CMakeLists.txt

   1 cmake_minimum_required (VERSION 3.1)
   2 set(CMAKE_CXX_STANDARD 11)
   3 set(CMAKE_CXX_STANDARD_REQUIRED ON)
   4
   5 # Project name
   6 project (SOLVERLAB C CXX)
   7 set (SOLVERLAB_VERSION_MAJOR 0)
   8 set (SOLVERLAB_VERSION_MINOR 1)
   9
  10 option (SOLVERLAB_WITH_DOCUMENTATION "Generate SOLVERLAB documentation" ON)
  11 option (SOLVERLAB_WITH_PYTHON        "Compile Python interface of SOLVERLAB" ON)
  12 option (SOLVERLAB_WITH_GUI           "Compile a Graphic user Interface for SOLVERLAB" OFF)
  13 option (SOLVERLAB_WITH_PACKAGE       "Generate RPM, Debian and tarball packages" OFF)
  14 option (SOLVERLAB_WITH_COREFLOWS     "Generate COREFLOWS module" ON)
  15 option (SOLVERLAB_WITH_TESTS         "Generate SOLVERLAB example tests" ON)
  16
  17 #Path to installed libraries
  18 set (PETSC_DIR            OFF CACHE STRING "PETSc library path" )
  19 set (SLEPC_DIR            OFF CACHE STRING "SLEPc library path" )
  20 set (HDF5_ROOT            OFF CACHE STRING "HDF5 library path" )#For the compilation of MED with a specific version of HDF5
  21 set (MEDFILE_ROOT_DIR     OFF CACHE STRING "MED library path" )
  22 set (MEDCOUPLING_ROOT_DIR OFF CACHE STRING "MEDCoupling library path" )
  23
  24 #url of tarball librairies
  25 set (DOWNLOAD_PETSC         http://ftp.mcs.anl.gov/pub/petsc/release-snapshots/petsc-lite-3.13.5.tar.gz
  26      CACHE STRING           "PETSc tarball path/url" )
  27 set (DOWNLOAD_SLEPC         https://slepc.upv.es/download/distrib/slepc-3.13.4.tar.gz
  28      CACHE STRING           "SLEPC tarball path/url" )
  29 set (DOWNLOAD_F2CBLASLAPACK https://www.mcs.anl.gov/petsc/mirror/externalpackages/f2cblaslapack-3.4.2.q4.tar.gz
  30      CACHE STRING           "F2CBLASLAPACK tarball path/url" )
  31 set (DOWNLOAD_HDF5          https://support.hdfgroup.org/ftp/HDF5/releases/hdf5-1.10/hdf5-1.10.3/src/hdf5-1.10.3.tar.gz
  32      CACHE STRING           "HDF5 tarball path/url" )
  33 set (DOWNLOAD_MED           http://files.salome-platform.org/Salome/other/med-4.1.0.tar.gz
  34      CACHE STRING           "MED tarball path/url")
  35 set (DOWNLOAD_MEDCOUPLING   http://files.salome-platform.org/Salome/other/medCoupling-9.4.0.tar.gz
  36      CACHE STRING           "MEDCoupling tarball path/url" )
  37
  38 set (CMAKE_BUILD_TYPE Release CACHE STRING "Installation mode")
  39
  40 list (APPEND CMAKE_MODULE_PATH "${SOLVERLAB_SOURCE_DIR}/cmake_files")
  41
  42 include(ExternalProject)#For PETSc, MED and MEDCoupling
  43
  44 ADD_DEFINITIONS(-DWITH_NUMPY)
  45
  46 ######################################################
  47 # Detection or compilation of PETSc+SLEPc+HDF5       #
  48 ######################################################
  49   if ( DEFINED ENV{PETSC_DIR} OR PETSC_DIR)
  50     if   (NOT PETSC_DIR)
  51       set(PETSC_DIR $ENV{PETSC_DIR})
  52       message ( STATUS "Checking variable PETSC_DIR : " $ENV{PETSC_DIR} )
  53     else (NOT PETSC_DIR)
  54       message ( STATUS "Checking variable PETSC_DIR : " ${PETSC_DIR} )
  55     endif(NOT PETSC_DIR)
  56
  57     find_package (PETSc 3.4 REQUIRED)
  58     petsc_get_version ()
  59
  60     message ( STATUS "PETSc found. Version is ${PETSC_VERSION_MAJOR}.${PETSC_VERSION_MINOR}.${PETSC_VERSION_SUBMINOR}" )
  61     set(PETSC_INSTALL ${PETSC_DIR})
  62
  63     #Define and search slepc variables
  64     if   ( NOT SLEPC_DIR )
  65       if   ( DEFINED ENV{SLEPC_DIR} )
  66         set(SLEPC_DIR $ENV{SLEPC_DIR})
  67       else ( DEFINED ENV{SLEPC_DIR} )
  68         set(SLEPC_DIR ${PETSC_DIR}/${PETSC_ARCH})
  69       endif( DEFINED ENV{SLEPC_DIR} )
  70     endif( NOT SLEPC_DIR)
  71
  72     message ( STATUS "Checking variable SLEPC_DIR" )
  73     if ( IS_DIRECTORY ${SLEPC_DIR}/include AND EXISTS ${SLEPC_DIR}/lib/libslepc.so)
