CMakeLists.txt

   1 cmake_minimum_required (VERSION 3.1)
   2 set(CMAKE_CXX_STANDARD 11)
   3 set(CMAKE_CXX_STANDARD_REQUIRED ON)
   4
   5 # Project name
   6 project (SOLVERLAB C CXX)
   7 set (SOLVERLAB_VERSION_MAJOR 0)
   8 set (SOLVERLAB_VERSION_MINOR 1)
   9
  10 option (SOLVERLAB_WITH_DOCUMENTATION "Generate SOLVERLAB documentation" ON)
  11 option (SOLVERLAB_WITH_PYTHON        "Compile Python interface of SOLVERLAB" ON)
  12 option (SOLVERLAB_WITH_GUI           "Compile a Graphic user Interface for SOLVERLAB" OFF)
  13 option (SOLVERLAB_WITH_PACKAGE       "Generate RPM, Debian and tarball packages" OFF)
  14 option (SOLVERLAB_WITH_COREFLOWS     "Generate COREFLOWS module" ON)
  15 option (SOLVERLAB_WITH_TESTS         "Generate SOLVERLAB example tests" ON)
  16
  17 #Path to installed libraries
  18 set (PETSC_DIR            OFF CACHE STRING "PETSc library path" )
  19 set (SLEPC_DIR            OFF CACHE STRING "SLEPc library path" )
  20 set (HDF5_ROOT            OFF CACHE STRING "HDF5 library path" )#For the compilation of MED with a specific version of HDF5
  21 set (MEDFILE_ROOT_DIR     OFF CACHE STRING "MED library path" )
  22 set (MEDCOUPLING_ROOT_DIR OFF CACHE STRING "MEDCoupling library path" )
  23 set (PYTHON_ROOT_DIR      OFF CACHE STRING "Python library path" )
  24
  25 #url of tarball librairies
  26 set (DOWNLOAD_PETSC         http://ftp.mcs.anl.gov/pub/petsc/release-snapshots/petsc-lite-3.14.0.tar.gz
  27      CACHE STRING           "PETSc tarball path/url" )
  28 set (DOWNLOAD_SLEPC         https://slepc.upv.es/download/distrib/slepc-3.14.0.tar.gz
  29      CACHE STRING           "SLEPC tarball path/url" )
  30 set (DOWNLOAD_F2CBLASLAPACK https://www.mcs.anl.gov/petsc/mirror/externalpackages/f2cblaslapack-3.4.2.q4.tar.gz
  31      CACHE STRING           "F2CBLASLAPACK tarball path/url" )
  32 set (DOWNLOAD_HDF5          https://support.hdfgroup.org/ftp/HDF5/releases/hdf5-1.10/hdf5-1.10.3/src/hdf5-1.10.3.tar.gz
  33      CACHE STRING           "HDF5 tarball path/url" )
  34 set (DOWNLOAD_MED           http://files.salome-platform.org/Salome/other/med-4.1.0.tar.gz
  35      CACHE STRING           "MED tarball path/url")
  36 set (DOWNLOAD_MEDCOUPLING   http://files.salome-platform.org/Salome/other/medCoupling-9.4.0.tar.gz
  37      CACHE STRING           "MEDCoupling tarball path/url" )
  38
  39 set (CMAKE_BUILD_TYPE Release CACHE STRING "Installation mode")
  40
  41 list (APPEND CMAKE_MODULE_PATH "${SOLVERLAB_SOURCE_DIR}/cmake_files")
  42
  43 include(ExternalProject)#For PETSc, MED and MEDCoupling
  44
  45 ######################################################
  46 # Detection or compilation of PETSc+SLEPc+HDF5       #
  47 ######################################################
  48   if ( DEFINED ENV{PETSC_DIR} OR PETSC_DIR)
  49     if   (NOT PETSC_DIR)
  50       set(PETSC_DIR $ENV{PETSC_DIR})
  51       message ( STATUS "Checking variable PETSC_DIR : " $ENV{PETSC_DIR} )
  52     else (NOT PETSC_DIR)
  53       message ( STATUS "Checking variable PETSC_DIR : " ${PETSC_DIR} )
  54     endif(NOT PETSC_DIR)
  55
  56     find_package (PETSc 3.4 REQUIRED)
  57     petsc_get_version ()
  58
  59     message ( STATUS "PETSc found. Version is ${PETSC_VERSION_MAJOR}.${PETSC_VERSION_MINOR}.${PETSC_VERSION_SUBMINOR}" )
  60     set(PETSC_INSTALL ${PETSC_DIR})
  61
  62     #Define and search slepc variables
  63     if   ( NOT SLEPC_DIR )
  64       if   ( DEFINED ENV{SLEPC_DIR} )
  65         set(SLEPC_DIR $ENV{SLEPC_DIR})
  66       else ( DEFINED ENV{SLEPC_DIR} )
  67         set(SLEPC_DIR ${PETSC_DIR}/${PETSC_ARCH})
  68       endif( DEFINED ENV{SLEPC_DIR} )
  69     endif( NOT SLEPC_DIR)
  70
  71     message ( STATUS "Checking variable SLEPC_DIR" )
  72     if ( IS_DIRECTORY ${SLEPC_DIR}/include AND EXISTS ${SLEPC_DIR}/lib/libslepc.so)
