CDMATH/tests/ressources/ConversionScripts/convert_msh_to_med.py

   1 #!/usr/bin/env python
   2 # -*- coding: UTF8 -*-
   3
   4 import sys
   5
   6 import medcoupling as MC
   7 import MEDLoader as ML
   8
   9 if len(sys.argv) != 2:
  10   print( "USAGE: convert_gmsh_to_med.py file.msh")
  11   sys.exit(-1)
  12
  13 filename = sys.argv[1]
  14
  15 print( "Converting ", filename)
  16
  17 # type de maille en fonction du nombre de noeuds.
  18 # cf INTERP_KERNEL/CellModel.cxx
  19 d_cell_types = {8: MC.NORM_HEXA8,
  20                 4: MC.NORM_TETRA4,
  21                 6: MC.NORM_PENTA6}
  22
  23 mesh_dim = 3
  24
  25 read_vertices = False
  26 coords = []
  27
  28 read_cells = False
  29 read_new_cell_connectivity = False
  30
  31 nb_vertices = 0
  32 nb_cells = 0
  33 nb_nodes_in_cell = 0
  34 cell_connectivity = []
  35
  36 mesh = MC.MEDCouplingUMesh.New()
  37 mesh.setMeshDimension(mesh_dim)
  38 mesh.setName("mesh_from_msh")
  39
  40 with open(filename, 'r', encoding="iso-8859-1") as f:
  41   for line in f:
  42     # remove end of line character
  43     line = line[:-1]
  44     infos = line.split()
  45     #print(infos)
  46     if infos and infos[0] == "Vertices":
  47       nb_vertices = int(infos[1])
  48       read_vertices = True
  49     elif infos and (infos[0] == "Volumes->faces" or infos[0] == "Volumes->Faces"):
  50       # stop reading node coords
  51       read_vertices = False
  52       meshCoords = MC.DataArrayDouble.New()
  53       #pdb.set_trace()
  54       meshCoords.setValues(coords, nb_vertices, mesh_dim)
  55       mesh.setCoords(meshCoords)
  56     elif read_vertices:
  57       # read node coords
  58       coords_i = [float(v) for v in infos]
  59       coords += coords_i
  60     elif infos and (infos[0] == "Volumes->Vertices" or infos[0] == "Volumes->Verticess"):
  61       # start reading cells connectivity
  62       nb_cells = int(infos[1])
  63       mesh.allocateCells(nb_cells)
  64       read_cells = True
  65       read_new_cell_connectivity = True
  66     elif infos and (infos[0] == "Faces->Edges" or infos[0] == "Faces->Edgess"):
  67       # stop reading cells connectivity
  68       read_cells = False
  69       read_faces = True
  70       nb_faces = int(infos[1])
  71     elif read_cells:
  72       values = [int(v) for v in infos]
  73       if read_new_cell_connectivity:
  74         #print ""
  75         #print "start new cell connectivity"
  76         nb_nodes_in_cell = int(values[0])
  77         cell_connectivity = values[1:]
  78         #print "nb_nodes_in_cell: ", nb_nodes_in_cell
  79         #print "cell_connectivity: ", cell_connectivity
  80         if len(cell_connectivity) < nb_nodes_in_cell:
  81           read_new_cell_connectivity = False
  82         else:
  83           read_new_cell_connectivity = True
  84       else:
  85           #print "complete the cell connectivity"
  86           cell_connectivity += values
  87           #print "cell_connectivity: ", cell_connectivity
  88           if len(cell_connectivity) == nb_nodes_in_cell:
  89             read_new_cell_connectivity = True
  90           else:
  91             read_new_cell_connectivity = False
  92       if read_new_cell_connectivity and cell_connectivity:
  93         #print "finish cell connectivity"
  94         #print nb_nodes_in_cell, cell_connectivity
  95         # start numbering at 0
  96         cell_connectivity = [v-1 for v in cell_connectivity]
  97         mesh.insertNextCell(d_cell_types[nb_nodes_in_cell], nb_nodes_in_cell, cell_connectivity)
  98         nb_nodes_in_cell = 0
  99         cell_connectivity = []
 100
 101 # Merge les noeuds confondus (à faire avant le conformize2D)
 102 arr, areNodesMerged, newNbOfNodes = mesh.mergeNodes(1e-10)
 103
 104 # Crée des polyèdres pour rendre conforme les mailles
 105 mesh.convertAllToPoly()
 106 mesh.conformize3D(1e-10)
 107 mesh.unPolyze()
 108
 109 # Crée les éléments 1D pour pouvoir imposer les conditions aux limites
 110 mesh_2d = mesh.computeSkin()
 111
 112 # Identifie les faces de chaque côté pour créer les groupes
 113 tol = 1e-10
 114
 115 barycenters = mesh_2d.computeIsoBarycenterOfNodesPerCell()
 116 ids_left = []
 117 ids_right = []
 118 ids_bottom = []
 119 ids_top = []
 120 ids_front = []
 121 ids_back = []
 122 for i, coord in enumerate(barycenters):
 123   x, y, z = coord
 124   if abs(x) < tol:
 125     ids_left.append(i)
 126   elif abs(x-1) < tol:
 127     ids_right.append(i)
 128   elif abs(y) < tol:
 129     ids_bottom.append(i)
 130   elif abs(y-1) < tol:
 131     ids_top.append(i)
 132   elif abs(z) < tol:
 133     ids_back.append(i)
 134   elif abs(z-1) < tol:
 135     ids_front.append(i)
 136
 137 arr_left = MC.DataArrayInt64(ids_left)
 138 arr_right = MC.DataArrayInt64(ids_right)
 139 arr_bottom = MC.DataArrayInt64(ids_bottom)
 140 arr_top = MC.DataArrayInt64(ids_top)
 141 arr_back = MC.DataArrayInt64(ids_back)
 142 arr_front = MC.DataArrayInt64(ids_front)
 143
 144 arr_left.setName("Left")
 145 arr_right.setName("Right")
 146 arr_bottom.setName("Bottom")
 147 arr_top.setName("Top")
 148 arr_back.setName("Back")
 149 arr_front.setName("Front")
 150
 151 # Trie les cellules par type conformément à la convention MED fichier
 152 o2n = mesh.sortCellsInMEDFileFrmt()
 153 o2n = mesh_2d.sortCellsInMEDFileFrmt()
 154 meshMEDFile = ML.MEDFileUMesh.New()
 155 # Ecrit le maillage 3D
 156 meshMEDFile.setMeshAtLevel(0,mesh)
 157 # Ecrit le maillage 2D
 158 meshMEDFile.setMeshAtLevel(-1,mesh_2d)
 159 # Ecrit les groupes
 160 meshMEDFile.addGroup(-1, arr_left)
 161 meshMEDFile.addGroup(-1, arr_right)
 162 meshMEDFile.addGroup(-1, arr_bottom)
 163 meshMEDFile.addGroup(-1, arr_top)
 164 meshMEDFile.addGroup(-1, arr_back)
 165 meshMEDFile.addGroup(-1, arr_front)
 166 med_filename = filename.replace(".msh", ".med")
 167 meshMEDFile.write(med_filename,2) # 2 stands for write from scratch
 168
 169 print( "...done")