CDMATH/tests/ressources/scripts/convert_typ_to_med.py

   1 import MEDLoader as ml\r
   2 import os\r
   3 \r
   4 def read_typ2(fichier, nom_med):\r
   5     with open(fichier, "r") as fic: lines = fic.readlines()\r
   6     nb_som = int(lines[1].strip())\r
   7     nb_cel = int(lines[3 + nb_som].strip())\r
   8 \r
   9     som = [map(float, line.split()) for line in lines[2:2 + nb_som]]\r
  10 \r
  11     # les connectivites ne partent pas de 0...\r
  12     tmp_cel = [map(int, line.split()[1:]) for line in lines[4 + nb_som:]]\r
  13     cel = [[p - 1 for p in c] for c in tmp_cel]\r
  14 \r
  15     mesh = ml.MEDCouplingUMesh("mesh", 2)\r
  16     mesh.allocateCells(len(cel))\r
  17     for p in cel: mesh.insertNextCell(ml.NORM_POLYGON, len(p), p)\r
  18     mesh.finishInsertingCells()\r
  19 \r
  20     pts = []\r
  21     for p in som: pts.extend(p)\r
  22     co = ml.DataArrayDouble(pts, len(pts) / 2, 2)\r
  23     mesh.setCoords(co)\r
  24 \r
  25     mf, d, di, r, ri = mesh.buildDescendingConnectivity()\r
  26     mf.setName("mesh")\r
  27     mm = ml.MEDFileUMesh.New()\r
  28     mm.setMeshAtLevel(0, mesh)\r
  29     mm.setMeshAtLevel(-1, mf)\r
  30 \r
  31     g = []\r
  32     nb_vois = ri.deltaShiftIndex()\r
  33     for i in range(mf.getNumberOfCells()):\r
  34         if nb_vois[i] == 1: g.append(i)\r
  35     grp = ml.DataArrayIdType.New(g)\r
  36     grp.setName("boundary")\r
  37     mm.addGroup(-1, grp)\r
  38 \r
  39     mm.write("{}/mesh.med".format(nom_med), 2)\r
  40 \r
  41 def read_between(infile, patern1, patern2):\r
  42     with open(infile) as fic:\r
  43         copy = False\r
  44         string = ''\r
  45         for line in fic:\r
  46             if any([line.strip().lower().startswith(patern.lower()) for patern in patern1]):\r
  47                 copy = True\r
  48             elif any([line.strip().lower().startswith(patern.lower()) for patern in patern2]):\r
  49                 copy = False\r
  50             elif copy:\r
  51                 string += line\r
  52     return string\r
  53 \r
  54 def connectivity_from_string(string):\r
  55     indicies = map(int, string.split())\r
  56     tab = []\r
  57     off = 0\r
  58     while off < len(indicies):\r
  59         off_old = off + 1\r
  60         off += indicies[off] + 1\r
  61         tab.append(indicies[off_old:off])\r
  62     return tab\r
  63 \r
  64 def read_typ3(fichier, nom_med):\r
  65     with open(fichier, "r") as fic: lines = fic.readlines()\r
  66     nb_som = int(lines[9].strip())\r
  67     nb_cel = int(lines[11].strip())\r
  68     nb_fac = int(lines[13].strip())\r
  69 \r
  70     som = [map(float, line.split()) for line in lines[17:17 + nb_som]]\r
  71 \r
  72     # les connectivites ne partent pas de 0...\r
  73     s = read_between(fichier, ["Volumes->Faces"], ["Volumes->Vertices"])\r
  74     tmp_cel = connectivity_from_string(s)\r
  75     # tmp_cel = [map(int, line.split()[1:]) for line in lines[18 + nb_som:18 + nb_som + nb_cel]]\r
  76     cel = [[p - 1 for p in c] for c in tmp_cel]\r
  77 \r
  78     s = read_between(fichier, ["Faces->Vertices"], ["Faces->Control volumes", "Faces->volumes"])\r
  79     tmp_fac = connectivity_from_string(s)\r
  80     # tmp_fac = [map(int, line.split()[1:]) for line in lines[21 + nb_som + 2 * nb_cel + nb_fac:21 + nb_som + 2 * nb_cel + 2 * nb_fac]]\r
  81     fac = [[p - 1 for p in c] for c in tmp_fac]\r
  82 \r
  83     mesh = ml.MEDCouplingUMesh("mesh", 3)\r
  84     mesh.allocateCells(len(cel))\r
  85 \r
  86     for e in range(len(cel)):\r
  87         con = []\r
  88         for face in cel[e]:\r
  89             con.extend(fac[face])\r
  90             con.append(-1)\r
  91         mesh.insertNextCell(ml.NORM_POLYHED, con[:-1])\r
  92     mesh.finishInsertingCells()\r
  93 \r
  94     pts = []\r
  95     for p in som: pts.extend(p)\r
  96     co = ml.DataArrayDouble(pts, len(pts) / 3, 3)\r
  97     mesh.setCoords(co)\r
  98 \r
  99     mf, d, di, r, ri = mesh.buildDescendingConnectivity()\r
 100     mf.setName("mesh")\r
 101     mm = ml.MEDFileUMesh.New()\r
 102     mm.setMeshAtLevel(0, mesh)\r
 103     mm.setMeshAtLevel(-1, mf)\r
 104 \r
 105     g = []\r
 106     nb_vois = ri.deltaShiftIndex()\r
 107     for i in range(mf.getNumberOfCells()):\r
 108         if nb_vois[i] == 1: g.append(i)\r
 109     grp = ml.DataArrayIdType.New(g)\r
 110     grp.setName("boundary")\r
 111     mm.addGroup(-1, grp)\r
 112 \r
 113     mm.write("{}/mesh.med".format(nom_med), 2)\r
 114 \r
 115 # maillages 3D\r
 116 meshes = (("meshAA-random",      "RandMesh",     ("4", "8", "16", "32")),\r
 117           #("meshBB_well",        "WellMesh_",     ("1", "2", "3", "4", "5", "6", "7")),\r
 118           #("meshB_tetra",        "tet.",          ("00", "0", "1", "2", "3", "4", "5", "6")),\r
 119           ("meshC_voro",         "vmesh_",        ("1", "2", "3", "4", "5")),\r
 120           ("meshD_kershaw",      "dkershaw",      ("08", "16", "32", "64")),\r
 121           ("meshF_dbls",         "dbls_",         ("10", "20", "30", "40")))\r
 122           # ("meshH_locrafgrid",   "locrafgrid_",   ("1", "2", "3", "4", "5")),\r
 123           # ("meshI_checkerboard", "checkerboard_", ("2x2x2", "4x4x4", "8x8x8", "16x16x16", "32x32x32")))\r
 124 for t, m, d in meshes:\r
 125     for n in d:\r
 126         print t, n\r
 127         folder = "{}/jdd_{}".format(t, n)\r
 128         os.system("mkdir -p {}".format(folder))\r
 129         read_typ3("Meshes_3D/{}/{}{}.msh".format(t, m, n), folder)\r