  73       set(SLEPC_INCLUDES  ${SLEPC_DIR}/include)
  74       set(SLEPC_LIBRARIES ${SLEPC_DIR}/lib/libslepc.so)
  75       message( STATUS "SLEPc found at ${SLEPC_DIR}" )
  76     else()
  77       message( FATAL_ERROR "SLEPc not found at ${SLEPC_DIR}" )
  78     endif()
  79
  80     #define hdf5 variables
  81     if   ( NOT HDF5_ROOT )#hdf5 is not defined in cmake arguments
  82       if  ( DEFINED ENV{HDF5_ROOT} )#hdf5 is defined in the environment
  83         set(HDF5_ROOT $ENV{HDF5_ROOT})
  84       else( DEFINED ENV{HDF5_ROOT} )#hdf5 is not defined in the environment
  85         #HDF5 to be found in petsc external packages
  86         set(HDF5_ROOT ${PETSC_DIR}/${PETSC_ARCH})# define hint for hdf5/med installation in petsc external packages
  87       endif( DEFINED ENV{HDF5_ROOT} )
  88     endif( NOT HDF5_ROOT )
  89     set(HDF5_LIBRARY_DIR  ${HDF5_ROOT}/lib)
  90     set(HDF5_INCLUDE_DIRS ${HDF5_ROOT}/include)
  91   else ( DEFINED ENV{PETSC_DIR} OR PETSC_DIR )
  92     message ( STATUS "PETSC_DIR not set, searching PETSc and SLEPc in the system" )
  93
  94     if ( IS_DIRECTORY "/usr/include/petsc/" AND EXISTS "/usr/lib64/libpetsc.so" )  #Case fedora/redhat system install
  95       message ( STATUS "PETSC includes found in /usr/include/petsc/" )
  96       message ( STATUS "PETSC library  found in /usr/lib64" )
  97       set(PETSC_DIR /usr/)
  98       set(PETSC_INCLUDES  /usr/include/petsc /usr/include/petsc/petsc/mpiuni)
  99       set(PETSC_LIBRARIES /usr/lib64/libpetsc.so)
 100
 101       set(PETSC_VERSION "3.8") #3.8 for fedora 26 , 3.9 for fedora 29 , 3.10 for fedora 30, , 3.12 for fedora 32
 102
 103       set(CPACK_RPM_PACKAGE_REQUIRES   "${CPACK_RPM_PACKAGE_REQUIRES}, petsc-devel (>= 3.4)") # This is not fully working yet.
 104       set(PETSC_INSTALL ${PETSC_DIR})
 105
 106       #Define and search slepc variables
 107       if   ( IS_DIRECTORY "/usr/include/slepc/" AND EXISTS "/usr/lib64/libslepc.so" )
 108         message( STATUS "SLEPc includes found in /usr/include/slepc/" )
 109         message( STATUS "SLEPc library  found in /usr/lib64/slepc/" )
 110         set(SLEPC_DIR /usr/)
 111         set(SLEPC_INCLUDES  ${SLEPC_DIR}/include)
 112         set(SLEPC_LIBRARIES ${SLEPC_DIR}/lib/libslepc.so)
 113         set (CPACK_RPM_PACKAGE_REQUIRES   "${CPACK_RPM_PACKAGE_REQUIRES}, slepc-devel (>= 3.4)") # This is not fully working yet.
 114       else ( IS_DIRECTORY "/usr/include/slepc/" AND EXISTS "/usr/lib64/libslepc.so" )
 115         message( FATAL_ERROR "SLEPc not found in the system" )
 116       endif( IS_DIRECTORY "/usr/include/slepc/" AND EXISTS "/usr/lib64/libslepc.so" )
 117
 118       #HDF5 to be found in the system
 119       if   ( NOT HDF5_ROOT AND NOT DEFINED ENV{HDF5_ROOT} )#hdf5 is not defined in the environment
 120         find_package(HDF5 REQUIRED)
 121         set(CPACK_DEBIAN_PACKAGE_DEPENDS "libhdf5-dev")
 122         set(CPACK_RPM_PACKAGE_REQUIRES   "hdf5-devel")
 123       endif( NOT HDF5_ROOT AND NOT DEFINED ENV{HDF5_ROOT} )
 124
 125     #elseif ( IS_DIRECTORY "/usr/lib/petsc/include" AND EXISTS "/usr/lib/petsc/lib/libpetsc_real.so" ) #Case ubuntu/debian system install
 126     #  message ( STATUS "PETSc includes found in /usr/lib/petsc/include")
 127     #  message ( STATUS "PETSc library  found in /usr/lib/petsc/lib/libpetsc_real.so")
 128     #  set(PETSC_DIR /usr/lib/petsc/)
 129     #  set(PETSC_INCLUDES  ${PETSC_DIR}/include ${PETSC_DIR}/include/petsc/mpiuni)
 130     #  set(PETSC_LIBRARIES ${PETSC_DIR}/lib/libpetsc_real.so)
 131
 132     #  find_package (PETSc 3.4 REQUIRED)
 133     #  petsc_get_version ()
 134     #  set (CPACK_DEBIAN_PACKAGE_DEPENDS "${CPACK_DEBIAN_PACKAGE_DEPENDS}, petsc-dev   (>= 3.4)") # This is not fully working yet.
