CDMATH/tests/ressources/ConversionScripts/convert_2Dmsh_to_med.py

   1 #!/usr/bin/env python
   2 # -*- coding: UTF8 -*-
   3
   4 import sys
   5
   6 import medcoupling as MC
   7 import MEDLoader as ML
   8
   9 if len(sys.argv) != 2:
  10   print( "USAGE: convert_2Dgmsh_to_med.py file.typ2")
  11   sys.exit(-1)
  12
  13 filename = sys.argv[1]
  14
  15 print( "Converting ", filename)
  16
  17 # type de maille en fonction du nombre de noeuds.
  18 # cf INTERP_KERNEL/CellModel.cxx
  19 d_cell_types = {3: MC.NORM_TRI3,
  20                 4: MC.NORM_QUAD4,
  21                 5: MC.NORM_POLYGON,
  22                 6: MC.NORM_POLYGON}
  23
  24 mesh_dim = 2
  25
  26 read_vertices = False
  27 coords = []
  28
  29 read_cells = False
  30 read_new_cell_connectivity = False
  31
  32
  33 vertex_line_number=False
  34 cell_line_number=False
  35
  36 nb_vertices = 0
  37 nb_cells = 0
  38 nb_nodes_in_cell = 0
  39 cell_connectivity = []
  40
  41 mesh = MC.MEDCouplingUMesh.New()
  42 mesh.setMeshDimension(mesh_dim)
  43 mesh.setName("mesh_from_typ")
  44
  45 with open(filename, 'r', encoding="iso-8859-1") as f:
  46   for line in f:
  47     # remove end of line character
  48     line = line[:-1]
  49     infos = line.split()
  50     #print(infos)
  51     if vertex_line_number:
  52       print("Reading number of vertices")
  53       nb_vertices = int(infos[0])
  54       vertex_line_number = False
  55       read_vertices = True
  56       print("Start reading vertex coordinates")
  57       continue
  58     elif cell_line_number:
  59       print("Reading number of cells")
  60       nb_cells = int(infos[0])
  61       mesh.allocateCells(nb_cells)
  62       cell_line_number = False
  63       read_cells = True
  64       print("Start reading cell connectivity")
  65       continue
  66     elif infos and infos[0] == "Vertices":
  67       vertex_line_number = True
  68     elif infos and ( infos[0] == "cells" or infos[0] == "Control"):
  69       cell_line_number = True
  70       read_vertices = False
  71     elif read_vertices:
  72       # read node coords
  73       coords_i = [float(v) for v in infos]
  74       coords += coords_i
  75     elif read_cells:
  76       values = [int(v) for v in infos]
  77       nb_nodes_in_cell = int(values[0])
  78       cell_connectivity = values[1:]
  79       #print( "nb_nodes_in_cell: ", nb_nodes_in_cell)
  80       #print "cell_connectivity: ", cell_connectivity
  81       # start numbering at 0
  82       cell_connectivity = [v-1 for v in cell_connectivity]
  83       mesh.insertNextCell(d_cell_types[nb_nodes_in_cell], nb_nodes_in_cell, cell_connectivity)
  84       nb_nodes_in_cell = 0
  85       cell_connectivity = []
  86
  87   meshCoords = MC.DataArrayDouble.New()
  88   #pdb.set_trace()
  89   meshCoords.setValues(coords, nb_vertices, mesh_dim)
  90   mesh.setCoords(meshCoords)
  91
  92
  93 # Merge les noeuds confondus (à faire avant le conformize2D)
  94 arr, areNodesMerged, newNbOfNodes = mesh.mergeNodes(1e-10)
  95
  96 # Crée des polyèdres pour rendre conforme les mailles
  97 mesh.convertAllToPoly()
  98 mesh.conformize2D(1e-10)
  99 mesh.unPolyze()
 100
 101 # Crée les éléments 1D pour pouvoir imposer les conditions aux limites
 102 mesh_1d = mesh.computeSkin()
 103
 104 # Identifie les faces de chaque côté pour créer les groupes
 105 tol = 1e-10
 106
 107 barycenters = mesh_1d.computeIsoBarycenterOfNodesPerCell()
 108 ids_left = []
 109 ids_right = []
 110 ids_bottom = []
 111 ids_top = []
 112 for i, coord in enumerate(barycenters):
 113   x, y = coord
 114   if abs(x) < tol:
 115     ids_left.append(i)
 116   elif abs(x-1) < tol:
 117     ids_right.append(i)
 118   elif abs(y) < tol:
 119     ids_bottom.append(i)
 120   elif abs(y-1) < tol:
 121     ids_top.append(i)
 122
 123 arr_left = MC.DataArrayInt64(ids_left)
 124 arr_right = MC.DataArrayInt64(ids_right)
 125 arr_bottom = MC.DataArrayInt64(ids_bottom)
 126 arr_top = MC.DataArrayInt64(ids_top)
 127
 128 arr_left.setName("Left")
 129 arr_right.setName("Right")
 130 arr_bottom.setName("Bottom")
 131 arr_top.setName("Top")
 132
 133 # Trie les cellules par type conformément à la convention MED fichier
 134 o2n = mesh.sortCellsInMEDFileFrmt()
 135 o2n = mesh_1d.sortCellsInMEDFileFrmt()
 136 meshMEDFile = ML.MEDFileUMesh.New()
 137 # Ecrit le maillage 2D
 138 meshMEDFile.setMeshAtLevel(0,mesh)
 139 # Ecrit le maillage 1D
 140 meshMEDFile.setMeshAtLevel(-1,mesh_1d)
 141 # Ecrit les groupes
 142 meshMEDFile.addGroup(-1, arr_left)
 143 meshMEDFile.addGroup(-1, arr_right)
 144 meshMEDFile.addGroup(-1, arr_bottom)
 145 meshMEDFile.addGroup(-1, arr_top)
 146 med_filename = filename.replace(".typ2", ".med")
 147 meshMEDFile.write(med_filename,2) # 2 stands for write from scratch
 148
 149 print( "...done converting ", filename, " to ", med_filename)