  74       set(SLEPC_INCLUDES  ${SLEPC_DIR}/include)
  75       set(SLEPC_LIBRARIES ${SLEPC_DIR}/lib/libslepc.so)
  76       message( STATUS "SLEPc found at ${SLEPC_DIR}" )
  77     else()
  78       message( FATAL_ERROR "SLEPc not found at ${SLEPC_DIR}" )
  79     endif()
  80
  81     #define hdf5 variables
  82     if   ( NOT HDF5_ROOT )#hdf5 is not defined in cmake arguments
  83       if  ( DEFINED ENV{HDF5_ROOT} )#hdf5 is defined in the environment
  84         set(HDF5_ROOT $ENV{HDF5_ROOT})
  85       else( DEFINED ENV{HDF5_ROOT} )#hdf5 is not defined in the environment
  86         #HDF5 to be found in petsc external packages
  87         set(HDF5_ROOT ${PETSC_DIR}/${PETSC_ARCH})# define hint for hdf5/med installation in petsc external packages
  88       endif( DEFINED ENV{HDF5_ROOT} )
  89     endif( NOT HDF5_ROOT )
  90     set(HDF5_LIBRARY_DIR  ${HDF5_ROOT}/lib)
  91     set(HDF5_INCLUDE_DIRS ${HDF5_ROOT}/include)
  92   else ( DEFINED ENV{PETSC_DIR} OR PETSC_DIR )
  93     message ( STATUS "PETSC_DIR not set, searching PETSc and SLEPc in the system" )
  94
  95     if ( IS_DIRECTORY "/usr/include/petsc/" AND EXISTS "/usr/lib64/libpetsc.so" )  #Case fedora/redhat system install
  96       message ( STATUS "PETSC includes found in /usr/include/petsc/" )
  97       message ( STATUS "PETSC library  found in /usr/lib64" )
  98       set(PETSC_DIR /usr/)
  99       set(PETSC_INCLUDES  /usr/include/petsc /usr/include/petsc/petsc/mpiuni)
 100       set(PETSC_LIBRARIES /usr/lib64/libpetsc.so)
 101
 102       set(PETSC_VERSION "3.8") #3.8 for fedora 26 , 3.9 for fedora 29 , 3.10 for fedora 30, , 3.12 for fedora 32
 103
 104       set(CPACK_RPM_PACKAGE_REQUIRES   "${CPACK_RPM_PACKAGE_REQUIRES}, petsc-devel (>= 3.4)") # This is not fully working yet.
 105       set(PETSC_INSTALL ${PETSC_DIR})
 106
 107       #Define and search slepc variables
 108       if   ( IS_DIRECTORY "/usr/include/slepc/" AND EXISTS "/usr/lib64/libslepc.so" )
 109         message( STATUS "SLEPc includes found in /usr/include/slepc/" )
 110         message( STATUS "SLEPc library  found in /usr/lib64/slepc/" )
 111         set(SLEPC_DIR /usr/)
 112         set(SLEPC_INCLUDES  ${SLEPC_DIR}/include)
 113         set(SLEPC_LIBRARIES ${SLEPC_DIR}/lib/libslepc.so)
 114         set (CPACK_RPM_PACKAGE_REQUIRES   "${CPACK_RPM_PACKAGE_REQUIRES}, slepc-devel (>= 3.4)") # This is not fully working yet.
 115       else ( IS_DIRECTORY "/usr/include/slepc/" AND EXISTS "/usr/lib64/libslepc.so" )
 116         message( FATAL_ERROR "SLEPc not found in the system" )
 117       endif( IS_DIRECTORY "/usr/include/slepc/" AND EXISTS "/usr/lib64/libslepc.so" )
 118
 119       #HDF5 to be found in the system
 120       if   ( NOT HDF5_ROOT AND NOT DEFINED ENV{HDF5_ROOT} )#hdf5 is not defined in the environment
 121         find_package(HDF5 REQUIRED)
 122         set(CPACK_DEBIAN_PACKAGE_DEPENDS "libhdf5-dev")
 123         set(CPACK_RPM_PACKAGE_REQUIRES   "hdf5-devel")
 124       endif( NOT HDF5_ROOT AND NOT DEFINED ENV{HDF5_ROOT} )
 125
 126     #elseif ( IS_DIRECTORY "/usr/lib/petsc/include" AND EXISTS "/usr/lib/petsc/lib/libpetsc_real.so" ) #Case ubuntu/debian system install
 127     #  message ( STATUS "PETSc includes found in /usr/lib/petsc/include")
 128     #  message ( STATUS "PETSc library  found in /usr/lib/petsc/lib/libpetsc_real.so")
 129     #  set(PETSC_DIR /usr/lib/petsc/)
 130     #  set(PETSC_INCLUDES  ${PETSC_DIR}/include ${PETSC_DIR}/include/petsc/mpiuni)
 131     #  set(PETSC_LIBRARIES ${PETSC_DIR}/lib/libpetsc_real.so)
 132
 133     #  find_package (PETSc 3.4 REQUIRED)
 134     #  petsc_get_version ()
 135     #  set (CPACK_DEBIAN_PACKAGE_DEPENDS "${CPACK_DEBIAN_PACKAGE_DEPENDS}, petsc-dev   (>= 3.4)") # This is not fully working yet.