 135
 136     #  Define and search slepc variables
 137     #  if   ( IS_DIRECTORY "/usr/lib/slepc/include" AND EXISTS "/usr/lib/slepc/lib/libslepc_real.so" )
 138     #    message( STATUS "SLEPc includes found in /usr/lib/slepc/include" )
 139     #    message( STATUS "SLEPc library  found in /usr/lib/slepc/lib/libslepc_real.so" )
 140     #    set(SLEPC_DIR /usr/lib/slepc/)
 141     #    set(SLEPC_INCLUDES ${SLEPC_DIR}/include)
 142     #    set(SLEPC_LIBRARIES ${SLEPC_DIR}/lib/libslepc_real.so)
 143     #    set (CPACK_DEBIAN_PACKAGE_REQUIRES   "${CPACK_DEBIAN_PACKAGE_REQUIRES}, slepc-devel (>= 3.4)") # This is not fully working yet.
 144     #  else ( IS_DIRECTORY "/usr/lib/slepc/include" AND EXISTS "/usr/lib/slepc/lib/libslepc_real.so" )
 145     #    message( FATAL_ERROR "SLEPc not found in the system" )
 146     #  endif( IS_DIRECTORY "/usr/lib/slepc/include" AND EXISTS "/usr/lib/slepc/lib/libslepc_real.so" )
 147
 148     #elseif ( IS_DIRECTORY "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/petsc") #Case ubuntu/debian system pip install
 149
 150     else ( IS_DIRECTORY "/usr/include/petsc/" AND EXISTS "/usr/lib64/libpetsc.so" )  # No petsc in system, do compile petsc along with slepc as an external package
 151       message (STATUS "PETSC not found in the system")
 152       message (STATUS "PETSC will be downloaded and compiled from ${DOWNLOAD_PETSC}" )
 153       message (STATUS "SLEPC will be downloaded and compiled from ${DOWNLOAD_SLEPC}" )
 154       message (STATUS "HDF5  will be downloaded and compiled from ${DOWNLOAD_HDF5}" )
 155
 156       #extract tarball name
 157       string(LENGTH "${DOWNLOAD_PETSC}" tarball_url_length)#length of the tarball
 158       string(FIND   "${DOWNLOAD_PETSC}" "/" start_tarball_name REVERSE )# last occurence of "/"
 159       MATH(EXPR start_tarball_name  "${start_tarball_name}+1")#start after the occurence of "/"
 160       MATH(EXPR tarball_name_length "${tarball_url_length}-${start_tarball_name}-7")#name ends before .tar.gz that counts for 7 characters
 161       string(SUBSTRING ${DOWNLOAD_PETSC} ${start_tarball_name} ${tarball_name_length} PETSC_TARBALL_NAME)
 162
 163       set(PETSC_DIR ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/pre_requis/${PETSC_TARBALL_NAME}) # Location of the final install
 164       set(PETSC_ARCH arch-linux-c-opt)
 165       set(PETSC_INSTALL ${CMAKE_INSTALL_PREFIX}/share/petsc)#folder to copy petsc libraries and include files
 166
 167       ExternalProject_Add (PETSc
 168       URL               ${DOWNLOAD_PETSC}
 169       SOURCE_DIR        ${PETSC_DIR}
 170       BUILD_IN_SOURCE   TRUE
 171       CONFIGURE_COMMAND <SOURCE_DIR>/configure --prefix=${PETSC_INSTALL} --with-debugging=0 --with-mpi=0 --download-f2cblaslapack=${DOWNLOAD_F2CBLASLAPACK} --with-fc=0 --download-slepc=${DOWNLOAD_SLEPC} --download-hdf5=${DOWNLOAD_HDF5}
 172       BUILD_COMMAND     make all
 173       TEST_COMMAND      make check
 174       INSTALL_COMMAND   make install
 175       INSTALL_DIR       ${PETSC_DIR}
 176       STAMP_DIR         ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/pre_requis
 177       LOG_DOWNLOAD      TRUE           # Wrap download in script to log output
 178       LOG_UPDATE        TRUE           # Wrap update in script to log output
 179       LOG_CONFIGURE     TRUE           # Wrap configure in script to log output
 180       LOG_BUILD         TRUE           # Wrap build in script to log output
 181       LOG_TEST          TRUE           # Wrap test in script to log output
 182       LOG_INSTALL       TRUE           # Wrap install in script to log output
 183        )
 184
 185       message( STATUS "PETSc, SLEPc and HDF5 will be installed at ${PETSC_INSTALL}")
 186
