR ${MEDCOUPLING_ROOT_DIR}/include)
 368 set(MEDCOUPLING_LIBRARIES   ${MEDCOUPLING_ROOT_DIR}/lib    )#for environment file env_SOLVERLAB.sh
 369
 370 add_library(medcoupling SHARED IMPORTED )
 371 set_property(TARGET medcoupling PROPERTY IMPORTED_LOCATION ${MEDCOUPLING_ROOT_DIR}/lib/libmedcoupling.so)
 372
 373 if   ( ${MEDCoupling_VERSION} VERSION_GREATER 9.4 )
 374   add_definitions(-DMEDCoupling_VERSION_VERSION_GREATER_9_4)
 375 endif( ${MEDCoupling_VERSION} VERSION_GREATER 9.4 )
 376
 377 if   (TARGET MED AND TARGET PETSc)
 378   ExternalProject_Add_StepDependencies( MED build PETSc )#PETSc doit être compilé avant MED car c'est PETSc qui compile HDF5
 379 endif(TARGET MED AND TARGET PETSc)
 380
 381 if   (TARGET MED AND TARGET MEDCoupling)
 382   ExternalProject_Add_StepDependencies( MEDCoupling build MED )#MED doit être compilé avant MEDCoupling
 383 endif(TARGET MED AND TARGET MEDCoupling)
 384
 385 if   (TARGET PETSc AND TARGET MEDCoupling)
 386   ExternalProject_Add_StepDependencies( MEDCoupling build PETSc )#PETSc doit être compilé avant MEDCoupling (car il contient hdf5)
 387 endif(TARGET PETSc AND TARGET MEDCoupling)
 388
 389 IF(MEDCOUPLING_USE_64BIT_IDS)
 390   SET(CMAKE_SWIG_FLAGS ${CMAKE_SWIG_FLAGS} -DMEDCOUPLING_USE_64BIT_IDS)
 391 ENDIF(MEDCOUPLING_USE_64BIT_IDS)
 392
 393 ####################
 394 # Final operations #
 395 ####################
 396
 397 # Paraview variables to choose python version and for env_SOLVERLAB.sh
 398 if  ( PARAVIEW_ROOT_DIR OR DEFINED ENV{PARAVIEW_ROOT_DIR})
 399   if  ( PARAVIEW_ROOT_DIR )
 400     set( PARAVIEW_INCLUDE_DIR   ${PARAVIEW_ROOT_DIR}/include)
 401     set( PARAVIEW_LIBRARIES_DIR ${PARAVIEW_ROOT_DIR}/lib)
 402   else( PARAVIEW_ROOT_DIR )
 403     set( PARAVIEW_ROOT_DIR      $ENV{PARAVIEW_ROOT_DIR} )
 404     set( PARAVIEW_INCLUDE_DIR   $ENV{PARAVIEW_ROOT_DIR}/include)
 405     set( PARAVIEW_LIBRARIES_DIR $ENV{PARAVIEW_ROOT_DIR}/lib)
 406   endif( PARAVIEW_ROOT_DIR )
 407 else( PARAVIEW_ROOT_DIR OR DEFINED ENV{PARAVIEW_ROOT_DIR})
 408   message(STATUS "PARAVIEW_ROOT_DIR not set. Trying to detect paraview.")
 409   set( PARAVIEW_INCLUDE_DIR /usr/include/paraview/)
 410   set( PARAVIEW_LIBRARIES_DIR /usr/lib/paraview/:/usr/lib64/paraview/:/usr/lib64/vtk/:/usr/lib/vtk/)
 411 endif( PARAVIEW_ROOT_DIR OR DEFINED ENV{PARAVIEW_ROOT_DIR})
 412
 413 if  ( DEFINED PARAVIEW_VERSION OR DEFINED ENV{PARAVIEW_VERSION} )
 414   if   ( NOT DEFINED PARAVIEW_VERSION )
 415     set( PARAVIEW_VERSION  $ENV{PARAVIEW_VERSION})
 416   endif( NOT DEFINED PARAVIEW_VERSION )
 417   message(STATUS "ParaView version is ${PARAVIEW_VERSION}" )
 418 else( DEFINED PARAVIEW_VERSION OR DEFINED ENV{PARAVIEW_VERSION} )
 419   set( PARAVIEW_SUFFIXES paraview-5.0 paraview-5.1 paraview-5.2 paraview-5.3 paraview-5.4 paraview-5.5 paraview-5.6 paraview-5.7 paraview-5.8 paraview-5.9 )
 420   find_file( vtkConfig_file vtkPVConfig.h HINTS ${PARAVIEW_INCLUDE_DIR} PATH_SUFFIXES ${PARAVIEW_SUFFIXES})
 421
 422   #extraction of the paraview version"