 136
 137     #  Define and search slepc variables
 138     #  if   ( IS_DIRECTORY "/usr/lib/slepc/include" AND EXISTS "/usr/lib/slepc/lib/libslepc_real.so" )
 139     #    message( STATUS "SLEPc includes found in /usr/lib/slepc/include" )
 140     #    message( STATUS "SLEPc library  found in /usr/lib/slepc/lib/libslepc_real.so" )
 141     #    set(SLEPC_DIR /usr/lib/slepc/)
 142     #    set(SLEPC_INCLUDES ${SLEPC_DIR}/include)
 143     #    set(SLEPC_LIBRARIES ${SLEPC_DIR}/lib/libslepc_real.so)
 144     #    set (CPACK_DEBIAN_PACKAGE_REQUIRES   "${CPACK_DEBIAN_PACKAGE_REQUIRES}, slepc-devel (>= 3.4)") # This is not fully working yet.
 145     #  else ( IS_DIRECTORY "/usr/lib/slepc/include" AND EXISTS "/usr/lib/slepc/lib/libslepc_real.so" )
 146     #    message( FATAL_ERROR "SLEPc not found in the system" )
 147     #  endif( IS_DIRECTORY "/usr/lib/slepc/include" AND EXISTS "/usr/lib/slepc/lib/libslepc_real.so" )
 148
 149     #elseif ( IS_DIRECTORY "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/petsc") #Case ubuntu/debian system pip install
 150
 151     else ( IS_DIRECTORY "/usr/include/petsc/" AND EXISTS "/usr/lib64/libpetsc.so" )  # No petsc in system, do compile petsc along with slepc as an external package
 152       message (STATUS "PETSC not found in the system")
 153       message (STATUS "PETSC will be downloaded and compiled from ${DOWNLOAD_PETSC}" )
 154       message (STATUS "SLEPC will be downloaded and compiled from ${DOWNLOAD_SLEPC}" )
 155       message (STATUS "HDF5  will be downloaded and compiled from ${DOWNLOAD_HDF5}" )
 156
 157       #extract tarball name
 158       string(LENGTH "${DOWNLOAD_PETSC}" tarball_url_length)#length of the tarball
 159       string(FIND   "${DOWNLOAD_PETSC}" "/" start_tarball_name REVERSE )# last occurence of "/"
 160       MATH(EXPR start_tarball_name  "${start_tarball_name}+1")#start after the occurence of "/"
 161       MATH(EXPR tarball_name_length "${tarball_url_length}-${start_tarball_name}-7")#name ends before .tar.gz that counts for 7 characters
 162       string(SUBSTRING ${DOWNLOAD_PETSC} ${start_tarball_name} ${tarball_name_length} PETSC_TARBALL_NAME)
 163
 164       set(PETSC_DIR ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/pre_requis/${PETSC_TARBALL_NAME}) # Location of the final install
 165       set(PETSC_ARCH arch-linux-c-opt)
 166       set(PETSC_INSTALL ${CMAKE_INSTALL_PREFIX}/share/petsc)#folder to copy petsc libraries and include files
 167
 168       ExternalProject_Add (PETSc
 169       URL               ${DOWNLOAD_PETSC}
 170       SOURCE_DIR        ${PETSC_DIR}
 171       BUILD_IN_SOURCE   TRUE
 172       CONFIGURE_COMMAND <SOURCE_DIR>/configure --prefix=${PETSC_INSTALL} --with-debugging=0 --with-mpi=0 --download-f2cblaslapack=${DOWNLOAD_F2CBLASLAPACK} --with-fc=0 --download-slepc=${DOWNLOAD_SLEPC} --download-hdf5=${DOWNLOAD_HDF5}
 173       BUILD_COMMAND     make all
 174       TEST_COMMAND      make check
 175       INSTALL_COMMAND   make install
 176       INSTALL_DIR       ${PETSC_DIR}
 177       STAMP_DIR         ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/pre_requis
 178       LOG_DOWNLOAD      TRUE           # Wrap download in script to log output
 179       LOG_UPDATE        TRUE           # Wrap update in script to log output
 180       LOG_CONFIGURE     TRUE           # Wrap configure in script to log output
 181       LOG_BUILD         TRUE           # Wrap build in script to log output
