CDMATH/tests/ressources/scripts/convert_gmsh_to_med.py

   1 #!/usr/bin/env python
   2 # -*- coding: UTF8 -*-
   3
   4 import sys
   5
   6 import medcoupling as MC
   7 import MEDLoader as ML
   8
   9 #filename = "locrafgrid_1_new.msh"
  10 #filename = "checkerboard_2x2x2_new.msh"
  11
  12 if len(sys.argv) != 2:
  13   print( "USAGE: convert_gmsh_to_med.py file.msh")
  14   sys.exit(-1)
  15
  16 filename = sys.argv[1]
  17
  18 print( "Converting ", filename)
  19
  20 # type de maille en fonction du nombre de noeuds.
  21 # cf INTERP_KERNEL/CellModel.cxx
  22 d_cell_types = {8: MC.NORM_HEXA8,
  23                 6: MC.NORM_PENTA6}
  24
  25 mesh_dim = 3
  26
  27 read_vertices = False
  28 coords = []
  29
  30 read_cells = False
  31 read_new_cell_connectivity = False
  32
  33 nb_vertices = 0
  34 nb_cells = 0
  35 nb_nodes_in_cell = 0
  36 cell_connectivity = []
  37
  38 mesh = MC.MEDCouplingUMesh.New()
  39 mesh.setMeshDimension(mesh_dim)
  40 mesh.setName("mesh_from_gmsh")
  41
  42 with open(filename, 'rb') as f:
  43   for line in f:
  44     # remove end of line character
  45     line = line[:-1]
  46     infos = line.split()
  47     #print infos
  48     if infos and infos[0] == "Vertices":
  49       nb_vertices = int(infos[1])
  50       read_vertices = True
  51     elif infos and infos[0] == "Volumes->faces":
  52       # stop reading node coords
  53       read_vertices = False
  54       meshCoords = MC.DataArrayDouble.New()
  55       #pdb.set_trace()
  56       meshCoords.setValues(coords, nb_vertices, mesh_dim)
  57       mesh.setCoords(meshCoords)
  58     elif read_vertices:
  59       # read node coords
  60       coords_i = [float(v) for v in infos]
  61       coords += coords_i
  62     elif infos and (infos[0] == "Volumes->Vertices" or infos[0] == "Volumes->Verticess"):
  63       # start reading cells connectivity
  64       nb_cells = int(infos[1])
  65       mesh.allocateCells(nb_cells)
  66       read_cells = True
  67       read_new_cell_connectivity = True
  68     elif infos and (infos[0] == "Faces->Edges" or infos[0] == "Faces->Edgess"):
  69       # stop reading cells connectivity
  70       read_cells = False
  71       read_faces = True
  72       nb_faces = int(infos[1])
  73     elif read_cells:
  74       values = [int(v) for v in infos]
  75       if read_new_cell_connectivity:
  76         #print ""
  77         #print "start new cell connectivity"
  78         nb_nodes_in_cell = int(values[0])
  79         cell_connectivity = values[1:]
  80         #print "nb_nodes_in_cell: ", nb_nodes_in_cell
  81         #print "cell_connectivity: ", cell_connectivity
  82         if len(cell_connectivity) < nb_nodes_in_cell:
  83           read_new_cell_connectivity = False
  84         else:
  85           read_new_cell_connectivity = True
  86       else:
  87           #print "complete the cell connectivity"
  88           cell_connectivity += values
  89           #print "cell_connectivity: ", cell_connectivity
  90           if len(cell_connectivity) == nb_nodes_in_cell:
  91             read_new_cell_connectivity = True
  92           else:
  93             read_new_cell_connectivity = False
  94       if read_new_cell_connectivity and cell_connectivity:
  95         #print "finish cell connectivity"
  96         #print nb_nodes_in_cell, cell_connectivity
  97         # start numbering at 0
  98         cell_connectivity = [v-1 for v in cell_connectivity]
  99         mesh.insertNextCell(d_cell_types[nb_nodes_in_cell], nb_nodes_in_cell, cell_connectivity)
 100         nb_nodes_in_cell = 0
 101         cell_connectivity = []
 102
 103 # Merge les noeuds confondus (à faire avant le conformize2D)
 104 arr, areNodesMerged, newNbOfNodes = mesh.mergeNodes(1e-10)
 105
 106 # Crée des polyèdres pour rendre conforme les mailles
 107 mesh.convertAllToPoly()
 108 mesh.conformize3D(1e-10)
 109 mesh.unPolyze()
 110
 111 # Crée les éléments 1D pour pouvoir imposer les conditions aux limites
 112 mesh_2d = mesh.computeSkin()
 113
 114 # Identifie les faces de chaque côté pour créer les groupes
 115 tol = 1e-10
 116
 117 barycenters = mesh_2d.computeIsoBarycenterOfNodesPerCell()
 118 ids_left = []
 119 ids_right = []
 120 ids_bottom = []
 121 ids_top = []
 122 ids_front = []
 123 ids_back = []
 124 for i, coord in enumerate(barycenters):
 125   x, y, z = coord
 126   if abs(x) < tol:
 127     ids_left.append(i)
 128   elif abs(x-1) < tol:
 129     ids_right.append(i)
 130   elif abs(y) < tol:
 131     ids_bottom.append(i)
 132   elif abs(y-1) < tol:
 133     ids_top.append(i)
 134   elif abs(z) < tol:
 135     ids_back.append(i)
 136   elif abs(z-1) < tol:
 137     ids_front.append(i)
 138
 139 arr_left = MC.DataArrayIdType(ids_left)
 140 arr_right = MC.DataArrayIdType(ids_right)
 141 arr_bottom = MC.DataArrayIdType(ids_bottom)
 142 arr_top = MC.DataArrayIdType(ids_top)
 143 arr_back = MC.DataArrayIdType(ids_back)
 144 arr_front = MC.DataArrayIdType(ids_front)
 145
 146 arr_left.setName("Left")
 147 arr_right.setName("Right")
 148 arr_bottom.setName("Bottom")
 149 arr_top.setName("Top")
 150 arr_back.setName("Back")
 151 arr_front.setName("Front")
 152
 153 # Trie les cellules par type conformément à la convention MED fichier
 154 o2n = mesh.sortCellsInMEDFileFrmt()
 155 o2n = mesh_2d.sortCellsInMEDFileFrmt()
 156 meshMEDFile = ML.MEDFileUMesh.New()
 157 # Ecrit le maillage 3D
 158 meshMEDFile.setMeshAtLevel(0,mesh)
 159 # Ecrit le maillage 2D
 160 meshMEDFile.setMeshAtLevel(-1,mesh_2d)
 161 # Ecrit les groupes
 162 meshMEDFile.addGroup(-1, arr_left)
 163 meshMEDFile.addGroup(-1, arr_right)
 164 meshMEDFile.addGroup(-1, arr_bottom)
 165 meshMEDFile.addGroup(-1, arr_top)
 166 meshMEDFile.addGroup(-1, arr_back)
 167 meshMEDFile.addGroup(-1, arr_front)
 168 med_filename = filename.replace(".msh", ".med")
 169 meshMEDFile.write(med_filename,2) # 2 stands for write from scratch
 170
 171 print( "...done")