 187       string(LENGTH "${PETSC_TARBALL_NAME}" tarball_name_length)#length of the tarball
 188       string(FIND   "${PETSC_TARBALL_NAME}" "-" start_version_name REVERSE )# last occurence of "-"
 189       MATH(EXPR start_version_name  "${start_version_name}+1")#start after the occurence of "/"
 190       string(SUBSTRING ${PETSC_TARBALL_NAME} ${start_version_name} ${tarball_name_length} PETSC_VERSION)
 191       message( STATUS "PETSc version ${PETSC_VERSION}  will be installed" )
 192
 193       set(PETSC_INCLUDES  ${PETSC_DIR}/${PETSC_ARCH}/include ${PETSC_DIR}/include)
 194       set(PETSC_LIBRARIES ${PETSC_DIR}/${PETSC_ARCH}/lib/libpetsc.so)
 195
 196       #define slepc variables
 197       set(SLEPC_DIR ${PETSC_INSTALL})
 198       set(SLEPC_INCLUDES ${SLEPC_DIR}/include  ${PETSC_DIR}/${PETSC_ARCH}/externalpackages/slepc-3.13.4/include ${PETSC_DIR}/${PETSC_ARCH}/externalpackages/slepc-3.13.4/installed-arch-linux2-c-opt/include)
 199       set(SLEPC_LIBRARIES ${PETSC_DIR}/${PETSC_ARCH}/externalpackages/slepc-3.13.4/installed-arch-linux2-c-opt/lib/libslepc.so)
 200       message( STATUS "SLEPc includes ${SLEPC_INCLUDES}")
 201
 202       #define hdf5 variables
 203       if   ( NOT HDF5_ROOT )#hdf5 is not defined in cmake arguments
 204         if  ( DEFINED ENV{HDF5_ROOT} )#hdf5 is defined in the environment
 205           set(HDF5_ROOT $ENV{HDF5_ROOT})
 206         else( DEFINED ENV{HDF5_ROOT} )#hdf5 is not defined in the environment
 207           set(HDF5_ROOT ${PETSC_INSTALL})#HDF5 to be found in petsc installation
 208         endif( DEFINED ENV{HDF5_ROOT} )
 209       endif( NOT HDF5_ROOT )
 210       set(HDF5_LIBRARY_DIR ${HDF5_ROOT}/lib)
 211       set(HDF5_INCLUDE_DIRS ${HDF5_ROOT}/include)
 212
 213     endif ( IS_DIRECTORY "/usr/include/petsc/" AND EXISTS "/usr/lib64/libpetsc.so" )
 214   endif ( DEFINED ENV{PETSC_DIR} OR PETSC_DIR )
 215
 216 if   ( ${PETSC_VERSION} VERSION_GREATER 3.5 )
 217   add_definitions(-DPETSC_VERSION_GREATER_3_5)
 218 endif( ${PETSC_VERSION} VERSION_GREATER 3.5 )
 219
 220 string(REPLACE ";" ":"  PETSC_INCLUDES_INSTALL "${PETSC_INCLUDES}")# use colon instead of semicolon in environment file env_SOLVERLAB.sh
 221
 222 add_library(petsc   SHARED IMPORTED)
 223 set_property(TARGET petsc  PROPERTY IMPORTED_LOCATION ${PETSC_LIBRARIES})
 224 add_library(slepc   SHARED IMPORTED)
 225 set_property(TARGET slepc  PROPERTY IMPORTED_LOCATION ${SLEPC_LIBRARIES})
 226
 227 ######################################################
 228 # Detection or compilation of MEDFile                #
 229 ######################################################
 230 if( MEDFILE_ROOT_DIR OR DEFINED ENV{MEDFILE_ROOT_DIR})
 231
 232   if   ( NOT MEDFILE_ROOT_DIR )
 233     set(MEDFILE_ROOT_DIR $ENV{MEDFILE_ROOT_DIR} )
 234   endif( NOT MEDFILE_ROOT_DIR )
 235
 236   find_package (MEDFile REQUIRED)
 237
 238 else( MEDFILE_ROOT_DIR OR DEFINED ENV{MEDFILE_ROOT_DIR})
 239
 240   message(STATUS "MED will be downloaded and installed from ${DOWNLOAD_MED}")
 241   set(MACHINE PCLINUX)
 242   set(MEDFILE_DEFINITIONS "-D${MACHINE} -DMEDFILE_INSTALL_DOC=OFF")#Comment ne pas compiler la doc ?
 243   set(MEDFILE_ROOT_DIR ${CMAKE_INSTALL_PREFIX}/share/med) # Location of the final install
 244
 245   #extraction of the tarball archive name
 246   string(LENGTH "${DOWNLOAD_MED}" tarball_url_length)#length of the name of the tarball
 247   string(FIND "${DOWNLOAD_MED}" "/" start_tarball_name REVERSE )# last occurence of "/"
 248   MATH(EXPR start_tarball_name "${start_tarball_name}+1")#start after the occurence of "/"
 249   MATH(EXPR tarball_name_length "${tarball_url_length}-${start_tarball_name}-7")#name ends before .tar.gz that counts for 7 characters
 250   string(SUBSTRING ${DOWNLOAD_MED} ${start_tarball_name} ${tarball_name_length} MED_TARBALL_NAME)