 423   IF   ( ${vtkConfig_file} STREQUAL "vtkConfig_file-NOTFOUND" )
 424     message(WARNING "Could not find ParaView configuration file vtkPVConfig.h in folder ${PARAVIEW_INCLUDE_DIR} and subdirectories  ${PARAVIEW_SUFFIXES}. Postprocessing may not work")
 425     set( PARAVIEW_VERSION  "5.8")
 426   ELSE ( ${vtkConfig_file} STREQUAL "vtkConfig_file-NOTFOUND" )
 427     message( STATUS "Found vtkPVConfig.h in ${vtkConfig_file}")
 428     file(STRINGS ${vtkConfig_file} vtkConfig)
 429     FOREACH(line ${vtkConfig})
 430       string(FIND "${line}" "#define PARAVIEW_VERSION_FULL " pos)
 431       IF(NOT ${pos} EQUAL -1)
 432         string(LENGTH ${line} line_length)#length of the tarball
 433         MATH(EXPR start_pv_version "${line_length}-6")#line ends with "x.y.z", that counts for 7 characters
 434         string(SUBSTRING ${line} ${start_pv_version} 5 PARAVIEW_VERSION)
 435         break()
 436       ENDIF(NOT ${pos} EQUAL -1)
 437     ENDFOREACH(line ${vtkConfig})
 438     message(STATUS "ParaView detected, version is ${PARAVIEW_VERSION}" )
 439   ENDIF( ${vtkConfig_file} STREQUAL "vtkConfig_file-NOTFOUND" )
 440 endif( DEFINED PARAVIEW_VERSION OR DEFINED ENV{PARAVIEW_VERSION} )
 441
 442 #Choose python 2 or 3
 443 IF   ( ${PARAVIEW_VERSION} STRGREATER "5.6" OR ${PARAVIEW_VERSION} STREQUAL "5.6" )#Use python 3, use VERSION_GREATER_EQUAL if cmake >=3.7
 444   SET(PYTHON2OR3 "3")
 445   message(STATUS "PARAVIEW_VERSION greater than 5.6. We need python3 for postprocessing scripts.")
 446 ELSE ( ${PARAVIEW_VERSION} STRGREATER "5.6" OR ${PARAVIEW_VERSION} STREQUAL "5.6" )#Use python 2
 447   SET(PYTHON2OR3 "2")
 448   message(STATUS "PARAVIEW_VERSION smaller than 5.6. We need python2 for postprocessing scripts.")
 449 ENDIF( ${PARAVIEW_VERSION} STRGREATER "5.6" OR ${PARAVIEW_VERSION} STREQUAL "5.6" )
 450
 451 # Find python
 452 IF  ( PYTHON_ROOT_DIR OR ENV{PYTHON_ROOT_DIR})
 453   IF  ( PYTHON_ROOT_DIR )
 454     set(Python_ROOT_DIR ${PYTHON_ROOT_DIR} )
 455   ELSE( PYTHON_ROOT_DIR )
 456     set(Python_ROOT_DIR $ENV{PYTHON_ROOT_DIR} )
 457   ENDIF( PYTHON_ROOT_DIR)
 458 ENDIF(PYTHON_ROOT_DIR OR ENV{PYTHON_ROOT_DIR})
 459
 460 IF   (${CMAKE_VERSION} VERSION_GREATER "3.12.0")
 461   find_package(Python ${PYTHON2OR3} REQUIRED COMPONENTS Interpreter Development )
 462   SET(PYTHON_EXECUTABLE ${Python_EXECUTABLE})
 463 ELSE (${CMAKE_VERSION} VERSION_GREATER "3.12.0")
 464   find_package(PythonInterp ${PYTHON2OR3} REQUIRED )
 465   find_package(PythonLibs   ${PYTHON2OR3} REQUIRED )
 466   set(Python_LIBRARIES     ${PYTHON_LIBRARIES})
 467   set(Python_INCLUDE_DIRS  ${PYTHON_INCLUDE_DIRS})
 468   set(Python_VERSION       ${PYTHON_VERSION_STRING})
 469   set(Python_VERSION_MAJOR ${PYTHON_VERSION_MAJOR})
 470   set(Python_VERSION_MINOR ${PYTHON_VERSION_MINOR})
 471 ENDIF(${CMAKE_VERSION} VERSION_GREATER "3.12.0")
 472
 473 #PyQt5
 474 IF  ( NOT PYQT5_ROOT_DIR )
 475     set(PYQT5_ROOT_DIR $ENV{PYQT5_ROOT_DIR} )
 476 ENDIF( NOT PYQT5_ROOT_DIR )
 477
 478 #Matplotlib
 479 IF   ( NOT MATPLOTLIB_ROOT_DIR )
