CMakeLists.txt

   1 cmake_minimum_required (VERSION 3.1)
   2 set(CMAKE_CXX_STANDARD 11)
   3 set(CMAKE_CXX_STANDARD_REQUIRED ON)
   4
   5 # Project name
   6 project (SOLVERLAB C CXX)
   7 set (SOLVERLAB_VERSION_MAJOR 0)
   8 set (SOLVERLAB_VERSION_MINOR 1)
   9
  10 option (SOLVERLAB_WITH_DOCUMENTATION "Generate SOLVERLAB documentation" ON)
  11 option (SOLVERLAB_WITH_PYTHON        "Compile Python interface of SOLVERLAB" ON)
  12 option (SOLVERLAB_WITH_GUI           "Compile a Graphic user Interface for SOLVERLAB" OFF)
  13 option (SOLVERLAB_WITH_PACKAGE       "Generate RPM, Debian and tarball packages" OFF)
  14 option (SOLVERLAB_WITH_COREFLOWS     "Generate COREFLOWS module" ON)
  15 option (SOLVERLAB_WITH_TESTS         "Generate SOLVERLAB example tests" ON)
  16
  17 #Path to installed libraries
  18 set (PETSC_DIR            OFF CACHE STRING "PETSc library path" )
  19 set (SLEPC_DIR            OFF CACHE STRING "SLEPc library path" )
  20 set (HDF5_ROOT            OFF CACHE STRING "HDF5 library path" )#For the compilation of MED with a specific version of HDF5
  21 set (MEDFILE_ROOT_DIR     OFF CACHE STRING "MED library path" )
  22 set (MEDCOUPLING_ROOT_DIR OFF CACHE STRING "MEDCoupling library path" )
  23 set (PYTHON_ROOT_DIR      OFF CACHE STRING "Python library path" )
  24
  25 #url of tarball librairies
  26 set (DOWNLOAD_PETSC         http://ftp.mcs.anl.gov/pub/petsc/release-snapshots/petsc-lite-3.14.0.tar.gz
  27      CACHE STRING           "PETSc tarball path/url" )
  28 set (DOWNLOAD_SLEPC         https://slepc.upv.es/download/distrib/slepc-3.14.0.tar.gz
  29      CACHE STRING           "SLEPC tarball path/url" )
  30 set (DOWNLOAD_F2CBLASLAPACK https://www.mcs.anl.gov/petsc/mirror/externalpackages/f2cblaslapack-3.4.2.q4.tar.gz
  31      CACHE STRING           "F2CBLASLAPACK tarball path/url" )
  32 set (DOWNLOAD_HDF5          https://support.hdfgroup.org/ftp/HDF5/releases/hdf5-1.10/hdf5-1.10.3/src/hdf5-1.10.3.tar.gz
  33      CACHE STRING           "HDF5 tarball path/url" )
  34 set (DOWNLOAD_MED           http://files.salome-platform.org/Salome/other/med-4.1.0.tar.gz
  35      CACHE STRING           "MED tarball path/url")
  36 set (DOWNLOAD_MEDCOUPLING   http://files.salome-platform.org/Salome/other/medCoupling-9.4.0.tar.gz
  37      CACHE STRING           "MEDCoupling tarball path/url" )
  38
  39 set (CMAKE_BUILD_TYPE Release CACHE STRING "Installation mode")
  40
  41 list (APPEND CMAKE_MODULE_PATH "${SOLVERLAB_SOURCE_DIR}/cmake_files")
  42
  43 include(ExternalProject)#For PETSc, MED and MEDCoupling
  44
  45 ######################################################
  46 # Detection or compilation of PETSc+SLEPc+HDF5       #
  47 ######################################################
  48   if ( DEFINED ENV{PETSC_DIR} OR PETSC_DIR)
  49     if   (NOT PETSC_DIR)
  50       set(PETSC_DIR $ENV{PETSC_DIR})
  51       message ( STATUS "Checking variable PETSC_DIR : " $ENV{PETSC_DIR} )
  52     else (NOT PETSC_DIR)
  53       message ( STATUS "Checking variable PETSC_DIR : " ${PETSC_DIR} )
  54     endif(NOT PETSC_DIR)
  55
  56     find_package (PETSc 3.4 REQUIRED)
  57     petsc_get_version ()
  58
  59     message ( STATUS "PETSc found. Version is ${PETSC_VERSION_MAJOR}.${PETSC_VERSION_MINOR}.${PETSC_VERSION_SUBMINOR}" )
  60     set(PETSC_INSTALL ${PETSC_DIR})
  61
  62     #Define and search slepc variables
  63     if   ( NOT SLEPC_DIR )
  64       if   ( DEFINED ENV{SLEPC_DIR} )
  65         set(SLEPC_DIR $ENV{SLEPC_DIR})
  66       else ( DEFINED ENV{SLEPC_DIR} )
  67         set(SLEPC_DIR ${PETSC_DIR}/${PETSC_ARCH})
  68       endif( DEFINED ENV{SLEPC_DIR} )
  69     endif( NOT SLEPC_DIR)
  70
  71     message ( STATUS "Checking variable SLEPC_DIR" )
  72     if ( IS_DIRECTORY ${SLEPC_DIR}/include AND EXISTS ${SLEPC_DIR}/lib/libslepc.so)
