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Get error messages from Slurm submission (fix bug PAL #2089)
authorbarate <barate>
Mon, 30 Jan 2012 16:21:43 +0000 (16:21 +0000)
committerbarate <barate>
Mon, 30 Jan 2012 16:21:43 +0000 (16:21 +0000)
src/Core/Batch_Utils.cxx [new file with mode: 0644]
src/Core/Batch_Utils.hxx [new file with mode: 0644]
src/Core/CMakeLists.txt
src/Slurm/Batch_BatchManager_eSlurm.cxx
src/Slurm/Batch_JobInfo_eSlurm.cxx
src/Slurm/Batch_JobInfo_eSlurm.hxx

diff --git a/src/Core/Batch_Utils.cxx b/src/Core/Batch_Utils.cxx
new file mode 100644 (file)
index 0000000..3b706d2
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,64 @@
+//  Copyright (C) 2007-2011  CEA/DEN, EDF R&D, OPEN CASCADE
+//
+//  Copyright (C) 2003-2007  OPEN CASCADE, EADS/CCR, LIP6, CEA/DEN,
+//  CEDRAT, EDF R&D, LEG, PRINCIPIA R&D, BUREAU VERITAS
+//
+//  This library is free software; you can redistribute it and/or
+//  modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
+//  License as published by the Free Software Foundation; either
+//  version 2.1 of the License.
+//
+//  This library is distributed in the hope that it will be useful,
+//  but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
+//  MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
+//  Lesser General Public License for more details.
+//
+//  You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
+//  License along with this library; if not, write to the Free Software
+//  Foundation, Inc., 59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA  02111-1307 USA
+//
+//  See http://www.salome-platform.org/ or email : webmaster.salome@opencascade.com
+//
+/*
+ * Batch_Utils.cxx
+ *
+ *  Created on: 30 jan. 2012
+ *  Author : Renaud BARATE - EDF R&D
+ */
+
+#include <cstdio>
+
+#include <Batch_config.h>
+#include "Batch_Utils.hxx"
+
+#ifdef MSVC
+#define popen _popen
+#define pclose _pclose
+#endif
+
+using namespace std;
+namespace Batch {
+
+int Utils::getCommandOutput(const string & command, string & output)
+{
+  // Reinitialize output
+  output = "";
+
+  // Call command
+  FILE * fp = popen(command.c_str(), "r");
+  if (fp == NULL) {
+    return -1;
+  }
+
+  // Read the output and store it
+  char buf[1024];
+  while (fgets(buf, sizeof(buf), fp) != NULL) {
+    output += buf;
+  }
+
+  // close and get status
+  int status = pclose(fp);
+  return status;
+}
+
+}
diff --git a/src/Core/Batch_Utils.hxx b/src/Core/Batch_Utils.hxx
new file mode 100644 (file)
index 0000000..24f17d1
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,54 @@
+//  Copyright (C) 2007-2011  CEA/DEN, EDF R&D, OPEN CASCADE
+//
+//  Copyright (C) 2003-2007  OPEN CASCADE, EADS/CCR, LIP6, CEA/DEN,
+//  CEDRAT, EDF R&D, LEG, PRINCIPIA R&D, BUREAU VERITAS
+//
+//  This library is free software; you can redistribute it and/or
+//  modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
+//  License as published by the Free Software Foundation; either
+//  version 2.1 of the License.
+//
+//  This library is distributed in the hope that it will be useful,
+//  but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
+//  MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
+//  Lesser General Public License for more details.
+//
+//  You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
+//  License along with this library; if not, write to the Free Software
+//  Foundation, Inc., 59 Temple Place, Suite 330, Boston, MA  02111-1307 USA
+//
+//  See http://www.salome-platform.org/ or email : webmaster.salome@opencascade.com
+//
+/*
+ * Batch_Utils.hxx
+ *
+ *  Created on: 30 jan. 2012
+ *  Author : Renaud BARATE - EDF R&D
+ */
+
+#ifndef BATCH_UTILS_HXX_
+#define BATCH_UTILS_HXX_
+
+#include <string>
+
+namespace Batch {
+
+class Utils {
+public:
+
+  /**
+   * Call a command with the system shell and stores its output in parameter "output".
+   * Returns the return code of the command.
+   */
+  static int getCommandOutput(const std::string & command, std::string & output);
+
+private:
+
+  // No instanciation possible as this class provides only static methods
+  Utils() { }
+
+};
+
+}
+
+#endif /* BATCH_UTILS_HXX_ */
index 1e4f5c21a3e4700555cd01470870a346536ddf55..7d138269c58c2a41b0cf8dd23d84d30c927d9b4e 100644 (file)
@@ -54,6 +54,7 @@ SET(CLASS_LIST Core/Batch_APIInternalFailureException
                Core/Batch_StringType
                Core/Batch_TypeMismatchException
                Core/Batch_Versatile
+               Core/Batch_Utils
    )
 
 APPEND_CLASSES_TO_SRC_FILES(${CLASS_LIST})
index e677509a17cbb82551bd1617ea3695191eb59a06..4cbe8c9822c8ecc2cdc41b1c406113a465103f59 100644 (file)
  */
 
 #include <cstdlib>
-#include <iostream>
 #include <fstream>
 
 #include <Batch_NotYetImplementedException.hxx>
 #include <Batch_Constants.hxx>
+#include <Batch_Utils.hxx>
 