 251
 252   ExternalProject_Add (MED
 253         URL               ${DOWNLOAD_MED}  #location of med tarball
 254         SOURCE_DIR        ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/pre_requis/${MED_TARBALL_NAME}
 255         BUILD_IN_SOURCE   TRUE
 256         CONFIGURE_COMMAND <SOURCE_DIR>/configure --prefix=${MEDFILE_ROOT_DIR}  --with-hdf5=${HDF5_ROOT} --with-hdf5-include=${HDF5_ROOT}/include --with-hdf5-lib=${HDF5_LIBRARY_DIR} --with-hdf5-bin=${HDF5_ROOT}/bin  --with-swig=yes
 257         BUILD_COMMAND     make
 258         INSTALL_COMMAND   make install
 259         INSTALL_DIR       ${MEDFILE_ROOT_DIR}
 260         STAMP_DIR         ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/pre_requis
 261         LOG_DOWNLOAD      TRUE           # Wrap download in script to log output
 262         LOG_UPDATE        TRUE           # Wrap update in script to log output
 263         LOG_CONFIGURE     TRUE           # Wrap configure in script to log output
 264         LOG_BUILD         TRUE           # Wrap build in script to log output
 265         LOG_TEST          TRUE           # Wrap test in script to log output
 266         LOG_INSTALL       TRUE           # Wrap install in script to log output
 267   )
 268
 269   set(MEDFILE_INCLUDE_DIRS ${MEDFILE_ROOT_DIR}/include)# Nécessaire pour le medloader et les sous-dossiers mesh, et IJKMesh
 270   set(MEDFILE_LIBRARIES    ${MEDFILE_ROOT_DIR}/lib)# Nécessaire pour le env_SOLVERLAB.sh
 271   set(MEDFILE_C_LIBRARIES med medC)# Nécessaire pour le medloader
 272
 273 endif( MEDFILE_ROOT_DIR OR DEFINED ENV{MEDFILE_ROOT_DIR})
 274
 275 add_library(med   SHARED IMPORTED)
 276 set_property(TARGET med  PROPERTY IMPORTED_LOCATION ${MEDFILE_ROOT_DIR}/lib/libmed.so)
 277 add_library(medC   SHARED IMPORTED)
 278 set_property(TARGET medC PROPERTY IMPORTED_LOCATION ${MEDFILE_ROOT_DIR}/lib/libmedC.so)
 279
 280 string(REPLACE ";" ":"  MEDFILE_LIBRARIES_INSTALL "${MEDFILE_LIBRARIES}")# use colon instead of semicolon in environment file env_SOLVERLAB.sh
 281
 282 ######################################################
 283 # Detection or compilation of MEDCoupling            #
 284 ######################################################
 285 if( MEDCOUPLING_ROOT_DIR OR DEFINED ENV{MEDCOUPLING_ROOT_DIR})
 286
 287   if( NOT MEDCOUPLING_ROOT_DIR )
 288     set(MEDCOUPLING_ROOT_DIR $ENV{MEDCOUPLING_ROOT_DIR} )
 289   endif( NOT MEDCOUPLING_ROOT_DIR )
 290
 291   message (STATUS "Seeking MEDCoupling library in ${MEDCOUPLING_ROOT_DIR}")
 292
 293   if( NOT EXISTS ${MEDCOUPLING_ROOT_DIR}/lib/libmedloader.so OR NOT EXISTS ${MEDCOUPLING_ROOT_DIR}/lib/libmedcoupling.so OR NOT EXISTS ${MEDCOUPLING_ROOT_DIR}/include/MEDCoupling.hxx)
 294     message (FATAL_ERROR "MEDCoupling library not found in ${MEDCOUPLING_ROOT_DIR}")
 295   else( NOT EXISTS ${MEDCOUPLING_ROOT_DIR}/lib/libmedloader.so OR NOT EXISTS ${MEDCOUPLING_ROOT_DIR}/lib/libmedcoupling.so OR NOT EXISTS ${MEDCOUPLING_ROOT_DIR}/include/MEDCoupling.hxx)
 296     message (STATUS "MEDCoupling library found in ${MEDCOUPLING_ROOT_DIR}")
 297   endif( NOT EXISTS ${MEDCOUPLING_ROOT_DIR}/lib/libmedloader.so OR NOT EXISTS ${MEDCOUPLING_ROOT_DIR}/lib/libmedcoupling.so OR NOT EXISTS ${MEDCOUPLING_ROOT_DIR}/include/MEDCoupling.hxx)
 298
 299   #the find package(MEDCoupling) generates an error
 300   set(MEDCoupling_VERSION 9.6.0)#We force the version to 9.6 until we solve the problem of find_package(MEDCoupling)
 301   add_library(medloader   SHARED IMPORTED )
 302   set_property(TARGET medloader   PROPERTY IMPORTED_LOCATION ${MEDCOUPLING_ROOT_DIR}/lib/libmedloader.so)
 303
 304 #  set(MEDCoupling_DIR  ${MEDCOUPLING_ROOT_DIR}/cmake_files)
 305 #  find_package(MEDCoupling CONFIG REQUIRED )   # CONFIG is important !