 182       LOG_TEST          TRUE           # Wrap test in script to log output
 183       LOG_INSTALL       TRUE           # Wrap install in script to log output
 184        )
 185
 186       message( STATUS "PETSc, SLEPc and HDF5 will be installed at ${PETSC_INSTALL}")
 187
 188       string(LENGTH "${PETSC_TARBALL_NAME}" tarball_name_length)#length of the tarball
 189       string(FIND   "${PETSC_TARBALL_NAME}" "-" start_version_name REVERSE )# last occurence of "-"
 190       MATH(EXPR start_version_name  "${start_version_name}+1")#start after the occurence of "/"
 191       string(SUBSTRING ${PETSC_TARBALL_NAME} ${start_version_name} ${tarball_name_length} PETSC_VERSION)
 192       message( STATUS "PETSc version ${PETSC_VERSION}  will be installed" )
 193
 194       set(PETSC_INCLUDES  ${PETSC_DIR}/${PETSC_ARCH}/include ${PETSC_DIR}/include)
 195       set(PETSC_LIBRARIES ${PETSC_DIR}/${PETSC_ARCH}/lib/libpetsc.so)
 196
 197       #define slepc variables
 198       set(SLEPC_DIR ${PETSC_INSTALL})
 199       set(SLEPC_INCLUDES ${SLEPC_DIR}/include  ${PETSC_DIR}/${PETSC_ARCH}/externalpackages/slepc-3.13.4/include ${PETSC_DIR}/${PETSC_ARCH}/externalpackages/slepc-3.13.4/installed-arch-linux2-c-opt/include)
 200       set(SLEPC_LIBRARIES ${PETSC_DIR}/${PETSC_ARCH}/externalpackages/slepc-3.13.4/installed-arch-linux2-c-opt/lib/libslepc.so)
 201       message( STATUS "SLEPc includes ${SLEPC_INCLUDES}")
 202
 203       #define hdf5 variables
 204       if   ( NOT HDF5_ROOT )#hdf5 is not defined in cmake arguments
 205         if  ( DEFINED ENV{HDF5_ROOT} )#hdf5 is defined in the environment
 206           set(HDF5_ROOT $ENV{HDF5_ROOT})
 207         else( DEFINED ENV{HDF5_ROOT} )#hdf5 is not defined in the environment
 208           set(HDF5_ROOT ${PETSC_INSTALL})#HDF5 to be found in petsc installation
 209         endif( DEFINED ENV{HDF5_ROOT} )
 210       endif( NOT HDF5_ROOT )
 211       set(HDF5_LIBRARY_DIR ${HDF5_ROOT}/lib)
 212       set(HDF5_INCLUDE_DIRS ${HDF5_ROOT}/include)
 213
 214     endif ( IS_DIRECTORY "/usr/include/petsc/" AND EXISTS "/usr/lib64/libpetsc.so" )
 215   endif ( DEFINED ENV{PETSC_DIR} OR PETSC_DIR )
 216
 217   if   ( ${PETSC_VERSION} VERSION_GREATER 3.5 )
 218     add_definitions(-DPETSC_VERSION_GREATER_3_5)
 219   endif( ${PETSC_VERSION} VERSION_GREATER 3.5 )
 220
 221 string(REPLACE ";" ":"  PETSC_INCLUDES_INSTALL "${PETSC_INCLUDES}")# use colon instead of semicolon in environment file env_SOLVERLAB.sh
 222
 223 add_library(petsc   SHARED IMPORTED)
 224 set_property(TARGET petsc  PROPERTY IMPORTED_LOCATION ${PETSC_LIBRARIES})
 225 add_library(slepc   SHARED IMPORTED)
 226 set_property(TARGET slepc  PROPERTY IMPORTED_LOCATION ${SLEPC_LIBRARIES})
 227
 228 ######################################################
 229 # Detection or compilation of MEDFile                #
 230 ######################################################
 231 if( MEDFILE_ROOT_DIR OR DEFINED ENV{MEDFILE_ROOT_DIR})
 232
 233   if   ( NOT MEDFILE_ROOT_DIR )
 234     set(MEDFILE_ROOT_DIR $ENV{MEDFILE_ROOT_DIR} )
 235   endif( NOT MEDFILE_ROOT_DIR )
 236
 237   find_package (MEDFile REQUIRED)
 238   message (STATUS "MEDFile found in ${MEDFILE_ROOT_DIR}")
 239
 240 else( MEDFILE_ROOT_DIR OR DEFINED ENV{MEDFILE_ROOT_DIR})
 241
 242   message(STATUS "MED will be downloaded and installed from ${DOWNLOAD_MED}")
 243   set(MACHINE PCLINUX)
 244   set(MEDFILE_DEFINITIONS "-D${MACHINE} -DMEDFILE_INSTALL_DOC=OFF")#Comment ne pas compiler la doc ?