  73       set(SLEPC_INCLUDES  ${SLEPC_DIR}/include)
  74       set(SLEPC_LIBRARIES ${SLEPC_DIR}/lib/libslepc.so)
  75       message( STATUS "SLEPc found at ${SLEPC_DIR}" )
  76     else()
  77       message( FATAL_ERROR "SLEPc not found at ${SLEPC_DIR}" )
  78     endif()
  79
  80     #define hdf5 variables
  81     if   ( NOT HDF5_ROOT )#hdf5 is not defined in cmake arguments
  82       if  ( DEFINED ENV{HDF5_ROOT} )#hdf5 is defined in the environment
  83         set(HDF5_ROOT $ENV{HDF5_ROOT})
  84       else( DEFINED ENV{HDF5_ROOT} )#hdf5 is not defined in the environment
  85         #HDF5 to be found in petsc external packages
  86         set(HDF5_ROOT ${PETSC_DIR}/${PETSC_ARCH})# define hint for hdf5/med installation in petsc external packages
  87       endif( DEFINED ENV{HDF5_ROOT} )
  88     endif( NOT HDF5_ROOT )
  89     set(HDF5_LIBRARY_DIR  ${HDF5_ROOT}/lib)
  90     set(HDF5_INCLUDE_DIRS ${HDF5_ROOT}/include)
  91   else ( DEFINED ENV{PETSC_DIR} OR PETSC_DIR )
  92     message ( STATUS "PETSC_DIR not set, searching PETSc and SLEPc in the system" )
  93
  94     if ( IS_DIRECTORY "/usr/include/petsc/" AND EXISTS "/usr/lib64/libpetsc.so" )  #Case fedora/redhat system install
  95       message ( STATUS "PETSC includes found in /usr/include/petsc/" )
  96       message ( STATUS "PETSC library  found in /usr/lib64" )
  97       set(PETSC_DIR /usr/)
  98       set(PETSC_INCLUDES  /usr/include/petsc /usr/include/petsc/petsc/mpiuni)
  99       set(PETSC_LIBRARIES /usr/lib64/libpetsc.so)
 100
 101       set(PETSC_VERSION "3.8") #3.8 for fedora 26 , 3.9 for fedora 29 , 3.10 for fedora 30, , 3.12 for fedora 32
 102
 103       set(CPACK_RPM_PACKAGE_REQUIRES   "${CPACK_RPM_PACKAGE_REQUIRES}, petsc-devel (>= 3.4)") # This is not fully working yet.
 104       set(PETSC_INSTALL ${PETSC_DIR})
 105
 106       #Define and search slepc variables
 107       if   ( IS_DIRECTORY "/usr/include/slepc/" AND EXISTS "/usr/lib64/libslepc.so" )
 108         message( STATUS "SLEPc includes found in /usr/include/slepc/" )
 109         message( STATUS "SLEPc library  found in /usr/lib64/slepc/" )
 110         set(SLEPC_DIR /usr/)
 111         set(SLEPC_INCLUDES  ${SLEPC_DIR}/include)
 112         set(SLEPC_LIBRARIES ${SLEPC_DIR}/lib/libslepc.so)
 113         set (CPACK_RPM_PACKAGE_REQUIRES   "${CPACK_RPM_PACKAGE_REQUIRES}, slepc-devel (>= 3.4)") # This is not fully working yet.
 114       else ( IS_DIRECTORY "/usr/include/slepc/" AND EXISTS "/usr/lib64/libslepc.so" )
 115         message( FATAL_ERROR "SLEPc not found in the system" )
 116       endif( IS_DIRECTORY "/usr/include/slepc/" AND EXISTS "/usr/lib64/libslepc.so" )
 117
 118       #HDF5 to be found in the system
 119       if   ( NOT HDF5_ROOT AND NOT DEFINED ENV{HDF5_ROOT} )#hdf5 is not defined in the environment
 120         find_package(HDF5 REQUIRED)
 121         set(CPACK_DEBIAN_PACKAGE_DEPENDS "libhdf5-dev")
 122         set(CPACK_RPM_PACKAGE_REQUIRES   "hdf5-devel")
 123       endif( NOT HDF5_ROOT AND NOT DEFINED ENV{HDF5_ROOT} )
 124
 125     #elseif ( IS_DIRECTORY "/usr/lib/petsc/include" AND EXISTS "/usr/lib/petsc/lib/libpetsc_real.so" ) #Case ubuntu/debian system install
 126     #  message ( STATUS "PETSc includes found in /usr/lib/petsc/include")
 127     #  message ( STATUS "PETSc library  found in /usr/lib/petsc/lib/libpetsc_real.so")
 128     #  set(PETSC_DIR /usr/lib/petsc/)
 129     #  set(PETSC_INCLUDES  ${PETSC_DIR}/include ${PETSC_DIR}/include/petsc/mpiuni)
 130     #  set(PETSC_LIBRARIES ${PETSC_DIR}/lib/libpetsc_real.so)
 131
 132     #  find_package (PETSc 3.4 REQUIRED)
 133     #  petsc_get_version ()
 134     #  set (CPACK_DEBIAN_PACKAGE_DEPENDS "${CPACK_DEBIAN_PACKAGE_DEPENDS}, petsc-dev   (>= 3.4)") # This is not fully working yet.