 480     set(MATPLOTLIB_ROOT_DIR $ENV{MATPLOTLIB_ROOT_DIR} )
 481 ENDIF( NOT MATPLOTLIB_ROOT_DIR )
 482
 483 #HDF5_ROOT_DIR
 484 IF   ( NOT HDF5_ROOT_DIR )
 485   IF  ( ENV{HDF5_ROOT_DIR} )
 486     set(HDF5_ROOT_DIR $ENV{HDF5_ROOT_DIR} )
 487   ELSE( ENV{HDF5_ROOT_DIR} )
 488     set(HDF5_ROOT_DIR ${HDF5_ROOT} )
 489   ENDIF( ENV{HDF5_ROOT_DIR} )
 490 ENDIF( NOT HDF5_ROOT_DIR )
 491
 492
 493 #Paraview library paths
 494 set (PV_LIB_DIR    /usr/lib/python${Python_VERSION_MAJOR}.${Python_VERSION_MINOR}/dist-packages/paraview/:/usr/lib64/python${Python_VERSION_MAJOR}.${Python_VERSION_MINOR}/site-packages/vtk/:${MATPLOTLIB_ROOT_DIR}/lib/:${PARAVIEW_LIBRARIES_DIR})
 495 set (PV_PYTHON_DIR /usr/lib/python${Python_VERSION_MAJOR}.${Python_VERSION_MINOR}/dist-packages/paraview/:/usr/lib64/python${Python_VERSION_MAJOR}.${Python_VERSION_MINOR}/site-packages/vtk/:/usr/lib64/paraview/site-packages/:/usr/lib64/paraview/site-packages/paraview/:/usr/lib64/paraview/site-packages/vtk/:/usr/lib64/paraview/python${Python_VERSION_MAJOR}.${Python_VERSION_MINOR}/site-packages/:/usr/lib64/paraview/python${Python_VERSION_MAJOR}.${Python_VERSION_MINOR}/site-packages/paraview/:/usr/lib64/paraview/python${Python_VERSION_MAJOR}.${Python_VERSION_MINOR}/site-packages/vtkmodules:/usr/lib/paraview/site-packages/paraview:/usr/lib/paraview/site-packages/paraview/vtk:${PARAVIEW_ROOT_DIR}/lib/:${PARAVIEW_ROOT_DIR}/lib/python${Python_VERSION_MAJOR}.${Python_VERSION_MINOR}/site-packages/:${PARAVIEW_ROOT_DIR}/lib/python${Python_VERSION_MAJOR}.${Python_VERSION_MINOR}/site-packages/vtkmodules/:${MATPLOTLIB_ROOT_DIR}/lib/python${Python_VERSION_MAJOR}.${Python_VERSION_MINOR}/site-packages:${PYQT5_ROOT_DIR}:${PYQT5_ROOT_DIR}/lib/python${Python_VERSION_MAJOR}.${Python_VERSION_MINOR}/site-packages)
 496
 497 message(STATUS "Python version found is ${Python_VERSION}")
 498 find_package (SWIG 3.0 REQUIRED)
 499
 500 if (SOLVERLAB_WITH_DOCUMENTATION)                                                                           #
 501   find_package (Doxygen)                                                                                    #
 502   set (CPACK_DEBIAN_PACKAGE_DEPENDS "${CPACK_DEBIAN_PACKAGE_DEPENDS}, doxygen, graphviz, mscgen")
 503   set (CPACK_RPM_PACKAGE_REQUIRES "${CPACK_RPM_PACKAGE_REQUIRES}, doxygen, graphviz, mscgen")
 504   if   (NOT DOXYGEN_FOUND)
 505     message (FATAL_ERROR "Doxygen is needed to build the documentation. Please install it correctly.")
 506   endif(NOT DOXYGEN_FOUND)
 507 endif()
 508 if (SOLVERLAB_WITH_TESTS)                                                                                  #
 509   enable_testing ()
 510   find_package (CPPUNIT REQUIRED)
 511 endif()
 512
 513 # Enter subdirectories
 514 add_subdirectory (CDMATH)
 515 if(SOLVERLAB_WITH_COREFLOWS)
 516   add_subdirectory (CoreFlows)
 517 endif(SOLVERLAB_WITH_COREFLOWS)
 518
 519 # Configuration file
 520 configure_file(
 521     ${PROJECT_SOURCE_DIR}/env_SOLVERLAB.sh
 522     ${CMAKE_INSTALL_PREFIX}/env_SOLVERLAB.sh
 523     @ONLY
 524 )
 525
 526