 245   set(MEDFILE_ROOT_DIR ${CMAKE_INSTALL_PREFIX}/share/med) # Location of the final install
 246
 247   #extraction of the tarball archive name
 248   string(LENGTH "${DOWNLOAD_MED}" tarball_url_length)#length of the name of the tarball
 249   string(FIND "${DOWNLOAD_MED}" "/" start_tarball_name REVERSE )# last occurence of "/"
 250   MATH(EXPR start_tarball_name "${start_tarball_name}+1")#start after the occurence of "/"
 251   MATH(EXPR tarball_name_length "${tarball_url_length}-${start_tarball_name}-7")#name ends before .tar.gz that counts for 7 characters
 252   string(SUBSTRING ${DOWNLOAD_MED} ${start_tarball_name} ${tarball_name_length} MED_TARBALL_NAME)
 253
 254   ExternalProject_Add (MED
 255         URL               ${DOWNLOAD_MED}  #location of med tarball
 256         SOURCE_DIR        ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/pre_requis/${MED_TARBALL_NAME}
 257         BUILD_IN_SOURCE   TRUE
 258         CONFIGURE_COMMAND <SOURCE_DIR>/configure --prefix=${MEDFILE_ROOT_DIR}  --with-hdf5=${HDF5_ROOT} --with-hdf5-include=${HDF5_ROOT}/include --with-hdf5-lib=${HDF5_LIBRARY_DIR} --with-hdf5-bin=${HDF5_ROOT}/bin  --with-swig=yes
 259         BUILD_COMMAND     make
 260         INSTALL_COMMAND   make install
 261         INSTALL_DIR       ${MEDFILE_ROOT_DIR}
 262         STAMP_DIR         ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/pre_requis
 263         LOG_DOWNLOAD      TRUE           # Wrap download in script to log output
 264         LOG_UPDATE        TRUE           # Wrap update in script to log output
 265         LOG_CONFIGURE     TRUE           # Wrap configure in script to log output
 266         LOG_BUILD         TRUE           # Wrap build in script to log output
 267         LOG_TEST          TRUE           # Wrap test in script to log output
 268         LOG_INSTALL       TRUE           # Wrap install in script to log output
 269   )
 270
 271   set(MEDFILE_INCLUDE_DIRS ${MEDFILE_ROOT_DIR}/include)# Nécessaire pour le medloader et les sous-dossiers mesh, et IJKMesh
 272   set(MEDFILE_LIBRARIES    ${MEDFILE_ROOT_DIR}/lib)# Nécessaire pour le env_SOLVERLAB.sh
 273   set(MEDFILE_C_LIBRARIES med medC)# Nécessaire pour le medloader
 274
 275 endif( MEDFILE_ROOT_DIR OR DEFINED ENV{MEDFILE_ROOT_DIR})
 276
 277 add_library(med   SHARED IMPORTED)
 278 set_property(TARGET med  PROPERTY IMPORTED_LOCATION ${MEDFILE_ROOT_DIR}/lib/libmed.so)
 279 add_library(medC   SHARED IMPORTED)
 280 set_property(TARGET medC PROPERTY IMPORTED_LOCATION ${MEDFILE_ROOT_DIR}/lib/libmedC.so)
 281
 282 string(REPLACE ";" ":"  MEDFILE_LIBRARIES_INSTALL "${MEDFILE_LIBRARIES}")# use colon instead of semicolon in environment file env_SOLVERLAB.sh
 283
 284 ######################################################
 285 # Detection or compilation of MEDCoupling            #
 286 ######################################################
 287 if( MEDCOUPLING_ROOT_DIR OR DEFINED ENV{MEDCOUPLING_ROOT_DIR})
 288
 289   if( NOT MEDCOUPLING_ROOT_DIR )
 290     set(MEDCOUPLING_ROOT_DIR $ENV{MEDCOUPLING_ROOT_DIR} )
 291   endif( NOT MEDCOUPLING_ROOT_DIR )
 292
 293   message (STATUS "Seeking MEDCoupling library in ${MEDCOUPLING_ROOT_DIR}")
 294
 295   if( NOT EXISTS ${MEDCOUPLING_ROOT_DIR}/lib/libmedloader.so OR NOT EXISTS ${MEDCOUPLING_ROOT_DIR}/lib/libmedcoupling.so OR NOT EXISTS ${MEDCOUPLING_ROOT_DIR}/include/MEDCoupling.hxx)
 296     message (FATAL_ERROR "MEDCoupling library not found in ${MEDCOUPLING_ROOT_DIR}")
 297   else( NOT EXISTS ${MEDCOUPLING_ROOT_DIR}/lib/libmedloader.so OR NOT EXISTS ${MEDCOUPLING_ROOT_DIR}/lib/libmedcoupling.so OR NOT EXISTS ${MEDCOUPLING_ROOT_DIR}/include/MEDCoupling.hxx)