 135
 136     #  Define and search slepc variables
 137     #  if   ( IS_DIRECTORY "/usr/lib/slepc/include" AND EXISTS "/usr/lib/slepc/lib/libslepc_real.so" )
 138     #    message( STATUS "SLEPc includes found in /usr/lib/slepc/include" )
 139     #    message( STATUS "SLEPc library  found in /usr/lib/slepc/lib/libslepc_real.so" )
 140     #    set(SLEPC_DIR /usr/lib/slepc/)
 141     #    set(SLEPC_INCLUDES ${SLEPC_DIR}/include)
 142     #    set(SLEPC_LIBRARIES ${SLEPC_DIR}/lib/libslepc_real.so)
 143     #    set (CPACK_DEBIAN_PACKAGE_REQUIRES   "${CPACK_DEBIAN_PACKAGE_REQUIRES}, slepc-devel (>= 3.4)") # This is not fully working yet.
 144     #  else ( IS_DIRECTORY "/usr/lib/slepc/include" AND EXISTS "/usr/lib/slepc/lib/libslepc_real.so" )
 145     #    message( FATAL_ERROR "SLEPc not found in the system" )
 146     #  endif( IS_DIRECTORY "/usr/lib/slepc/include" AND EXISTS "/usr/lib/slepc/lib/libslepc_real.so" )
 147
 148     #elseif ( IS_DIRECTORY "/usr/local/lib/python2.7/dist-packages/petsc") #Case ubuntu/debian system pip install
 149
 150     else ( IS_DIRECTORY "/usr/include/petsc/" AND EXISTS "/usr/lib64/libpetsc.so" )  # No petsc in system, do compile petsc along with slepc as an external package
 151       message (STATUS "PETSC not found in the system")
 152       message (STATUS "PETSC will be downloaded and compiled from ${DOWNLOAD_PETSC}" )
 153       message (STATUS "SLEPC will be downloaded and compiled from ${DOWNLOAD_SLEPC}" )
 154       message (STATUS "HDF5  will be downloaded and compiled from ${DOWNLOAD_HDF5}" )
 155
 156       #extract tarball name
 157       string(LENGTH "${DOWNLOAD_PETSC}" tarball_url_length)#length of the tarball
 158       string(FIND   "${DOWNLOAD_PETSC}" "/" start_tarball_name REVERSE )# last occurence of "/"
 159       MATH(EXPR start_tarball_name  "${start_tarball_name}+1")#start after the occurence of "/"
 160       MATH(EXPR tarball_name_length "${tarball_url_length}-${start_tarball_name}-7")#name ends before .tar.gz that counts for 7 characters
 161       string(SUBSTRING ${DOWNLOAD_PETSC} ${start_tarball_name} ${tarball_name_length} PETSC_TARBALL_NAME)
 162
 163       set(PETSC_DIR ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/pre_requis/${PETSC_TARBALL_NAME}) # Location of the final install
 164       set(PETSC_ARCH arch-linux-c-opt)
 165       set(PETSC_INSTALL ${CMAKE_INSTALL_PREFIX}/share/petsc)#folder to copy petsc libraries and include files
 166
 167       ExternalProject_Add (PETSc
 168       URL               ${DOWNLOAD_PETSC}
 169       SOURCE_DIR        ${PETSC_DIR}
 170       BUILD_IN_SOURCE   TRUE
 171       CONFIGURE_COMMAND <SOURCE_DIR>/configure --prefix=${PETSC_INSTALL} --with-debugging=0 --with-mpi=0 --download-f2cblaslapack=${DOWNLOAD_F2CBLASLAPACK} --with-fc=0 --download-slepc=${DOWNLOAD_SLEPC} --download-hdf5=${DOWNLOAD_HDF5}
 172       BUILD_COMMAND     make all
 173       TEST_COMMAND      make check
 174       INSTALL_COMMAND   make install
 175       INSTALL_DIR       ${PETSC_DIR}
 176       STAMP_DIR         ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/pre_requis
 177       LOG_DOWNLOAD      TRUE           # Wrap download in script to log output
 178       LOG_UPDATE        TRUE           # Wrap update in script to log output
 179       LOG_CONFIGURE     TRUE           # Wrap configure in script to log output
 180       LOG_BUILD         TRUE           # Wrap build in script to log output