 306   message( STATUS "MEDCoupling found. Version is ${MEDCoupling_VERSION}")
 307
 308 else( MEDCOUPLING_ROOT_DIR OR DEFINED ENV{MEDCOUPLING_ROOT_DIR})
 309   message(STATUS "MEDCoupling will be downloaded and installed from ${DOWNLOAD_MEDCOUPLING}")
 310   set(MEDCOUPLING_ROOT_DIR ${CMAKE_INSTALL_PREFIX}/share/medcoupling) # Location of the final install
 311   SET(ENV{HDF5_ROOT} ${HDF5_ROOT})#MEDCoupling install process seems to require an environment variable
 312
 313   #extraction of the tarball archive name
 314   string(LENGTH "${DOWNLOAD_MEDCOUPLING}" tarball_url_length)#length of the tarball
 315   string(FIND   "${DOWNLOAD_MEDCOUPLING}" "/" start_tarball_name REVERSE )# last occurence of "/"
 316   MATH(EXPR start_tarball_name "${start_tarball_name}+1")#start after the occurence of "/"
 317   MATH(EXPR tarball_name_length "${tarball_url_length}-${start_tarball_name}-7")#name ends before .tar.gz that counts for 7 characters
 318   string(SUBSTRING ${DOWNLOAD_MEDCOUPLING} ${start_tarball_name} ${tarball_name_length} MEDCOUPLING_TARBALL_NAME)
 319   string(SUBSTRING ${MEDCOUPLING_TARBALL_NAME} 12 ${tarball_name_length} MEDCoupling_VERSION)
 320
 321   message(STATUS "MEDCoupling version will be ${MEDCoupling_VERSION}")
 322
 323   ExternalProject_Add (MEDCoupling
 324         URL               ${DOWNLOAD_MEDCOUPLING}  #location of medcoupling tarball
 325         SOURCE_DIR        ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/pre_requis/${MEDCOUPLING_TARBALL_NAME}
 326 #        BUILD_IN_SOURCE   FALSE
 327         CONFIGURE_COMMAND cmake <SOURCE_DIR>/${MEDCOUPLING_TARBALL_NAME} -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=${MEDCOUPLING_ROOT_DIR} -DCONFIGURATION_ROOT_DIR=<SOURCE_DIR>/configuration-${MEDCoupling_VERSION} -DMEDFILE_ROOT_DIR=${MEDFILE_ROOT_DIR} -DMEDCOUPLING_ENABLE_PARTITIONER=OFF -DMEDCOUPLING_PARTITIONER_METIS=OFF -DMEDCOUPLING_PARTITIONER_SCOTCH=OFF -DMEDCOUPLING_ENABLE_RENUMBER=OFF -DMEDCOUPLING_BUILD_DOC=OFF -DHDF5_ROOT_DIR=${HDF5_ROOT}
 328         BUILD_COMMAND     make
 329         INSTALL_COMMAND   make install
 330         INSTALL_DIR       ${MEDCOUPLING_ROOT_DIR}
 331         STAMP_DIR         ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/pre_requis
 332         LOG_DOWNLOAD      TRUE           # Wrap download in script to log output
 333         LOG_UPDATE        TRUE           # Wrap update in script to log output
 334         LOG_CONFIGURE     TRUE           # Wrap configure in script to log output
 335         LOG_BUILD         TRUE           # Wrap build in script to log output
 336         LOG_TEST          TRUE           # Wrap test in script to log output
 337         LOG_INSTALL       TRUE           # Wrap install in script to log output
 338   )
 339
 340   add_library(medloader   SHARED IMPORTED )
 341   set_property(TARGET medloader   PROPERTY IMPORTED_LOCATION ${MEDCOUPLING_ROOT_DIR}/lib/libmedloader.so)
 342
 343 endif( MEDCOUPLING_ROOT_DIR OR DEFINED ENV{MEDCOUPLING_ROOT_DIR} )
 344
 345 set(MEDCOUPLING_INCLUDE_DIR ${MEDCOUPLING_ROOT_DIR}/include)
 346 set(MEDCOUPLING_LIBRARIES   ${MEDCOUPLING_ROOT_DIR}/lib    )#for environment file env_SOLVERLAB.sh
 347
 348 add_library(medcoupling SHARED IMPORTED )
 349 set_property(TARGET medcoupling PROPERTY IMPORTED_LOCATION ${MEDCOUPLING_ROOT_DIR}/lib/libmedcoupling.so)
 350
 351 if   ( ${MEDCoupling_VERSION} VERSION_GREATER 9.4 )
 352   add_definitions(-DMEDCoupling_VERSION_VERSION_GREATER_9_4)
 353 endif( ${MEDCoupling_VERSION} VERSION_GREATER 9.4 )
 354
 355 if   (TARGET MED AND TARGET PETSc)
 356   ExternalProject_Add_StepDependencies( MED build PETSc )#PETSc doit être compilé avant MED car c'est PETSc qui compile HDF5
 357 endif(TARGET MED AND TARGET PETSc)
 358
 359 if   (TARGET MED AND TARGET MEDCoupling)
 360   ExternalProject_Add_StepDependencies( MEDCoupling build MED )#MED doit être compilé avant MEDCoupling
 361 endif(TARGET MED AND TARGET MEDCoupling)
 362
 363 if   (TARGET PETSc AND TARGET MEDCoupling)
 364   ExternalProject_Add_StepDependencies( MEDCoupling build PETSc )#PETSc doit être compilé avant MEDCoupling (car il contient hdf5)
 365 endif(TARGET PETSc AND TARGET MEDCoupling)
 366
 367 ####################
 368 # Final operations #
 369 ####################
 370
 371 # Paraview variables to choose python version and for env_SOLVERLAB.sh
 372 if  ( DEFINED PARAVIEW_ROOT_DIR OR DEFINED ENV{PARAVIEW_ROOT_DIR})
 373   if  ( DEFINED PARAVIEW_ROOT_DIR )
 374     set( PARAVIEW_INCLUDE_DIR   ${PARAVIEW_ROOT_DIR}/include)
 375     set( PARAVIEW_LIBRARIES_DIR ${PARAVIEW_ROOT_DIR}/lib)
 376   else( DEFINED PARAVIEW_ROOT_DIR )
 377     set( PARAVIEW_ROOT_DIR      $ENV{PARAVIEW_ROOT_DIR} )
 378     set( PARAVIEW_INCLUDE_DIR   $ENV{PARAVIEW_ROOT_DIR}/include)
 379     set( PARAVIEW_LIBRARIES_DIR $ENV{PARAVIEW_ROOT_DIR}/lib)
 380   endif( DEFINED PARAVIEW_ROOT_DIR )
 381 else( DEFINED PARAVIEW_ROOT_DIR OR DEFINED ENV{PARAVIEW_ROOT_DIR})
 382   message(STATUS "PARAVIEW_ROOT_DIR not set. Trying to detect paraview.")