 298     message (STATUS "MEDCoupling library found in ${MEDCOUPLING_ROOT_DIR}")
 299   endif( NOT EXISTS ${MEDCOUPLING_ROOT_DIR}/lib/libmedloader.so OR NOT EXISTS ${MEDCOUPLING_ROOT_DIR}/lib/libmedcoupling.so OR NOT EXISTS ${MEDCOUPLING_ROOT_DIR}/include/MEDCoupling.hxx)
 300
 301 else( MEDCOUPLING_ROOT_DIR OR DEFINED ENV{MEDCOUPLING_ROOT_DIR})
 302   message(STATUS "MEDCoupling will be downloaded and installed from ${DOWNLOAD_MEDCOUPLING}")
 303   set(MEDCOUPLING_ROOT_DIR ${CMAKE_INSTALL_PREFIX}/share/medcoupling) # Location of the final install
 304   SET(ENV{HDF5_ROOT} ${HDF5_ROOT})#MEDCoupling install process seems to require an environment variable
 305
 306   #extraction of the tarball archive name
 307   string(LENGTH "${DOWNLOAD_MEDCOUPLING}" tarball_url_length)#length of the tarball
 308   string(FIND   "${DOWNLOAD_MEDCOUPLING}" "/" start_tarball_name REVERSE )# last occurence of "/"
 309   MATH(EXPR start_tarball_name "${start_tarball_name}+1")#start after the occurence of "/"
 310   MATH(EXPR tarball_name_length "${tarball_url_length}-${start_tarball_name}-7")#name ends before .tar.gz that counts for 7 characters
 311   string(SUBSTRING ${DOWNLOAD_MEDCOUPLING} ${start_tarball_name} ${tarball_name_length} MEDCOUPLING_TARBALL_NAME)
 312   string(SUBSTRING ${MEDCOUPLING_TARBALL_NAME} 12 ${tarball_name_length} MEDCOUPLING_VERSION_NAME)
 313
 314   message(STATUS "MEDCoupling version is ${MEDCOUPLING_VERSION_NAME}")
 315
 316   ExternalProject_Add (MEDCoupling
 317         URL               ${DOWNLOAD_MEDCOUPLING}  #location of medcoupling tarball
 318         SOURCE_DIR        ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/pre_requis/${MEDCOUPLING_TARBALL_NAME}
 319 #        BUILD_IN_SOURCE   FALSE
 320         CONFIGURE_COMMAND cmake <SOURCE_DIR>/${MEDCOUPLING_TARBALL_NAME} -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=${MEDCOUPLING_ROOT_DIR} -DCONFIGURATION_ROOT_DIR=<SOURCE_DIR>/configuration-${MEDCOUPLING_VERSION_NAME} -DMEDFILE_ROOT_DIR=${MEDFILE_ROOT_DIR} -DMEDCOUPLING_ENABLE_PARTITIONER=OFF -DMEDCOUPLING_PARTITIONER_METIS=OFF -DMEDCOUPLING_PARTITIONER_SCOTCH=OFF -DMEDCOUPLING_ENABLE_RENUMBER=OFF -DMEDCOUPLING_BUILD_DOC=OFF -DHDF5_ROOT_DIR=${HDF5_ROOT}
 321         BUILD_COMMAND     make
 322         INSTALL_COMMAND   make install
 323         INSTALL_DIR       ${MEDCOUPLING_ROOT_DIR}
 324         STAMP_DIR         ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/pre_requis
 325         LOG_DOWNLOAD      TRUE           # Wrap download in script to log output
 326         LOG_UPDATE        TRUE           # Wrap update in script to log output
 327         LOG_CONFIGURE     TRUE           # Wrap configure in script to log output
 328         LOG_BUILD         TRUE           # Wrap build in script to log output
 329         LOG_TEST          TRUE           # Wrap test in script to log output
 330         LOG_INSTALL       TRUE           # Wrap install in script to log output
 331   )
 332
 333 endif( MEDCOUPLING_ROOT_DIR OR DEFINED ENV{MEDCOUPLING_ROOT_DIR} )
 334
 335 set(MEDCOUPLING_INCLUDE_DIR ${MEDCOUPLING_ROOT_DIR}/include)
 336 set(MEDCOUPLING_LIBRARIES   ${MEDCOUPLING_ROOT_DIR}/lib    )#for environment file env_SOLVERLAB.sh
 337
 338 add_library(medloader   SHARED IMPORTED )
 339 set_property(TARGET medloader   PROPERTY IMPORTED_LOCATION ${MEDCOUPLING_ROOT_DIR}/lib/libmedloader.so)
 340 add_library(medcoupling SHARED IMPORTED )