 181       LOG_TEST          TRUE           # Wrap test in script to log output
 182       LOG_INSTALL       TRUE           # Wrap install in script to log output
 183        )
 184
 185       message( STATUS "PETSc, SLEPc and HDF5 will be installed at ${PETSC_INSTALL}")
 186
 187       string(LENGTH "${PETSC_TARBALL_NAME}" tarball_name_length)#length of the tarball
 188       string(FIND   "${PETSC_TARBALL_NAME}" "-" start_version_name REVERSE )# last occurence of "-"
 189       MATH(EXPR start_version_name  "${start_version_name}+1")#start after the occurence of "/"
 190       string(SUBSTRING ${PETSC_TARBALL_NAME} ${start_version_name} ${tarball_name_length} PETSC_VERSION)
 191       message( STATUS "PETSc version ${PETSC_VERSION}  will be installed" )
 192
 193       set(PETSC_INCLUDES  ${PETSC_DIR}/${PETSC_ARCH}/include ${PETSC_DIR}/include)
 194       set(PETSC_LIBRARIES ${PETSC_DIR}/${PETSC_ARCH}/lib/libpetsc.so)
 195
 196       #define slepc variables
 197       set(SLEPC_DIR ${PETSC_INSTALL})
 198       set(SLEPC_INCLUDES ${SLEPC_DIR}/include  ${PETSC_DIR}/${PETSC_ARCH}/externalpackages/slepc-3.13.4/include ${PETSC_DIR}/${PETSC_ARCH}/externalpackages/slepc-3.13.4/installed-arch-linux2-c-opt/include)
 199       set(SLEPC_LIBRARIES ${PETSC_DIR}/${PETSC_ARCH}/externalpackages/slepc-3.13.4/installed-arch-linux2-c-opt/lib/libslepc.so)
 200       message( STATUS "SLEPc includes ${SLEPC_INCLUDES}")
 201
 202       #define hdf5 variables
 203       if   ( NOT HDF5_ROOT )#hdf5 is not defined in cmake arguments
 204         if  ( DEFINED ENV{HDF5_ROOT} )#hdf5 is defined in the environment
 205           set(HDF5_ROOT $ENV{HDF5_ROOT})
 206         else( DEFINED ENV{HDF5_ROOT} )#hdf5 is not defined in the environment
 207           set(HDF5_ROOT ${PETSC_INSTALL})#HDF5 to be found in petsc installation
 208         endif( DEFINED ENV{HDF5_ROOT} )
 209       endif( NOT HDF5_ROOT )
 210       set(HDF5_LIBRARY_DIR ${HDF5_ROOT}/lib)
 211       set(HDF5_INCLUDE_DIRS ${HDF5_ROOT}/include)
 212
 213     endif ( IS_DIRECTORY "/usr/include/petsc/" AND EXISTS "/usr/lib64/libpetsc.so" )
 214   endif ( DEFINED ENV{PETSC_DIR} OR PETSC_DIR )
 215
 216   if   ( ${PETSC_VERSION} VERSION_GREATER 3.5 )
 217     add_definitions(-DPETSC_VERSION_GREATER_3_5)
 218   endif( ${PETSC_VERSION} VERSION_GREATER 3.5 )
 219
 220 string(REPLACE ";" ":"  PETSC_INCLUDES_INSTALL "${PETSC_INCLUDES}")# use colon instead of semicolon in environment file env_SOLVERLAB.sh
 221
 222 add_library(petsc   SHARED IMPORTED)
 223 set_property(TARGET petsc  PROPERTY IMPORTED_LOCATION ${PETSC_LIBRARIES})
 224 add_library(slepc   SHARED IMPORTED)
 225 set_property(TARGET slepc  PROPERTY IMPORTED_LOCATION ${SLEPC_LIBRARIES})
 226
 227 ######################################################
 228 # Detection or compilation of MEDFile                #
 229 ######################################################
 230 if( MEDFILE_ROOT_DIR OR DEFINED ENV{MEDFILE_ROOT_DIR})
 231
 232   if   ( NOT MEDFILE_ROOT_DIR )
 233     set(MEDFILE_ROOT_DIR $ENV{MEDFILE_ROOT_DIR} )
 234   endif( NOT MEDFILE_ROOT_DIR )
 235
 236   find_package (MEDFile REQUIRED)
 237   message (STATUS "MEDFile found in ${MEDFILE_ROOT_DIR}")
 238
 239 else( MEDFILE_ROOT_DIR OR DEFINED ENV{MEDFILE_ROOT_DIR})
 240
 241   message(STATUS "MED will be downloaded and installed from ${DOWNLOAD_MED}")
 242   set(MACHINE PCLINUX)
 243   set(MEDFILE_DEFINITIONS "-D${MACHINE} -DMEDFILE_INSTALL_DOC=OFF")#Comment ne pas compiler la doc ?