 383   set( PARAVIEW_INCLUDE_DIR /usr/include/paraview/)
 384   set( PARAVIEW_LIBRARIES_DIR /usr/lib/paraview/:/usr/lib64/paraview/:/usr/lib64/vtk/:/usr/lib/vtk/)
 385 endif( DEFINED PARAVIEW_ROOT_DIR OR DEFINED ENV{PARAVIEW_ROOT_DIR})
 386
 387 if  ( DEFINED PARAVIEW_VERSION OR DEFINED ENV{PARAVIEW_VERSION} )
 388   if   ( NOT DEFINED PARAVIEW_VERSION )
 389     set( PARAVIEW_VERSION  $ENV{PARAVIEW_VERSION})
 390   endif( NOT DEFINED PARAVIEW_VERSION )
 391   message(STATUS "ParaView version is ${PARAVIEW_VERSION}" )
 392 else( DEFINED PARAVIEW_VERSION OR DEFINED ENV{PARAVIEW_VERSION} )
 393   set( PARAVIEW_SUFFIXES paraview-5.0 paraview-5.1 paraview-5.2 paraview-5.3 paraview-5.4 paraview-5.5 paraview-5.6 paraview-5.7 paraview-5.8 paraview-5.9 )
 394   find_file( vtkConfig_file vtkPVConfig.h HINTS ${PARAVIEW_INCLUDE_DIR} PATH_SUFFIXES ${PARAVIEW_SUFFIXES})
 395
 396   #extraction of the paraview version"
 397   IF   ( ${vtkConfig_file} STREQUAL "vtkConfig_file-NOTFOUND" )
 398     message(WARNING "Could not find ParaView configuration file vtkPVConfig.h in folder ${PARAVIEW_INCLUDE_DIR} and subdirectories  ${PARAVIEW_SUFFIXES}. Postprocessing may not work")
 399     set( PARAVIEW_VERSION  "5.0")
 400   ELSE ( ${vtkConfig_file} STREQUAL "vtkConfig_file-NOTFOUND" )
 401     message( STATUS "Found vtkPVConfig.h in ${vtkConfig_file}")
 402     file(STRINGS ${vtkConfig_file} vtkConfig)
 403     FOREACH(line ${vtkConfig})
 404       string(FIND "${line}" "#define PARAVIEW_VERSION_FULL " pos)
 405       IF(NOT ${pos} EQUAL -1)
 406         string(LENGTH ${line} line_length)#length of the tarball
 407         MATH(EXPR start_pv_version "${line_length}-6")#line ends with "x.y.z", that counts for 7 characters
 408         string(SUBSTRING ${line} ${start_pv_version} 5 PARAVIEW_VERSION)
 409         break()
 410       ENDIF(NOT ${pos} EQUAL -1)
 411     ENDFOREACH(line ${vtkConfig})
 412     message(STATUS "ParaView detected, version is ${PARAVIEW_VERSION}" )
 413   ENDIF( ${vtkConfig_file} STREQUAL "vtkConfig_file-NOTFOUND" )
 414 endif( DEFINED PARAVIEW_VERSION OR DEFINED ENV{PARAVIEW_VERSION} )
 415
 416 #Choose python 2 or 3
 417 IF   ( ${PARAVIEW_VERSION} STRGREATER "5.6" OR ${PARAVIEW_VERSION} STREQUAL "5.6" )#Use python 3, use VERSION_GREATER_EQUAL if cmake >=3.7
 418   SET(PYTHON2OR3 "3")
 419   message(STATUS "PARAVIEW_VERSION greater than 5.6. We need python3 for postprocessing scripts.")
 420 ELSE ( ${PARAVIEW_VERSION} STRGREATER "5.6" OR ${PARAVIEW_VERSION} STREQUAL "5.6" )#Use python 2
 421   SET(PYTHON2OR3 "2")
 422   message(STATUS "PARAVIEW_VERSION smaller than 5.6. We need python2 for postprocessing scripts.")