 341 set_property(TARGET medcoupling PROPERTY IMPORTED_LOCATION ${MEDCOUPLING_ROOT_DIR}/lib/libmedcoupling.so)
 342
 343 if   (TARGET MED AND TARGET PETSc)
 344   ExternalProject_Add_StepDependencies( MED build PETSc )#PETSc doit être compilé avant MED car c'est PETSc qui compile HDF5
 345 endif(TARGET MED AND TARGET PETSc)
 346
 347 if   (TARGET MED AND TARGET MEDCoupling)
 348   ExternalProject_Add_StepDependencies( MEDCoupling build MED )#MED doit être compilé avant MEDCoupling
 349 endif(TARGET MED AND TARGET MEDCoupling)
 350
 351 if   (TARGET PETSc AND TARGET MEDCoupling)
 352   ExternalProject_Add_StepDependencies( MEDCoupling build PETSc )#PETSc doit être compilé avant MEDCoupling (car il contient hdf5)
 353 endif(TARGET PETSc AND TARGET MEDCoupling)
 354
 355 ####################
 356 # Final operations #
 357 ####################
 358
 359 # Paraview variables to choose python version and for env_SOLVERLAB.sh
 360 if  ( DEFINED PARAVIEW_VERSION OR DEFINED ENV{PARAVIEW_VERSION} )
 361   if   ( NOT DEFINED PARAVIEW_VERSION )
 362     set( PARAVIEW_VERSION  $ENV{PARAVIEW_VERSION})
 363   endif( NOT DEFINED PARAVIEW_VERSION )
 364   message(STATUS "ParaView version is ${PARAVIEW_VERSION}" )
 365 else( DEFINED PARAVIEW_VERSION OR DEFINED ENV{PARAVIEW_VERSION} )
 366   if  ( DEFINED PARAVIEW_ROOT_DIR)
 367     set( PARAVIEW_INCLUDE_DIR   ${PARAVIEW_ROOT_DIR}/include)
 368     set( PARAVIEW_LIBRARIES_DIR ${PARAVIEW_ROOT_DIR}/lib)
 369   else( DEFINED PARAVIEW_ROOT_DIR)
 370     message(STATUS "PARAVIEW_VERSION and PARAVIEW_ROOT_DIR not set. Trying to detect paraview.")
 371     set( PARAVIEW_INCLUDE_DIR /usr/include/paraview/)
 372     set( PARAVIEW_LIBRARIES_DIR /usr/lib/paraview/:/usr/lib64/paraview/:/usr/lib64/vtk/:/usr/lib/vtk/)
 373   endif( DEFINED PARAVIEW_ROOT_DIR)
 374
 375   set( PARAVIEW_SUFFIXES paraview-5.0 paraview-5.1 paraview-5.2 paraview-5.3 paraview-5.4 paraview-5.5 paraview-5.6 paraview-5.7 paraview-5.8 paraview-5.9 )
 376   find_file( vtkConfig_file vtkPVConfig.h HINTS ${PARAVIEW_INCLUDE_DIR} PATH_SUFFIXES ${PARAVIEW_SUFFIXES})
 377
 378   #extraction of the paraview version"
 379   IF   ( ${vtkConfig_file} STREQUAL "vtkConfig_file-NOTFOUND" )
 380     message(WARNING "Could not find ParaView configuration file vtkPVConfig.h in folder ${PARAVIEW_INCLUDE_DIR} and subdirectories  ${PARAVIEW_SUFFIXES}. Postprocessing may not work")
 381     set( PARAVIEW_VERSION  "5.0")
 382   ELSE ( ${vtkConfig_file} STREQUAL "vtkConfig_file-NOTFOUND" )
 383     message( STATUS "Found vtkPVConfig.h in ${vtkConfig_file}")
 384     file(STRINGS ${vtkConfig_file} vtkConfig)
 385     FOREACH(line ${vtkConfig})
 386       string(FIND "${line}" "#define PARAVIEW_VERSION_FULL " pos)
 387       IF(NOT ${pos} EQUAL -1)
 388         string(LENGTH ${line} line_length)#length of the tarball
 389         MATH(EXPR start_pv_version "${line_length}-6")#line ends with "x.y.z", that counts for 7 characters
 390         string(SUBSTRING ${line} ${start_pv_version} 5 PARAVIEW_VERSION)
 391         break()
 392       ENDIF(NOT ${pos} EQUAL -1)
 393     ENDFOREACH(line ${vtkConfig})
 394     message(STATUS "ParaView detected, version is ${PARAVIEW_VERSION}" )
 395   ENDIF( ${vtkConfig_file} STREQUAL "vtkConfig_file-NOTFOUND" )
 396 endif( DEFINED PARAVIEW_VERSION OR DEFINED ENV{PARAVIEW_VERSION} )
 397
 398
 399 IF   ( ${PARAVIEW_VERSION} STRGREATER "5.6" OR ${PARAVIEW_VERSION} STREQUAL "5.6" )#Use python 3, use VERSION_GREATER_EQUAL if cmake >=3.7
 400   SET(PYTHON2OR3 "3")
 401   message(STATUS "PARAVIEW_VERSION greater than 5.6. We need python3 for postprocessing scripts.")