 244   set(MEDFILE_ROOT_DIR ${CMAKE_INSTALL_PREFIX}/share/med) # Location of the final install
 245
 246   #extraction of the tarball archive name
 247   string(LENGTH "${DOWNLOAD_MED}" tarball_url_length)#length of the name of the tarball
 248   string(FIND "${DOWNLOAD_MED}" "/" start_tarball_name REVERSE )# last occurence of "/"
 249   MATH(EXPR start_tarball_name "${start_tarball_name}+1")#start after the occurence of "/"
 250   MATH(EXPR tarball_name_length "${tarball_url_length}-${start_tarball_name}-7")#name ends before .tar.gz that counts for 7 characters
 251   string(SUBSTRING ${DOWNLOAD_MED} ${start_tarball_name} ${tarball_name_length} MED_TARBALL_NAME)
 252
 253   ExternalProject_Add (MED
 254         URL               ${DOWNLOAD_MED}  #location of med tarball
 255         SOURCE_DIR        ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/pre_requis/${MED_TARBALL_NAME}
 256         BUILD_IN_SOURCE   TRUE
 257         CONFIGURE_COMMAND <SOURCE_DIR>/configure --prefix=${MEDFILE_ROOT_DIR}  --with-hdf5=${HDF5_ROOT} --with-hdf5-include=${HDF5_ROOT}/include --with-hdf5-lib=${HDF5_LIBRARY_DIR} --with-hdf5-bin=${HDF5_ROOT}/bin  --with-swig=yes
 258         BUILD_COMMAND     make
 259         INSTALL_COMMAND   make install
 260         INSTALL_DIR       ${MEDFILE_ROOT_DIR}
 261         STAMP_DIR         ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/pre_requis
 262         LOG_DOWNLOAD      TRUE           # Wrap download in script to log output
 263         LOG_UPDATE        TRUE           # Wrap update in script to log output
 264         LOG_CONFIGURE     TRUE           # Wrap configure in script to log output
 265         LOG_BUILD         TRUE           # Wrap build in script to log output
 266         LOG_TEST          TRUE           # Wrap test in script to log output
 267         LOG_INSTALL       TRUE           # Wrap install in script to log output
 268   )
 269
 270   set(MEDFILE_INCLUDE_DIRS ${MEDFILE_ROOT_DIR}/include)# Nécessaire pour le medloader et les sous-dossiers mesh, et IJKMesh
 271   set(MEDFILE_LIBRARIES    ${MEDFILE_ROOT_DIR}/lib)# Nécessaire pour le env_SOLVERLAB.sh
 272   set(MEDFILE_C_LIBRARIES med medC)# Nécessaire pour le medloader
 273
 274 endif( MEDFILE_ROOT_DIR OR DEFINED ENV{MEDFILE_ROOT_DIR})
 275
 276 add_library(med   SHARED IMPORTED)
 277 set_property(TARGET med  PROPERTY IMPORTED_LOCATION ${MEDFILE_ROOT_DIR}/lib/libmed.so)
 278 add_library(medC   SHARED IMPORTED)
 279 set_property(TARGET medC PROPERTY IMPORTED_LOCATION ${MEDFILE_ROOT_DIR}/lib/libmedC.so)
 280
 281 string(REPLACE ";" ":"  MEDFILE_LIBRARIES_INSTALL "${MEDFILE_LIBRARIES}")# use colon instead of semicolon in environment file env_SOLVERLAB.sh
 282
 283 ######################################################
 284 # Detection or compilation of MEDCoupling            #
 285 ######################################################
 286 if( MEDCOUPLING_ROOT_DIR OR DEFINED ENV{MEDCOUPLING_ROOT_DIR})
 287
 288   if( NOT MEDCOUPLING_ROOT_DIR )
 289     set(MEDCOUPLING_ROOT_DIR $ENV{MEDCOUPLING_ROOT_DIR} )
 290   endif( NOT MEDCOUPLING_ROOT_DIR )
 291
 292   message (STATUS "Seeking MEDCoupling library in ${MEDCOUPLING_ROOT_DIR}")
 293
 294   if( NOT EXISTS ${MEDCOUPLING_ROOT_DIR}/lib/libmedloader.so OR NOT EXISTS ${MEDCOUPLING_ROOT_DIR}/lib/libmedcoupling.so OR NOT EXISTS ${MEDCOUPLING_ROOT_DIR}/include/MEDCoupling.hxx)
 295     message (FATAL_ERROR "MEDCoupling library not found in ${MEDCOUPLING_ROOT_DIR}")
 296   else( NOT EXISTS ${MEDCOUPLING_ROOT_DIR}/lib/libmedloader.so OR NOT EXISTS ${MEDCOUPLING_ROOT_DIR}/lib/libmedcoupling.so OR NOT EXISTS ${MEDCOUPLING_ROOT_DIR}/include/MEDCoupling.hxx)
 297     message (STATUS "MEDCoupling library found in ${MEDCOUPLING_ROOT_DIR}")
 298   endif( NOT EXISTS ${MEDCOUPLING_ROOT_DIR}/lib/libmedloader.so OR NOT EXISTS ${MEDCOUPLING_ROOT_DIR}/lib/libmedcoupling.so OR NOT EXISTS ${MEDCOUPLING_ROOT_DIR}/include/MEDCoupling.hxx)
 299
 300 else( MEDCOUPLING_ROOT_DIR OR DEFINED ENV{MEDCOUPLING_ROOT_DIR})
 301   message(STATUS "MEDCoupling will be downloaded and installed from ${DOWNLOAD_MEDCOUPLING}")
 302   set(MEDCOUPLING_ROOT_DIR ${CMAKE_INSTALL_PREFIX}/share/medcoupling) # Location of the final install
 303   SET(ENV{HDF5_ROOT} ${HDF5_ROOT})#MEDCoupling install process seems to require an environment variable
 304