-#include "Batch_FactBatchManager_eSlurm.hxx"
 #include "Batch_BatchManager_eSlurm.hxx"
 #include "Batch_JobInfo_eSlurm.hxx"
 
@@ -60,7 +59,6 @@ namespace Batch {
   // Method to submit a job to the batch manager
   const JobId BatchManager_eSlurm::submitJob(const Job & job)
   {
-    int status;
     Parametre params = job.getParametre();
     const string workDir = params[WORKDIR];
 
@@ -70,38 +68,27 @@ namespace Batch {
     // build command file to submit the job and copy it on the server
     string cmdFile = buildCommandFile(job);
 
-    // define name of log file (local)
-    string logFile = generateTemporaryFileName("slurm-submitlog");
-
     // define command to submit batch
     string subCommand = string("cd ") + workDir + "; sbatch " + cmdFile;
     string command = _protocol.getExecCommand(subCommand, _hostname, _username);
-    command += " > ";
-    command += logFile;
-    cerr << command.c_str() << endl;
-    status = system(command.c_str());
-    if (status)
-    {
-      ifstream error_message(logFile.c_str());
-      string mess;
-      string temp;
-      while(getline(error_message, temp))
-        mess += temp;
-      error_message.close();
-      throw EmulationException("Error of connection on remote host, error was: " + mess);
-    }
-
-    // read id of submitted job in log file
-    string jobref;
-    ifstream idfile(logFile.c_str());
-    string line;
-    while (idfile && line.compare(0, 20, "Submitted batch job ") != 0)
-      getline(idfile, line);
-    idfile.close();
-    if (line.compare(0, 20, "Submitted batch job ") == 0)
-      jobref = line.substr(20);
-    if (jobref.size() == 0)
+    command += " 2>&1";
+    cout << command.c_str() << endl;
+
+    // submit job
+    string output;
+    int status = Utils::getCommandOutput(command, output);
+    cout << output;
+    if (status != 0) throw EmulationException("Can't submit job, error was: " + output);
+
+    // find id of submitted job in output
+    string search = "Submitted batch job ";
+    string::size_type pos = output.find(search);
+    if (pos == string::npos)
       throw EmulationException("Error in the submission of the job on the remote host");
+    pos += search.size();
+    string::size_type endl_pos = output.find('\n', pos);
+    string::size_type count = (endl_pos == string::npos)? string::npos : endl_pos - pos;
+    string jobref = output.substr(pos, count);
 
     JobId id(this, jobref);
     return id;
@@ -240,21 +227,17 @@ namespace Batch {
 
   JobInfo BatchManager_eSlurm::queryJob(const JobId & jobid)
   {
-    // define name of log file (local)
-    string logFile = generateTemporaryFileName("slurm-querylog-" + jobid.getReference());
-
     // define command to query batch
     string subCommand = "squeue -o %t -j " + jobid.getReference();
     string command = _protocol.getExecCommand(subCommand, _hostname, _username);
-    command += " > ";
-    command += logFile;
     cerr << command.c_str() << endl;
-    system(command.c_str());
+    string output;
+    Utils::getCommandOutput(command, output);
     // We don't test the return code here because with jobs finished since a long time Slurm
     // returns an error and a message like "slurm_load_jobs error: Invalid job id specified".
     // So we consider that the job is finished when we get an error.
 
-    JobInfo_eSlurm jobinfo = JobInfo_eSlurm(jobid.getReference(), logFile);
+    JobInfo_eSlurm jobinfo = JobInfo_eSlurm(jobid.getReference(), output);
     return jobinfo;
   }
 
index 815279e7bda2549180ee1623f121de1b9fc9d867..ac53a4d8f7af33a8c3d815c48dbe18d885b58ae7 100644 (file)
@@ -26,8 +26,6 @@
  *  Author : Renaud BARATE - EDF R&D
  */
 
-#include <iostream>
-#include <fstream>
 #include <sstream>
 
 #include <Batch_RunTimeException.hxx>
@@ -39,22 +37,16 @@ using namespace std;
 
 namespace Batch {
 
-  JobInfo_eSlurm::JobInfo_eSlurm(const std::string & id, const std::string & logFile)
+  JobInfo_eSlurm::JobInfo_eSlurm(const std::string & id, const std::string & queryOutput)
     : JobInfo()
   {
     _param[ID] = id;
 
-    // read log file
-    ifstream log(logFile.c_str());
-    string line;
-
-    // status should be on the second line
-    for (int i=0 ; i<2 ; i++)
-      getline(log, line);
-    log.close();
+    // read query output, status should be on the second line
+    istringstream iss(queryOutput);
     string status;
-    istringstream iss(line);
-    iss >> status;
+    for (int i=0 ; i<2 ; i++)
+      getline(iss, status);
 
     if (status.size() == 0) {
       // On some batch managers, the job is deleted as soon as it is finished,
index c97ea97fccfa87319e3e7137d4e6e9938a300e4c..6c1a732b7d358c830e38d2ee1b74c14849ef89f6 100644 (file)
@@ -39,7 +39,7 @@ namespace Batch {
   {
   public:
 
-    JobInfo_eSlurm(const std::string & id, const std::string & logFile);
+    JobInfo_eSlurm(const std::string & id, const std::string & queryOutput);
     virtual ~JobInfo_eSlurm();
 
   };