 402 ELSE ( ${PARAVIEW_VERSION} STRGREATER "5.6" OR ${PARAVIEW_VERSION} STREQUAL "5.6" )#Use python 2
 403   SET(PYTHON2OR3 "2")
 404   message(STATUS "PARAVIEW_VERSION smaller than 5.6. We need python2 for postprocessing scripts.")
 405 ENDIF( ${PARAVIEW_VERSION} STRGREATER "5.6" OR ${PARAVIEW_VERSION} STREQUAL "5.6" )
 406
 407 # Find python
 408 IF   (${CMAKE_VERSION} VERSION_GREATER "3.12.0")
 409   find_package(Python ${PYTHON2OR3} REQUIRED COMPONENTS Interpreter Development )
 410   SET(PYTHON_EXECUTABLE ${Python_EXECUTABLE})
 411 ELSE (${CMAKE_VERSION} VERSION_GREATER "3.12.0")
 412   find_package(PythonInterp ${PYTHON2OR3} REQUIRED )
 413   find_package(PythonLibs   ${PYTHON2OR3} REQUIRED )
 414   set(Python_LIBRARIES     ${PYTHON_LIBRARIES})
 415   set(Python_INCLUDE_DIRS  ${PYTHON_INCLUDE_DIRS})
 416   set(Python_VERSION       ${PYTHON_VERSION_STRING})
 417   set(Python_VERSION_MAJOR ${PYTHON_VERSION_MAJOR})
 418   set(Python_VERSION_MINOR ${PYTHON_VERSION_MINOR})
 419 ENDIF(${CMAKE_VERSION} VERSION_GREATER "3.12.0")
 420
 421 # Bug MEDCoupling9.5.0 -> On ajoute les include de numpy
 422 set(Python_INCLUDE_DIRS  ${Python_INCLUDE_DIRS} $ENV{PYTHON_ROOT_DIR}/lib/python${Python_VERSION_MAJOR}.${Python_VERSION_MINOR}/site-packages/numpy/core/include)
 423
 424 #Paraview library paths
 425 set (PV_LIB_DIR    /usr/lib/python${Python_VERSION_MAJOR}.${Python_VERSION_MINOR}/dist-packages/paraview/:/usr/lib64/python${Python_VERSION_MAJOR}.${Python_VERSION_MINOR}/site-packages/vtk/:${PARAVIEW_LIBRARIES_DIR})
 426 set (PV_PYTHON_DIR /usr/lib/python${Python_VERSION_MAJOR}.${Python_VERSION_MINOR}/dist-packages/paraview/:/usr/lib64/python${Python_VERSION_MAJOR}.${Python_VERSION_MINOR}/site-packages/vtk/:/usr/lib64/paraview/site-packages/:/usr/lib64/paraview/site-packages/paraview/:/usr/lib64/paraview/site-packages/vtk/:/usr/lib64/paraview/python${Python_VERSION_MAJOR}.${Python_VERSION_MINOR}/site-packages/:/usr/lib64/paraview/python${Python_VERSION_MAJOR}.${Python_VERSION_MINOR}/site-packages/paraview/:/usr/lib64/paraview/python${Python_VERSION_MAJOR}.${Python_VERSION_MINOR}/site-packages/vtkmodules:/usr/lib/paraview/site-packages/paraview:/usr/lib/paraview/site-packages/paraview/vtk)
 427
 428 message(STATUS "Python version found is ${Python_VERSION}")
 429 find_package (SWIG 3.0 REQUIRED)
 430
 431 if (SOLVERLAB_WITH_DOCUMENTATION)                                                                           #
 432   find_package (Doxygen)                                                                                    #
 433   set (CPACK_DEBIAN_PACKAGE_DEPENDS "${CPACK_DEBIAN_PACKAGE_DEPENDS}, doxygen, graphviz, mscgen")
 434   set (CPACK_RPM_PACKAGE_REQUIRES "${CPACK_RPM_PACKAGE_REQUIRES}, doxygen, graphviz, mscgen")
 435   if   (NOT DOXYGEN_FOUND)
 436     message (FATAL_ERROR "Doxygen is needed to build the documentation. Please install it correctly.")
 437   endif(NOT DOXYGEN_FOUND)
 438 endif()
 439 if (SOLVERLAB_WITH_TESTS)                                                                                  #
 440   enable_testing ()
 441   find_package (CPPUNIT REQUIRED)
 442 endif()
 443 find_package (XDR REQUIRED)
 444
 445 # Enter subdirectories
 446 add_subdirectory (CDMATH)
 447 if(SOLVERLAB_WITH_COREFLOWS)
 448   add_subdirectory (CoreFlows)
 449 endif(SOLVERLAB_WITH_COREFLOWS)
 450
 451 # Configuration file
 452 configure_file(
 453     ${PROJECT_SOURCE_DIR}/env_SOLVERLAB.sh
 454     ${CMAKE_INSTALL_PREFIX}/env_SOLVERLAB.sh
 455     @ONLY
 456 )
 457
 458