 305   #extraction of the tarball archive name
 306   string(LENGTH "${DOWNLOAD_MEDCOUPLING}" tarball_url_length)#length of the tarball
 307   string(FIND   "${DOWNLOAD_MEDCOUPLING}" "/" start_tarball_name REVERSE )# last occurence of "/"
 308   MATH(EXPR start_tarball_name "${start_tarball_name}+1")#start after the occurence of "/"
 309   MATH(EXPR tarball_name_length "${tarball_url_length}-${start_tarball_name}-7")#name ends before .tar.gz that counts for 7 characters
 310   string(SUBSTRING ${DOWNLOAD_MEDCOUPLING} ${start_tarball_name} ${tarball_name_length} MEDCOUPLING_TARBALL_NAME)
 311   string(SUBSTRING ${MEDCOUPLING_TARBALL_NAME} 12 ${tarball_name_length} MEDCOUPLING_VERSION_NAME)
 312
 313   message(STATUS "MEDCoupling version is ${MEDCOUPLING_VERSION_NAME}")
 314
 315   ExternalProject_Add (MEDCoupling
 316         URL               ${DOWNLOAD_MEDCOUPLING}  #location of medcoupling tarball
 317         SOURCE_DIR        ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/pre_requis/${MEDCOUPLING_TARBALL_NAME}
 318 #        BUILD_IN_SOURCE   FALSE
 319         CONFIGURE_COMMAND cmake <SOURCE_DIR>/${MEDCOUPLING_TARBALL_NAME} -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=${MEDCOUPLING_ROOT_DIR} -DCONFIGURATION_ROOT_DIR=<SOURCE_DIR>/configuration-${MEDCOUPLING_VERSION_NAME} -DMEDFILE_ROOT_DIR=${MEDFILE_ROOT_DIR} -DMEDCOUPLING_ENABLE_PARTITIONER=OFF -DMEDCOUPLING_PARTITIONER_METIS=OFF -DMEDCOUPLING_PARTITIONER_SCOTCH=OFF -DMEDCOUPLING_ENABLE_RENUMBER=OFF -DMEDCOUPLING_BUILD_DOC=OFF -DHDF5_ROOT_DIR=${HDF5_ROOT}
 320         BUILD_COMMAND     make
 321         INSTALL_COMMAND   make install
 322         INSTALL_DIR       ${MEDCOUPLING_ROOT_DIR}
 323         STAMP_DIR         ${CMAKE_CURRENT_BINARY_DIR}/pre_requis
 324         LOG_DOWNLOAD      TRUE           # Wrap download in script to log output
 325         LOG_UPDATE        TRUE           # Wrap update in script to log output
 326         LOG_CONFIGURE     TRUE           # Wrap configure in script to log output
 327         LOG_BUILD         TRUE           # Wrap build in script to log output
 328         LOG_TEST          TRUE           # Wrap test in script to log output
 329         LOG_INSTALL       TRUE           # Wrap install in script to log output
 330   )
 331
 332 endif( MEDCOUPLING_ROOT_DIR OR DEFINED ENV{MEDCOUPLING_ROOT_DIR} )
 333
 334 set(MEDCOUPLING_INCLUDE_DIR ${MEDCOUPLING_ROOT_DIR}/include)
 335 set(MEDCOUPLING_LIBRARIES   ${MEDCOUPLING_ROOT_DIR}/lib    )#for environment file env_SOLVERLAB.sh
 336
 337 add_library(medloader   SHARED IMPORTED )
 338 set_property(TARGET medloader   PROPERTY IMPORTED_LOCATION ${MEDCOUPLING_ROOT_DIR}/lib/libmedloader.so)
 339 add_library(medcoupling SHARED IMPORTED )
 340 set_property(TARGET medcoupling PROPERTY IMPORTED_LOCATION ${MEDCOUPLING_ROOT_DIR}/lib/libmedcoupling.so)
 341
 342 if   (TARGET MED AND TARGET PETSc)
 343   ExternalProject_Add_StepDependencies( MED build PETSc )#PETSc doit être compilé avant MED car c'est PETSc qui compile HDF5
 344 endif(TARGET MED AND TARGET PETSc)
 345
 346 if   (TARGET MED AND TARGET MEDCoupling)
 347   ExternalProject_Add_StepDependencies( MEDCoupling build MED )#MED doit être compilé avant MEDCoupling
 348 endif(TARGET MED AND TARGET MEDCoupling)
 349
 350 if   (TARGET PETSc AND TARGET MEDCoupling)
 351   ExternalProject_Add_StepDependencies( MEDCoupling build PETSc )#PETSc doit être compilé avant MEDCoupling (car il contient hdf5)
 352 endif(TARGET PETSc AND TARGET MEDCoupling)
 353
 354 ####################
 355 # Final operations #
 356 ####################
 357
 358 # Paraview variables to choose python version and for env_SOLVERLAB.sh
 359 if  ( DEFINED PARAVIEW_ROOT_DIR OR DEFINED ENV{PARAVIEW_ROOT_DIR})
 360   if  ( DEFINED PARAVIEW_ROOT_DIR )
 361     set( PARAVIEW_INCLUDE_DIR   ${PARAVIEW_ROOT_DIR}/include)
 362     set( PARAVIEW_LIBRARIES_DIR ${PARAVIEW_ROOT_DIR}/lib)
 363   else( DEFINED PARAVIEW_ROOT_DIR )
 364     set( PARAVIEW_ROOT_DIR      $ENV{PARAVIEW_ROOT_DIR} )
 365     set( PARAVIEW_INCLUDE_DIR   $ENV{PARAVIEW_ROOT_DIR}/include)
 366     set( PARAVIEW_LIBRARIES_DIR $ENV{PARAVIEW_ROOT_DIR}/lib)
 367   endif( DEFINED PARAVIEW_ROOT_DIR )
 368 else( DEFINED PARAVIEW_ROOT_DIR OR DEFINED ENV{PARAVIEW_ROOT_DIR})
 369   message(STATUS "PARAVIEW_ROOT_DIR not set. Trying to detect paraview.")