 423 ENDIF( ${PARAVIEW_VERSION} STRGREATER "5.6" OR ${PARAVIEW_VERSION} STREQUAL "5.6" )
 424
 425 # Find python
 426 IF  ( PYTHON_ROOT_DIR OR ENV{PYTHON_ROOT_DIR})
 427   IF  ( PYTHON_ROOT_DIR )
 428     set(Python_ROOT_DIR ${PYTHON_ROOT_DIR} )
 429   ELSE( PYTHON_ROOT_DIR )
 430     set(Python_ROOT_DIR $ENV{PYTHON_ROOT_DIR} )
 431   ENDIF( PYTHON_ROOT_DIR)
 432 ENDIF(PYTHON_ROOT_DIR OR ENV{PYTHON_ROOT_DIR})
 433
 434 IF   (${CMAKE_VERSION} VERSION_GREATER "3.12.0")
 435   find_package(Python ${PYTHON2OR3} REQUIRED COMPONENTS Interpreter Development )
 436   SET(PYTHON_EXECUTABLE ${Python_EXECUTABLE})
 437 ELSE (${CMAKE_VERSION} VERSION_GREATER "3.12.0")
 438   find_package(PythonInterp ${PYTHON2OR3} REQUIRED )
 439   find_package(PythonLibs   ${PYTHON2OR3} REQUIRED )
 440   set(Python_LIBRARIES     ${PYTHON_LIBRARIES})
 441   set(Python_INCLUDE_DIRS  ${PYTHON_INCLUDE_DIRS})
 442   set(Python_VERSION       ${PYTHON_VERSION_STRING})
 443   set(Python_VERSION_MAJOR ${PYTHON_VERSION_MAJOR})
 444   set(Python_VERSION_MINOR ${PYTHON_VERSION_MINOR})
 445 ENDIF(${CMAKE_VERSION} VERSION_GREATER "3.12.0")
 446
 447 #PyQt5
 448 IF  ( NOT PYQT5_ROOT_DIR )
 449     set(PYQT5_ROOT_DIR $ENV{PYQT5_ROOT_DIR} )
 450 ENDIF( NOT PYQT5_ROOT_DIR )
 451
 452 #Matplotlib
 453 IF   ( NOT MATPLOTLIB_ROOT_DIR )
 454     set(MATPLOTLIB_ROOT_DIR $ENV{MATPLOTLIB_ROOT_DIR} )
 455 ENDIF( NOT MATPLOTLIB_ROOT_DIR )
 456
 457 #HDF5_ROOT_DIR
 458 IF   ( NOT HDF5_ROOT_DIR )
 459   IF  ( ENV{HDF5_ROOT_DIR} )
 460     set(HDF5_ROOT_DIR $ENV{HDF5_ROOT_DIR} )
 461   ELSE( ENV{HDF5_ROOT_DIR} )
 462     set(HDF5_ROOT_DIR ${HDF5_ROOT} )
 463   ENDIF( ENV{HDF5_ROOT_DIR} )
 464 ENDIF( NOT HDF5_ROOT_DIR )
 465
 466
 467 #Paraview library paths
 468 set (PV_LIB_DIR    /usr/lib/python${Python_VERSION_MAJOR}.${Python_VERSION_MINOR}/dist-packages/paraview/:/usr/lib64/python${Python_VERSION_MAJOR}.${Python_VERSION_MINOR}/site-packages/vtk/:${MATPLOTLIB_ROOT_DIR}/lib/:${PARAVIEW_LIBRARIES_DIR})
 469 set (PV_PYTHON_DIR /usr/lib/python${Python_VERSION_MAJOR}.${Python_VERSION_MINOR}/dist-packages/paraview/:/usr/lib64/python${Python_VERSION_MAJOR}.${Python_VERSION_MINOR}/site-packages/vtk/:/usr/lib64/paraview/site-packages/:/usr/lib64/paraview/site-packages/paraview/:/usr/lib64/paraview/site-packages/vtk/:/usr/lib64/paraview/python${Python_VERSION_MAJOR}.${Python_VERSION_MINOR}/site-packages/:/usr/lib64/paraview/python${Python_VERSION_MAJOR}.${Python_VERSION_MINOR}/site-packages/paraview/:/usr/lib64/paraview/python${Python_VERSION_MAJOR}.${Python_VERSION_MINOR}/site-packages/vtkmodules:/usr/lib/paraview/site-packages/paraview:/usr/lib/paraview/site-packages/paraview/vtk:${PARAVIEW_ROOT_DIR}/lib/:${PARAVIEW_ROOT_DIR}/lib/python${Python_VERSION_MAJOR}.${Python_VERSION_MINOR}/site-packages/:${PARAVIEW_ROOT_DIR}/lib/python${Python_VERSION_MAJOR}.${Python_VERSION_MINOR}/site-packages/vtkmodules/:${MATPLOTLIB_ROOT_DIR}/lib/python${Python_VERSION_MAJOR}.${Python_VERSION_MINOR}/site-packages:${PYQT5_ROOT_DIR}:${PYQT5_ROOT_DIR}/lib/python${Python_VERSION_MAJOR}.${Python_VERSION_MINOR}/site-packages)
 470
 471 message(STATUS "Python version found is ${Python_VERSION}")
 472 find_package (SWIG 3.0 REQUIRED)
 473
 474 if (SOLVERLAB_WITH_DOCUMENTATION)                                                                           #
 475   find_package (Doxygen)                                                                                    #
 476   set (CPACK_DEBIAN_PACKAGE_DEPENDS "${CPACK_DEBIAN_PACKAGE_DEPENDS}, doxygen, graphviz, mscgen")
 477   set (CPACK_RPM_PACKAGE_REQUIRES "${CPACK_RPM_PACKAGE_REQUIRES}, doxygen, graphviz, mscgen")
 478   if   (NOT DOXYGEN_FOUND)
 479     message (FATAL_ERROR "Doxygen is needed to build the documentation. Please install it correctly.")
 480   endif(NOT DOXYGEN_FOUND)
 481 endif()
 482 if (SOLVERLAB_WITH_TESTS)                                                                                  #
 483   enable_testing ()
 484   find_package (CPPUNIT REQUIRED)
 485 endif()
 486 find_package (XDR REQUIRED)
 487
 488 # Enter subdirectories
 489 add_subdirectory (CDMATH)
 490 if(SOLVERLAB_WITH_COREFLOWS)
 491   add_subdirectory (CoreFlows)
 492 endif(SOLVERLAB_WITH_COREFLOWS)
 493
 494 # Configuration file
 495 configure_file(
 496     ${PROJECT_SOURCE_DIR}/env_SOLVERLAB.sh
 497     ${CMAKE_INSTALL_PREFIX}/env_SOLVERLAB.sh
 498     @ONLY
 499 )
 500
 501