 370   set( PARAVIEW_INCLUDE_DIR /usr/include/paraview/)
 371   set( PARAVIEW_LIBRARIES_DIR /usr/lib/paraview/:/usr/lib64/paraview/:/usr/lib64/vtk/:/usr/lib/vtk/)
 372 endif( DEFINED PARAVIEW_ROOT_DIR OR DEFINED ENV{PARAVIEW_ROOT_DIR})
 373
 374 if  ( DEFINED PARAVIEW_VERSION OR DEFINED ENV{PARAVIEW_VERSION} )
 375   if   ( NOT DEFINED PARAVIEW_VERSION )
 376     set( PARAVIEW_VERSION  $ENV{PARAVIEW_VERSION})
 377   endif( NOT DEFINED PARAVIEW_VERSION )
 378   message(STATUS "ParaView version is ${PARAVIEW_VERSION}" )
 379 else( DEFINED PARAVIEW_VERSION OR DEFINED ENV{PARAVIEW_VERSION} )
 380   set( PARAVIEW_SUFFIXES paraview-5.0 paraview-5.1 paraview-5.2 paraview-5.3 paraview-5.4 paraview-5.5 paraview-5.6 paraview-5.7 paraview-5.8 paraview-5.9 )
 381   find_file( vtkConfig_file vtkPVConfig.h HINTS ${PARAVIEW_INCLUDE_DIR} PATH_SUFFIXES ${PARAVIEW_SUFFIXES})
 382
 383   #extraction of the paraview version"
 384   IF   ( ${vtkConfig_file} STREQUAL "vtkConfig_file-NOTFOUND" )
 385     message(WARNING "Could not find ParaView configuration file vtkPVConfig.h in folder ${PARAVIEW_INCLUDE_DIR} and subdirectories  ${PARAVIEW_SUFFIXES}. Postprocessing may not work")
 386     set( PARAVIEW_VERSION  "5.0")
 387   ELSE ( ${vtkConfig_file} STREQUAL "vtkConfig_file-NOTFOUND" )
 388     message( STATUS "Found vtkPVConfig.h in ${vtkConfig_file}")
 389     file(STRINGS ${vtkConfig_file} vtkConfig)
 390     FOREACH(line ${vtkConfig})
 391       string(FIND "${line}" "#define PARAVIEW_VERSION_FULL " pos)
 392       IF(NOT ${pos} EQUAL -1)
 393         string(LENGTH ${line} line_length)#length of the tarball
 394         MATH(EXPR start_pv_version "${line_length}-6")#line ends with "x.y.z", that counts for 7 characters
 395         string(SUBSTRING ${line} ${start_pv_version} 5 PARAVIEW_VERSION)
 396         break()
 397       ENDIF(NOT ${pos} EQUAL -1)
 398     ENDFOREACH(line ${vtkConfig})
 399     message(STATUS "ParaView detected, version is ${PARAVIEW_VERSION}" )
 400   ENDIF( ${vtkConfig_file} STREQUAL "vtkConfig_file-NOTFOUND" )
 401 endif( DEFINED PARAVIEW_VERSION OR DEFINED ENV{PARAVIEW_VERSION} )
 402
 403
 404 IF   ( ${PARAVIEW_VERSION} STRGREATER "5.6" OR ${PARAVIEW_VERSION} STREQUAL "5.6" )#Use python 3, use VERSION_GREATER_EQUAL if cmake >=3.7
 405   SET(PYTHON2OR3 "3")
 406   message(STATUS "PARAVIEW_VERSION greater than 5.6. We need python3 for postprocessing scripts.")
 407 ELSE ( ${PARAVIEW_VERSION} STRGREATER "5.6" OR ${PARAVIEW_VERSION} STREQUAL "5.6" )#Use python 2
 408   SET(PYTHON2OR3 "2")
 409   message(STATUS "PARAVIEW_VERSION smaller than 5.6. We need python2 for postprocessing scripts.")
 410 ENDIF( ${PARAVIEW_VERSION} STRGREATER "5.6" OR ${PARAVIEW_VERSION} STREQUAL "5.6" )
 411
 412 # Find python
 413 IF  ( PYTHON_ROOT_DIR OR ENV{PYTHON_ROOT_DIR})
 414   IF  ( PYTHON_ROOT_DIR )
 415     set(Python_ROOT_DIR ${PYTHON_ROOT_DIR} )
 416   ELSE( PYTHON_ROOT_DIR })
 417     set(Python_ROOT_DIR $ENV{PYTHON_ROOT_DIR} )
 418   ENDIF( PYTHON_ROOT_DIR })
 419 ENDIF(PYTHON_ROOT_DIR OR ENV{PYTHON_ROOT_DIR})
 420
 421 IF   (${CMAKE_VERSION} VERSION_GREATER "3.12.0")
 422   find_package(Python ${PYTHON2OR3} REQUIRED COMPONENTS Interpreter Development )
 423   SET(PYTHON_EXECUTABLE ${Python_EXECUTABLE})
 424 ELSE (${CMAKE_VERSION} VERSION_GREATER "3.12.0")
 425   find_package(PythonInterp ${PYTHON2OR3} REQUIRED )
 426   find_package(PythonLibs   ${PYTHON2OR3} REQUIRED )
 427   set(Python_LIBRARIES     ${PYTHON_LIBRARIES})
 428   set(Python_INCLUDE_DIRS  ${PYTHON_INCLUDE_DIRS})
 429   set(Python_VERSION       ${PYTHON_VERSION_STRING})
 430   set(Python_VERSION_MAJOR ${PYTHON_VERSION_MAJOR})
 431   set(Python_VERSION_MINOR ${PYTHON_VERSION_MINOR})
 432 ENDIF(${CMAKE_VERSION} VERSION_GREATER "3.12.0")
 433
 434 IF  ( NOT PYQT5_ROOT_DIR )
 435     set(PYQT5_ROOT_DIR $ENV{PYQT5_ROOT_DIR} )
 436 ENDIF( NOT PYQT5_ROOT_DIR )
 437
 438 #Matplotlib
 439 IF  ( NOT MATPLOTLIB_ROOT_DIR )
 440     set(MATPLOTLIB_ROOT_DIR $ENV{MATPLOTLIB_ROOT_DIR} )
 441 ENDIF(MATPLOTLIB_ROOT_DIR )
 442
 443 IF  ( NOT HDF5_ROOT_DIR )
 444   IF  ( ENV{HDF5_ROOT_DIR} )
 445     set(HDF5_ROOT_DIR $ENV{HDF5_ROOT_DIR} )
 446   ELSE( ENV{HDF5_ROOT_DIR} )
 447     set(HDF5_ROOT_DIR ${HDF5_ROOT} )
 448   ENDIF( ENV{HDF5_ROOT_DIR} )
 449 ENDIF(NOT HDF5_ROOT_DIR )
 450
 451
 452 #Paraview library paths
 453 set (PV_LIB_DIR    /usr/lib/python${Python_VERSION_MAJOR}.${Python_VERSION_MINOR}/dist-packages/paraview/:/usr/lib64/python${Python_VERSION_MAJOR}.${Python_VERSION_MINOR}/site-packages/vtk/:${MATPLOTLIB_ROOT_DIR}/lib/:${PARAVIEW_LIBRARIES_DIR})
 454 set (PV_PYTHON_DIR /usr/lib/python${Python_VERSION_MAJOR}.${Python_VERSION_MINOR}/dist-packages/paraview/:/usr/lib64/python${Python_VERSION_MAJOR}.${Python_VERSION_MINOR}/site-packages/vtk/:/usr/lib64/paraview/site-packages/:/usr/lib64/paraview/site-packages/paraview/:/usr/lib64/paraview/site-packages/vtk/:/usr/lib64/paraview/python${Python_VERSION_MAJOR}.${Python_VERSION_MINOR}/site-packages/:/usr/lib64/paraview/python${Python_VERSION_MAJOR}.${Python_VERSION_MINOR}/site-packages/paraview/:/usr/lib64/paraview/python${Python_VERSION_MAJOR}.${Python_VERSION_MINOR}/site-packages/vtkmodules:/usr/lib/paraview/site-packages/paraview:/usr/lib/paraview/site-packages/paraview/vtk:${PARAVIEW_ROOT_DIR}/lib/:${PARAVIEW_ROOT_DIR}/lib/python${Python_VERSION_MAJOR}.${Python_VERSION_MINOR}/site-packages/:${PARAVIEW_ROOT_DIR}/lib/python${Python_VERSION_MAJOR}.${Python_VERSION_MINOR}/site-packages/vtkmodules/:${MATPLOTLIB_ROOT_DIR}/lib/python${Python_VERSION_MAJOR}.${Python_VERSION_MINOR}/site-packages:${PYQT5_ROOT_DIR}:${PYQT5_ROOT_DIR}/lib/python${Python_VERSION_MAJOR}.${Python_VERSION_MINOR}/site-packages)
 455
 456 message(STATUS "Python version found is ${Python_VERSION}")
 457 find_package (SWIG 3.0 REQUIRED)
 458
 459 if (SOLVERLAB_WITH_DOCUMENTATION)                                                                           #
 460   find_package (Doxygen)                                                                                    #
 461   set (CPACK_DEBIAN_PACKAGE_DEPENDS "${CPACK_DEBIAN_PACKAGE_DEPENDS}, doxygen, graphviz, mscgen")
 462   set (CPACK_RPM_PACKAGE_REQUIRES "${CPACK_RPM_PACKAGE_REQUIRES}, doxygen, graphviz, mscgen")
 463   if   (NOT DOXYGEN_FOUND)
 464     message (FATAL_ERROR "Doxygen is needed to build the documentation. Please install it correctly.")
 465   endif(NOT DOXYGEN_FOUND)
 466 endif()
 467 if (SOLVERLAB_WITH_TESTS)                                                                                  #
 468   enable_testing ()
 469   find_package (CPPUNIT REQUIRED)
 470 endif()
 471 find_package (XDR REQUIRED)
 472
 473 # Enter subdirectories
 474 add_subdirectory (CDMATH)
 475 if(SOLVERLAB_WITH_COREFLOWS)
 476   add_subdirectory (CoreFlows)
 477 endif(SOLVERLAB_WITH_COREFLOWS)
 478
 479 # Configuration file
 480 configure_file(
 481     ${PROJECT_SOURCE_DIR}/env_SOLVERLAB.sh
 482     ${CMAKE_INSTALL_PREFIX}/env_SOLVERLAB.sh
 483     @ONLY
 484 )
 485
 486